+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3s6k | ||||||
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Title | Crystal structure of xcNAGS | ||||||
Components | Acetylglutamate kinase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / synthase / kinase | ||||||
Function / homology | Function and homology information acetylglutamate kinase / acetylglutamate kinase activity / arginine biosynthetic process / ATP binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Xanthomonas campestris pv. campestris (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / Resolution: 2.8018 Å | ||||||
Authors | Shi, D. / Li, Y. / Cabrera-Luque, J. / Jin, Z. / Yu, X. / Allewell, N.M. / Tuchman, M. | ||||||
Citation | Journal: Plos One / Year: 2011 Title: A Novel N-acetylglutamate synthase architecture revealed by the crystal structure of the bifunctional enzyme from Maricaulis maris. Authors: Shi, D. / Li, Y. / Cabrera-Luque, J. / Jin, Z. / Yu, X. / Zhao, G. / Haskins, N. / Allewell, N.M. / Tuchman, M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3s6k.cif.gz | 190.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3s6k.ent.gz | 159.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3s6k.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s6/3s6k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s6/3s6k | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 51878.777 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Xanthomonas campestris pv. campestris (bacteria) Strain: 8004 / Gene: XC_1873 / Plasmid: pET15b / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): B834(DE3) References: UniProt: Q4UVI7, UniProt: A0A0H2X8L7*PLUS, amino-acid N-acetyltransferase, acetylglutamate kinase |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.74 Å3/Da / Density % sol: 74.07 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: 1.4 M Sodium malonate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 298 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-ID / Wavelength: 0.9734 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Oct 5, 2006 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9734 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Redundancy: 17.2 % / Number: 362784 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Χ2: 1.7 / D res high: 2.8 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 21146 / % possible obs: 83.3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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Reflection | Resolution: 2.8→46.072 Å / Num. obs: 33401 / % possible obs: 83.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 17.2 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 55.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 2.8→2.9 Å / Redundancy: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.334 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 1336 / % possible all: 54 |
-Processing
Software |
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Refinement | Resolution: 2.8018→46.072 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.4901 / SU ML: 0.56 / σ(F): 0 / Phase error: 52.03 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.95 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 161.528 Å2 / ksol: 0.327 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 687.33 Å2 / Biso mean: 190.1302 Å2 / Biso min: 60.18 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.8018→46.072 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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