PDB-3zzi: Crystal structure of a tetrameric acetylglutamate kinase from Sac...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3zzi

タイトル

Crystal structure of a tetrameric acetylglutamate kinase from Saccharomyces cerevisiae

要素

ACETYLGLUTAMATE KINASE

キーワード

TRANSFERASE / ARGININE BIOSYNTHESIS

機能・相同性

機能・相同性情報

Urea cycle / ornithine biosynthetic process / N-acetyl-gamma-glutamyl-phosphate reductase / N-acetyl-gamma-glutamyl-phosphate reductase activity / acetylglutamate kinase / acetylglutamate kinase activity / L-arginine biosynthetic process / NADP+ binding / NAD binding / mitochondrial matrix ...
類似検索 - 分子機能

生物種

SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.8 Å

データ登録者

de Cima, S. / Gil-Ortiz, F. / Crabeel, M. / Fita, I. / Rubio, V.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2012
タイトル: Insight on an Arginine Synthesis Metabolon from the Tetrameric Structure of Yeast Acetylglutamate Kinase
著者: De Cima, S. / Gil-Ortiz, F. / Crabeel, M. / Fita, I. / Rubio, V.

履歴

登録	2011年9月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2012年5月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年5月9日	Group: Other
改定 1.2	2019年5月8日	Group: Data collection / Experimental preparation / Other カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.3	2019年5月15日	Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.4	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

Remark 650

HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3zzi.cif.gz	1.4 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3zzi.ent.gz	1.2 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3zzi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zz/3zzi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zz/3zzi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3zzfSC 3zzgC 3zzhC 4ab7C C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4ab7-1 4ab7-2 3s6k-1 6aqh-d 3e8k-d 5zal-d 3jv2-d 4x6c-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ACETYLGLUTAMATE KINASE

B: ACETYLGLUTAMATE KINASE

C: ACETYLGLUTAMATE KINASE

D: ACETYLGLUTAMATE KINASE

E: ACETYLGLUTAMATE KINASE

F: ACETYLGLUTAMATE KINASE

G: ACETYLGLUTAMATE KINASE

H: ACETYLGLUTAMATE KINASE

411 kDa, 8 ポリマー
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1

A: ACETYLGLUTAMATE KINASE

B: ACETYLGLUTAMATE KINASE

C: ACETYLGLUTAMATE KINASE

D: ACETYLGLUTAMATE KINASE

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
205 kDa, 4 ポリマー
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2

E: ACETYLGLUTAMATE KINASE

F: ACETYLGLUTAMATE KINASE

G: ACETYLGLUTAMATE KINASE

H: ACETYLGLUTAMATE KINASE

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
205 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	95.240, 111.290, 113.140
Angle α, β, γ (deg.)	75.77, 89.29, 69.12
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: ASP / End label comp-ID: ASP / Refine code: _ / Auth seq-ID: 67 - 502 / Label seq-ID: 18 - 453

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	ACETYLGLUTAMATE KINASE / N-ACETYLGLUTAMATE KINASE / N-ACETYL-L-GLUTAMATE 5-PHOSPHOTRANSFERASE / NAG KINASE / AGK / PROTEIN ...N-ACETYLGLUTAMATE KINASE / N-ACETYL-L-GLUTAMATE 5-PHOSPHOTRANSFERASE / NAG KINASE / AGK / PROTEIN ARG5\ / 6\ / MITOCHONDRIAL 分子量: 51340.094 Da / 分子数: 8 / 断片: N-ACETYLGLUTAMATE KINASE DOMAIN, RESIDUES 58-513 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) 株: SIGMA 1278B / プラスミド: PYK6 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q01217, acetylglutamate kinase

#1: タンパク質

ACETYLGLUTAMATE KINASE / N-ACETYLGLUTAMATE KINASE / N-ACETYL-L-GLUTAMATE 5-PHOSPHOTRANSFERASE / NAG KINASE / AGK / PROTEIN ...

