PDB-3rv0: Crystal structure of K. polysporus Dcr1 without the C-terminal dsRBD

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3rv0

タイトル

Crystal structure of K. polysporus Dcr1 without the C-terminal dsRBD

要素

K. polysporus Dcr1

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / RNase III enzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

U4 snRNA 3'-end processing / ribonuclease III / ribonuclease III activity / termination of RNA polymerase II transcription / rRNA processing / RNA binding / nucleoplasm / metal ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Vanderwaltozyma polyspora (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.29 Å

データ登録者

Nakanishi, K. / Weinberg, D.E. / Bartel, D.P. / Patel, D.J.

引用

ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2011
タイトル: The inside-out mechanism of dicers from budding yeasts.
著者: Weinberg, D.E. / Nakanishi, K. / Patel, D.J. / Bartel, D.P.

履歴

登録	2011年5月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年8月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3rv0.cif.gz	424.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3rv0.ent.gz	346.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3rv0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rv/3rv0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rv/3rv0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3rv1C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5osh-1 5osh-2 5osh-4 6g0c-d 5ejc-d 5tev-d 4imk-d 4kyd-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (11) #98 - 2008年2月低分子干渉RNA (Small Interfering RNA) 類似性 (5)

登録構造単位

A: K. polysporus Dcr1

B: K. polysporus Dcr1

C: K. polysporus Dcr1

D: K. polysporus Dcr1

ヘテロ分子

158 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: K. polysporus Dcr1

B: K. polysporus Dcr1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
78.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: K. polysporus Dcr1

D: K. polysporus Dcr1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
78.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	101.037, 112.974, 135.689
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	K. polysporus Dcr1 分子量: 39425.828 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 15-355 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vanderwaltozyma polyspora (菌類) / 株: DSM 70294 / 遺伝子: Kpol_455p11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)rosetta2 / 参照: UniProt: A7TR32
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 467 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.9 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 詳細: 180 mM Triammonium citrate, 20% PEG3350, 10 mM Na-HEPES buffer pH 7.5, vapor diffusion, temperature 293K

-
データ収集

放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.29→50 Å / Num. obs: 69722 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 10 % / R_sym value: 0.095 / Net I/σ(I): 27.3

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SnB		位相決定
直接法		位相決定
PHENIX	dev_538	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.29→43.41 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8584 / SU ML: 0.28 / σ(F): 0.32 / 位相誤差: 21.34 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2197	3303	5.09 %
R_work	0.1751	61579	-
obs	0.1774	64882	92.38 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 51.823 Å² / k_sol: 0.342 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 267.97 Å² / B_iso mean: 45.9378 Å² / B_iso min: 4.86 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.6249 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	12.0558 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.6993 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.29→43.41 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8157	0	4	467	8628

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	8321
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.974	11206
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.067	1272
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1426
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.542	3102

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.29-2.3746	0.2763	272	0.2072	4851	5123	74
2.3746-2.4697	0.2282	311	0.1814	5660	5971	86
2.4697-2.5821	0.246	299	0.1927	5859	6158	89
2.5821-2.7182	0.2613	328	0.1807	5993	6321	91
2.7182-2.8884	0.2222	354	0.1736	6147	6501	93
2.8884-3.1114	0.2451	318	0.1838	6313	6631	95
3.1114-3.4244	0.2541	303	0.1913	6580	6883	98
3.4244-3.9196	0.2	374	0.1633	6608	6982	99
3.9196-4.9372	0.1897	369	0.1477	6664	7033	99
4.9372-43.418	0.2089	375	0.1851	6904	7279	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3351	-0.0806	0.1428	0.0721	-0.0759	0.2077	0.0374	-0.0009	-0.2265	-0.0164	0.0789	0.0367	0.144	0.0028	-0.0447	0.1562	0.0279	-0.0382	0.0968	0.0191	0.1674	-39.6435	-21.3361	1.1765
2	0.1488	-0.0601	0.1481	0.1004	-0.0339	0.1379	0.0277	-0.2496	0.0472	0.181	0.0638	-0.1729	0.0072	0.0261	0.0193	0.1328	0.0074	-0.0601	0.2925	-0.0426	0.184	-26.4434	-9.8516	25.5273
3	0.1642	0.0558	-0.0069	0.0176	0.0033	0.0874	-0.0052	0.0253	-0.0511	0.0184	-0.0074	-0.0448	0.1198	0.1013	-0.0073	0.1076	0.0499	0.0147	0.0674	-0.0169	0.1038	-32.8791	-18.6287	-0.708
4	0.1473	0.0184	0.0583	0.2629	-0.0758	0.2367	0.0329	-0.1693	0.0379	0.1633	0.0512	0.0212	-0.0546	-0.0748	0.0558	0.1342	0.0009	0.0128	0.1826	-0.0579	0.1664	-43.6485	-3.1944	21.3012
5	0.0699	-0.1623	0.0428	0.6851	-0.1231	0.0487	-0.1515	0.0451	0.0088	0.062	0.0304	0.1194	-0.236	0.0486	0.0058	0.4646	-0.0736	-0.064	0.1686	0.0456	0.2241	-46.1203	-37.9012	66.66
6	0.164	-0.0239	0.1556	0.0649	-0.0531	0.1658	0.1193	-0.0077	-0.1315	-0.0724	0.0846	0.1271	0.1219	-0.0221	0.1541	0.0505	0.0648	-0.1377	-0.0096	0.1303	0.1114	-61.711	-4.3855	-26.0831
7	0.0547	0.0439	0.0219	0.0909	0.0465	0.0932	0.1043	0.2491	-0.04	-0.2169	-0.0322	0.1518	0.0536	0.0202	0.0767	0.0874	0.0998	-0.1903	0.2664	0.1736	0.0144	-74.3722	5.922	-51.1957
8	0.046	0.0085	0.0102	0.0179	-0.0164	0.0473	0.0213	-0.0527	-0.0636	-0.0071	0.056	0.1435	0.0485	-0.0487	0.0371	0.1113	-0.0677	-0.0363	0.1388	0.2157	0.2179	-68.0384	-1.6147	-24.2545
9	0.0755	-0.0395	0.0066	0.117	-0.0378	0.2933	0.1064	0.1285	0.0667	-0.163	0.0984	0.0122	-0.0537	0.1461	0.2707	0.1038	0.018	0.0036	0.1831	0.3289	-0.0331	-57.0488	13.9094	-46.9924

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and ((resseq 15:107))	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and ((resseq 108:260))	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and ((resseq 15:107))	B
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and ((resseq 108:257))	B
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and ((resseq 265:343))	B
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'D' and ((resseq 15:107))	D
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'D' and ((resseq 108:259))	D
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and ((resseq 15:107))	C
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and ((resseq 108:259))	C

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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