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- PDB-3s5p: Crystal structure of ribose-5-phosphate isomerase B RpiB from Gia... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3s5p
タイトルCrystal structure of ribose-5-phosphate isomerase B RpiB from Giardia lamblia
要素Ribose 5-phosphate isomerase
キーワードISOMERASE / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / Giardia / ribose-5-phosphate / ribulose-5-phosphate / RpiB / RpiA / pentose phosphate pathway / pentose-phosphate shunt / flagellated protozoan parasite / gastrointestinal tract parasite
機能・相同性
機能・相同性情報


ribose-5-phosphate isomerase activity / isomerase activity / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Ribose 5-phosphate isomerase B / Sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family / Sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB superfamily / Ribose/Galactose Isomerase / Ribose 5-phosphate Isomerase B; Chain: A, / Sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribose 5-phosphate isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Giardia lamblia (ランブル鞭毛虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of ribose-5-phosphate isomerase B RpiB from Giardia lamblia
著者: Edwards, T.E. / Abendroth, J. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
履歴
登録2011年5月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribose 5-phosphate isomerase
B: Ribose 5-phosphate isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7987
ポリマ－35,3182
非ポリマー4805
水90150
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2620 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area11090 Å2
手法PISA
2
B: Ribose 5-phosphate isomerase
ヘテロ分子

A: Ribose 5-phosphate isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7987
ポリマ－35,3182
非ポリマー4805
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_444-x+y-1,-x-1,z-1/31
Buried area2310 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area11410 Å2
手法PISA
3
A: Ribose 5-phosphate isomerase
B: Ribose 5-phosphate isomerase
ヘテロ分子

A: Ribose 5-phosphate isomerase
B: Ribose 5-phosphate isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,59714
ポリマ－70,6364
非ポリマー96110
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_554x-y,-y,-z-1/31
Buried area7630 Å2
ΔGint-169 kcal/mol
Surface area19800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.200, 89.200, 68.240
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-176-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: PHE / End label comp-ID: PHE / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 1 - 128 / Label seq-ID: 22 - 149

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 Ribose 5-phosphate isomerase


分子量: 17658.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Giardia lamblia (ランブル鞭毛虫)
株: ATCC 50803 WB C6 / 遺伝子: GL50803_27614 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A8B2K2, ribose-5-phosphate isomerase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.57 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: GilaA.01163.a.A1 PS00138 at 24 mg/mL with 5 mM ribose-5-phosphate against JCSG+ screen condition A6 0.2 M Li2SO4, 0.1 M phosphate/citrate pH 4.2, 20% PEG 1000, crystal tracking ID 215117a6, ...詳細: GilaA.01163.a.A1 PS00138 at 24 mg/mL with 5 mM ribose-5-phosphate against JCSG+ screen condition A6 0.2 M Li2SO4, 0.1 M phosphate/citrate pH 4.2, 20% PEG 1000, crystal tracking ID 215117a6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射最高解像度: 2.3 Å / Num. all: 14267 / Num. obs: 13930 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 55.729 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.037 / Net I/σ(I): 22.39
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
2.3-2.360.5352.533339100396.3
2.36-2.420.4553.1336921002100
2.42-2.490.3613.9366698599.3
2.49-2.570.2555.5347594298.9
2.57-2.660.1877.33339891999
2.66-2.750.1628.25328688799
2.75-2.850.11411.29321186698.7
2.85-2.970.09513.36314884798.8
2.97-3.10.07117.46289477898.4
3.1-3.250.04824.36281576398.5
3.25-3.430.03532.1268672398.2
3.43-3.640.02739.18253368498.1
3.64-3.890.02444.46242365698.1
3.89-4.20.02347.79212457797
4.2-4.60.02152.5201253993.6
4.6-5.140.0251.85181650296.2
5.14-5.940.02450.39157743494.3
5.94-7.270.0252.5132637193.9
7.27-10.290.01460.9105129592.5
10.290.01660.451615784

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2vvr

2vvr


解像度: 2.3→38.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / WRfactor Rfree: 0.2291 / WRfactor Rwork: 0.1905 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8451 / SU B: 13.011 / SU ML: 0.15 / SU R Cruickshank DPI: 0.272 / SU Rfree: 0.2098 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.21 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2344 701 5.1 %RANDOM
Rwork0.1982 ---
obs0.2 13881 97.31 %-
all-14267 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 127.66 Å2 / Biso mean: 50.4842 Å2 / Biso min: 7.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.46 Å20.23 Å20 Å2
2--0.46 Å20 Å2
3----0.69 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→38.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1810 0 25 50 1885
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0211861
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4161.9552510
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7195257
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.83122.64768
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.99615274
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.0571515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2286
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021377
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8331.51270
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.55221971
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2843591
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.5634.5538
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 821 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
MEDIUM POSITIONAL0.220.5
MEDIUM THERMAL0.942
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.332 58 -
Rwork0.3 937 -
all-995 -
obs--96.14 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.55131.36571.76213.2599-1.152711.65210.3564-0.47260.50820.8151-0.2839-0.0379-2.0210.6948-0.07250.6644-0.20260.12270.2577-0.13410.338-47.64268.65145.7593
24.0468-4.11620.798511.149-4.92359.42260.2996-0.02580.54581.0793-0.07420.3576-0.88220.3101-0.22540.4002-0.08540.23130.2087-0.14290.296-51.27962.627910.7068
32.10070.02330.83132.8458-0.94452.7020.1338-0.09220.04180.285-0.1637-0.0717-0.18130.29040.02990.2834-0.10750.05020.127-0.1090.1677-42.594-4.8514.3504
41.84661.7417-0.61894.2501-1.96663.70230.09910.00180.05650.0497-0.09410.2451-0.1212-0.0319-0.0050.191-0.03640.06320.0666-0.10140.1763-49.6712-2.4386-2.1034
54.21250.0375-0.89962.8756-0.16953.69810.18760.2393-0.0424-0.142-0.06240.03240.2095-0.0826-0.12520.2190.1018-0.02820.113-0.03750.1379-32.0348-19.4149-12.2121
62.9286-1.8023-1.20476.17334.50358.39890.3781-0.1727-0.12630.952-0.11320.03161.36450.4069-0.2650.44710.0556-0.0850.21040.01470.1554-28.6675-21.9418-3.4576
71.0298-0.7392-0.69131.0318-0.05532.9670.0676-0.10870.05110.2299-0.0678-0.05190.110.3650.00020.2866-0.0153-0.01680.1724-0.06820.1635-33.9873-10.2041-0.4685
82.6753-1.3270.41762.4366-0.34265.75710.2509-0.0390.1730.0789-0.1628-0.2519-0.06670.4319-0.08810.2070.014-0.01110.1399-0.04970.1838-29.2934-7.8979-5.4638
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 20
2X-RAY DIFFRACTION2A21 - 60
3X-RAY DIFFRACTION3A61 - 90
4X-RAY DIFFRACTION4A91 - 128
5X-RAY DIFFRACTION5B1 - 21
6X-RAY DIFFRACTION6B22 - 58
7X-RAY DIFFRACTION7B59 - 97
8X-RAY DIFFRACTION8B98 - 129

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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