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Yorodumi- PDB-3zzi: Crystal structure of a tetrameric acetylglutamate kinase from Sac... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 3zzi | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of a tetrameric acetylglutamate kinase from Saccharomyces cerevisiae | ||||||
Components | ACETYLGLUTAMATE KINASE | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / ARGININE BIOSYNTHESIS | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationUrea cycle / ornithine biosynthetic process / N-acetyl-gamma-glutamyl-phosphate reductase / N-acetyl-gamma-glutamyl-phosphate reductase activity / acetylglutamate kinase / acetylglutamate kinase activity / L-arginine biosynthetic process / NADP+ binding / NAD binding / mitochondrial matrix ...Urea cycle / ornithine biosynthetic process / N-acetyl-gamma-glutamyl-phosphate reductase / N-acetyl-gamma-glutamyl-phosphate reductase activity / acetylglutamate kinase / acetylglutamate kinase activity / L-arginine biosynthetic process / NADP+ binding / NAD binding / mitochondrial matrix / regulation of DNA-templated transcription / mitochondrion / ATP binding Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | ![]() | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.8 Å | ||||||
Authors | de Cima, S. / Gil-Ortiz, F. / Crabeel, M. / Fita, I. / Rubio, V. | ||||||
Citation | Journal: Plos One / Year: 2012Title: Insight on an Arginine Synthesis Metabolon from the Tetrameric Structure of Yeast Acetylglutamate Kinase Authors: De Cima, S. / Gil-Ortiz, F. / Crabeel, M. / Fita, I. / Rubio, V. | ||||||
| History |
| ||||||
| Remark 650 | HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED. | ||||||
| Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED. |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
|---|
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 3zzi.cif.gz | 1.4 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb3zzi.ent.gz | 1.2 MB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 3zzi.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 3zzi_validation.pdf.gz | 521.7 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 3zzi_full_validation.pdf.gz | 652.6 KB | Display | |
| Data in XML | 3zzi_validation.xml.gz | 130.1 KB | Display | |
| Data in CIF | 3zzi_validation.cif.gz | 173.1 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zz/3zzi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zz/3zzi | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 3zzfSC ![]() 3zzgC ![]() 3zzhC ![]() 4ab7C C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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| Similar structure data |
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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| Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: ASP / End label comp-ID: ASP / Refine code: _ / Auth seq-ID: 67 - 502 / Label seq-ID: 18 - 453
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X-RAY DIFFRACTION
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