分子量: 51340.094 Da / 分子数: 8 / 断片: N-ACETYLGLUTAMATE KINASE DOMAIN, RESIDUES 58-513 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
株: SIGMA 1278B / プラスミド: PYK6 / 発現宿主:

ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q01217, acetylglutamate kinase

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 54 % / 解説: NONE
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: PROTEIN WAS SUBJECTED TO REDUCTIVE METHYLATION OF SURFACE EXPOSED LYSINES WITH ABC PREVIOUS TO CRYSTALLIZATION. 10 MG/ML PROTEIN IN 20MM HEPES PH 7.5, 0.5 M NACL, 1MM MSH, AND SUPPLEMENTED ...詳細: PROTEIN WAS SUBJECTED TO REDUCTIVE METHYLATION OF SURFACE EXPOSED LYSINES WITH ABC PREVIOUS TO CRYSTALLIZATION. 10 MG/ML PROTEIN IN 20MM HEPES PH 7.5, 0.5 M NACL, 1MM MSH, AND SUPPLEMENTED WITH 40 MM NAG, WAS CRYSTALLIZED IN PRESENCE OF 0.2 M AMMONIUM CITRATE PH 7.0 AND 12 % PEG3350 AS CRYSTALLIZATION SOLUTION, IN SITTING DROPS AT 4C. CRYOBUFFER SOLUTION WAS THAT OF CRYSTALLIZATION WITH PEG3350 ENRICHED TO 40 %.

結晶

マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 54 % / 解説: NONE

結晶化

温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: PROTEIN WAS SUBJECTED TO REDUCTIVE METHYLATION OF SURFACE EXPOSED LYSINES WITH ABC PREVIOUS TO CRYSTALLIZATION. 10 MG/ML PROTEIN IN 20MM HEPES PH 7.5, 0.5 M NACL, 1MM MSH, AND SUPPLEMENTED ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9393
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9393 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.8→109 Å / Num. obs: 39773 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 2.4 % / R_merge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 10.5
反射シェル	解像度: 3.8→4.01 Å / 冗長度: 2.4 % / R_merge(I) obs: 0.455 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 96.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.6.0117	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3ZZF FOR ONE DOMAIN, AND AN INCOMPLETE TRACING FROM OTHER CRYSTAL OF THE SAME PRESENT PROTEIN FOR THE SECOND DOMAIN

3zzf

解像度: 3.8→109.11 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.905 / SU B: 97.46 / SU ML: 0.608 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.791 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23592	1985	5 %	RANDOM
R_work	0.19725	-	-	-
obs	0.19914	37381	95.33 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 127.643 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.52 Å²	1.34 Å²	-1.42 Å²
2-	-	-0.06 Å²	0.68 Å²
3-	-	-	-0.67 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.8→109.11 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	27248	0	0	0	27248

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.02	27712
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.011	0.02	18610
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.793	1.966	37526
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.831	3	45630
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.1	5	3480
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.199	24.926	1222
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	22.196	15	4958
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.305	15	142
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	4336
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	30710
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.009	0.02	5416
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	15833	0.06
1	2	B	15833	0.06
2	1	A	15812	0.06
2	2	C	15812	0.06
3	1	A	15220	0.1
3	2	D	15220	0.1
4	1	A	16013	0.03
4	2	E	16013	0.03
5	1	A	15637	0.07
5	2	F	15637	0.07
6	1	A	15913	0.04
6	2	G	15913	0.04
7	1	A	15088	0.11
7	2	H	15088	0.11
8	1	B	15906	0.04
8	2	C	15906	0.04
9	1	B	15249	0.1
9	2	D	15249	0.1
10	1	B	15845	0.06
10	2	E	15845	0.06
11	1	B	15705	0.07
11	2	F	15705	0.07
12	1	B	15872	0.05
12	2	G	15872	0.05
13	1	B	15167	0.11
13	2	H	15167	0.11
14	1	C	15299	0.1
14	2	D	15299	0.1
15	1	C	15879	0.06
15	2	E	15879	0.06
16	1	C	15738	0.07
16	2	F	15738	0.07
17	1	C	15920	0.06
17	2	G	15920	0.06
18	1	C	15218	0.11
18	2	H	15218	0.11
19	1	D	15275	0.11
19	2	E	15275	0.11
20	1	D	15110	0.12
20	2	F	15110	0.12
21	1	D	15300	0.1
21	2	G	15300	0.1
22	1	D	15576	0.08
22	2	H	15576	0.08
23	1	E	15701	0.07
23	2	F	15701	0.07
24	1	E	15956	0.05
24	2	G	15956	0.05
25	1	E	15146	0.11
25	2	H	15146	0.11
26	1	F	15694	0.07
26	2	G	15694	0.07
27	1	F	15349	0.1
27	2	H	15349	0.1
28	1	G	15174	0.11
28	2	H	15174	0.11

