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- PDB-3rwc: Crystal structure of rhesus macaque MHC class I molecule Mamu-B*17-IW9 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rwc
タイトルCrystal structure of rhesus macaque MHC class I molecule Mamu-B*17-IW9
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • Major histocompatibility complex class I
  • Nef IW9 peptide from Protein Nef
キーワードIMMUNE SYSTEM / antigenic peptides / T lymphocytes / immune response
機能・相同性
機能・相同性情報


antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / ER to Golgi transport vesicle membrane / MHC class I protein complex / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / recycling endosome membrane ...antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / ER to Golgi transport vesicle membrane / MHC class I protein complex / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / positive regulation of T cell activation / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / early endosome membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / immune response / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / virus-mediated perturbation of host defense response / GTP binding / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
HIV negative factor Nef / HIV-1 Nef protein, core domain superfamily / Negative factor, (F-Protein) or Nef / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin ...HIV negative factor Nef / HIV-1 Nef protein, core domain superfamily / Negative factor, (F-Protein) or Nef / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein Nef / Beta-2-microglobulin / Major histocompatibility complex class I
類似検索 - 構成要素
生物種Macaca mulatta (アカゲザル)
Simian immunodeficiency virus (サル免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.502 Å
データ登録者Wu, Y. / Gao, F. / Liu, J. / Qi, J.X. / Price, D.A. / Gao, G.F.
引用ジャーナル: J.Immunol. / 年: 2011
タイトル: Structural basis of diverse peptide accommodation by the rhesus macaque MHC class I molecule Mamu-B*17: insights into immune protection from simian immunodeficiency virus
著者: Wu, Y. / Gao, F. / Liu, J. / Qi, J.X. / Gostick, E. / Price, D.A. / Gao, G.F.
履歴
登録2011年5月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Major histocompatibility complex class I
B: Beta-2-microglobulin
C: Nef IW9 peptide from Protein Nef
D: Major histocompatibility complex class I
E: Beta-2-microglobulin
F: Nef IW9 peptide from Protein Nef


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,7096
ポリマ－89,7096
非ポリマー00
水7,620423
1
A: Major histocompatibility complex class I
B: Beta-2-microglobulin
C: Nef IW9 peptide from Protein Nef


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8553
ポリマ－44,8553
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4660 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area18930 Å2
手法PISA
2
D: Major histocompatibility complex class I
E: Beta-2-microglobulin
F: Nef IW9 peptide from Protein Nef


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8553
ポリマ－44,8553
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4670 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area18940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.233, 68.558, 81.754
Angle α, β, γ (deg.)83.79, 89.13, 89.98
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Major histocompatibility complex class I


分子量: 32025.082 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 24-297 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 遺伝子: MHCI-B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9GJ77
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11660.079 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 遺伝子: B2M / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6V7J5
#3: タンパク質・ペプチド Nef IW9 peptide from Protein Nef


分子量: 1169.374 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthtic peptide
由来: (合成) Simian immunodeficiency virus (サル免疫不全ウイルス)
参照: UniProt: Q5QGG3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 423 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.21 %

-
データ収集

放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU
検出器検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年6月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 32603 / Biso Wilson estimate: 28.72 Å2

-
解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.6.2_432) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2BVO

2bvo


解像度: 2.502→27.012 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.32 / FOM work R set: 0.809 / SU ML: 0.41 / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 26.41 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2494 1642 5.04 %
Rwork0.1965 --
obs0.1993 32603 96.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 21.044 Å2 / ksol: 0.332 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 126.51 Å2 / Biso mean: 30.8969 Å2 / Biso min: 3.47 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.1125 Å20.8656 Å2-1.7733 Å2
2---3.0812 Å2-0.3085 Å2
3---1.9686 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.502→27.012 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6334 0 0 423 6757
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0056792
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5588885
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04869
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0021185
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.4032443
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5022-2.59160.40891790.2972950312994
2.5916-2.69530.34591530.26093080323396
2.6953-2.81780.32011580.24383122328096
2.8178-2.96620.29811530.22853049320296
2.9662-3.15180.3151430.22433137328097
3.1518-3.39470.29631640.22393086325097
3.3947-3.73550.25681840.20013115329998
3.7355-4.27430.20681590.15853130328998
4.2743-5.37810.16621760.13453135331199
5.3781-27.01350.18221730.17383157333099
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -0.9029 Å / Origin y: -8.7053 Å / Origin z: -19.3753 Å
111213212223313233
T0.0755 Å20.0034 Å2-0.005 Å2-0.0239 Å20.0122 Å2--0.0429 Å2
L0.0719 °20.0274 °2-0.013 °2--0.1454 °20.2062 °2--0.1147 °2
S-0.0223 Å °-0.006 Å °0.0048 Å °-0.0002 Å °0.0096 Å °0.0452 Å °-0.0214 Å °-0.0229 Å °0.0276 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1ALLA1 - 276
2X-RAY DIFFRACTION1ALLA277 - 415
3X-RAY DIFFRACTION1ALLC1 - 9
4X-RAY DIFFRACTION1ALLC42 - 421
5X-RAY DIFFRACTION1ALLB1 - 99
6X-RAY DIFFRACTION1ALLB100 - 412
7X-RAY DIFFRACTION1ALLE1 - 99
8X-RAY DIFFRACTION1ALLE100 - 417
9X-RAY DIFFRACTION1ALLD1 - 276
10X-RAY DIFFRACTION1ALLD277 - 423
11X-RAY DIFFRACTION1ALLF1 - 9
12X-RAY DIFFRACTION1ALLF93 - 422

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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