LS精密化シェル

解像度: 3.8→3.899 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.292	135	-
R_work	0.29	2385	-
obs	-	-	83.11 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	19.5404	5.6881	-10.2533	41.5135	-6.7009	31.0856	-2.095	1.0212	-3.3283	1.1139	-0.5201	0.6669	2.2618	0.3404	2.615	0.4938	-0.1637	0.1954	0.9661	-0.123	1.3307	-10.301	-3.593	-24.53
2	17.7553	-5.2168	6.447	36.5325	-2.7129	25.181	-0.7679	-1.4207	-0.7484	1.7482	1.5412	-1.6757	1.3589	0.5254	-0.7733	0.6808	-0.0848	-0.0458	0.6811	0.0646	0.7853	11.6	23.37	9.523
3	41.0021	1.8821	-4.9564	20.8858	-2.7476	15.7639	-0.1494	-0.8485	3.0929	-0.8537	0.1277	-1.5087	-1.7037	1.1162	0.0217	1.1938	-0.3972	-0.4507	0.732	-0.075	0.9815	49.691	46.945	-28.914
4	8.4774	2.2478	1.8218	13.4992	-5.4916	4.6762	-1.2471	-0.7274	0.0732	0.8712	1.7262	-0.2541	0.7274	-1.379	-0.4791	2.0685	-0.1172	-0.1017	1.7458	-0.2987	1.2479	44.98	13.762	5.627
5	4.2488	9.9136	1.3521	27.2747	2.2844	16.4145	-0.6949	0.8581	0.0292	-1.1981	-0.3261	-0.3775	-0.9251	0.0381	1.0211	0.914	-0.0927	-0.1428	1.5871	0.2003	1.1767	-7.493	3.93	-32.499
6	17.7177	-5.0664	9.7947	29.4107	-3.653	25.5602	-1.7617	0.3222	1.9814	-0.1191	1.0409	0.76	-1.2558	-1.1801	0.7208	0.6283	-0.3581	0.121	0.7604	0.2493	1.0284	6.996	32.583	4.37
7	10.4147	12.3515	-7.6592	24.9861	0.9268	33.8632	-1.1861	1.0064	-1.3451	-1.1141	-0.0458	0.1694	2.8658	-1.1642	1.2319	1.0235	-0.4481	0.3172	1.1052	-0.6973	1.9143	43.243	6.893	-3.227
8	11.2944	-11.2856	-0.3994	46.0627	-20.0731	12.3148	0.4727	3.0011	1.636	4.5784	-0.6678	-1.0315	-3.2844	-1.2888	0.1951	1.5087	-0.178	-0.3784	1.5275	0.6111	1.6054	38.796	43.937	-32.362
9	8.4176	1.2695	2.7099	8.113	-3.4246	8.0908	0.629	0.0958	-1.2815	0.479	-0.2337	-0.8688	1.4329	1.0102	-0.3952	0.5881	0.1211	-0.1104	0.719	-0.1355	0.926	0.526	-16.913	-1.735
10	7.106	0.9733	1.8604	11.4719	-1.3116	7.1395	0.4279	-0.7384	-0.741	1.6195	0.1673	0.2428	0.7167	-0.2777	-0.5952	0.6119	-0.1254	-0.0653	0.7876	0.0699	0.6759	1.643	-3.198	15.679
11	6.0311	2.3954	1.6628	11.735	0.0997	10.9988	-0.289	-0.8142	0.8366	0.6838	0.236	-0.4826	-1.2953	0.5005	0.0531	0.8163	-0.2347	0.1129	0.8754	-0.2096	0.8423	63.601	51.057	-4.422
12	10.0319	1.9569	1.2482	10.5957	-0.2475	7.8556	-0.4866	-0.5591	0.0527	1.1178	0.4062	-1.3105	-0.5001	1.0361	0.0804	0.6358	-0.105	0.11	1.0902	-0.0556	0.6344	66.734	31.851	6.277
13	5.0939	1.9185	1.4913	14.7689	-3.2059	7.9038	0.0849	0.304	0.4766	0.174	0.392	1.0052	-0.1796	-1.4078	-0.4769	0.6543	0.0174	0.1002	0.9928	0.003	0.5672	-8.484	32.629	-35.152
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精密化 TLSグループ

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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万見 (Yorodumi)

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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