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万見
- PDB-3rux: Crystal structure of biotin-protein ligase BirA from Mycobacteriu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rux
タイトルCrystal structure of biotin-protein ligase BirA from Mycobacterium tuberculosis in complex with an acylsulfamide bisubstrate inhibitor
要素BirA bifunctional protein
キーワードLIGASE/LIGASE INHIBITOR / biotin-protein ligase / LIGASE-LIGASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


: / biotin-[biotin carboxyl-carrier protein] ligase / biotin--[biotin carboxyl-carrier protein] ligase activity / small molecule binding / post-translational protein modification / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Biotin protein ligase, C-terminal / Biotin protein ligase C terminal domain / Biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase / Biotin/lipoate A/B protein ligase family / Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL), catalytic domain / SH3 type barrels. - #100 / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / SH3 type barrels. ...Biotin protein ligase, C-terminal / Biotin protein ligase C terminal domain / Biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase / Biotin/lipoate A/B protein ligase family / Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL), catalytic domain / SH3 type barrels. - #100 / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / SH3 type barrels. / Roll / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-BS5 / biotin--[biotin carboxyl-carrier protein] ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Geders, T.W. / Finzel, B.C.
引用ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2011
タイトル: Bisubstrate Adenylation Inhibitors of Biotin Protein Ligase from Mycobacterium tuberculosis.
著者: Duckworth, B.P. / Geders, T.W. / Tiwari, D. / Boshoff, H.I. / Sibbald, P.A. / Barry, C.E. / Schnappinger, D. / Finzel, B.C. / Aldrich, C.C.
履歴
登録2011年5月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BirA bifunctional protein
B: BirA bifunctional protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,2124
ポリマ－57,0692
非ポリマー1,1432
水11,764653
1
A: BirA bifunctional protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1062
ポリマ－28,5341
非ポリマー5721
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: BirA bifunctional protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1062
ポリマ－28,5341
非ポリマー5721
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.882, 68.802, 115.755
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 BirA bifunctional protein / POSSIBLE BIFUNCTIONAL PROTEIN BIRA: BIOTIN OPERON REPRESSOR + BIOTIN--[ACETYL-COA-CARBOXYLASE] ...POSSIBLE BIFUNCTIONAL PROTEIN BIRA: BIOTIN OPERON REPRESSOR + BIOTIN--[ACETYL-COA-CARBOXYLASE] SYNTHETASE (BIOTIN--PROTEIN LIGASE)


分子量: 28534.428 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: birA, MT3379, Rv3279c / プラスミド: pET-28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): MACH I
参照: UniProt: P96884, biotin-[biotin carboxyl-carrier protein] ligase
#2: 化合物 ChemComp-BS5 / 5'-deoxy-5'-[({5-[(3aS,4S,6aR)-2-oxohexahydro-1H-thieno[3,4-d]imidazol-4-yl]pentanoyl}sulfamoyl)amino]adenosine


分子量: 571.630 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H29N9O7S2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 653 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.16 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 20% MPEG 2000, 50 mM trimethylamine N-oxide, 100 mM Tris, 20% PEG 400 as cryoprotectant, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K, pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月16日
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock monochromator Si 111
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→43.399 Å / Num. all: 56877 / Num. obs: 55584 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 21.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 15.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6_289)精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
精密化解像度: 1.7→43.399 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.83 / SU ML: 0.43 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.38 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2165 2806 5.05 %
Rwork0.1901 52725 -
obs0.1915 55531 97.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 36.325 Å2 / ksol: 0.31 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 68.99 Å2 / Biso mean: 23.2336 Å2 / Biso min: 8.43 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.8322 Å2-0 Å2-0 Å2
2---1.7134 Å20 Å2
3----0.0905 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→43.399 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3880 0 76 653 4609
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0034164
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0355726
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.063682
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004757
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.5251552
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7001-1.76080.28212090.24534430463983
1.7608-1.83130.27892540.23155067532195
1.8313-1.91470.29222830.245453445627100
1.9147-2.01560.25863000.21653285628100
2.0156-2.14190.23712880.199753405628100
2.1419-2.30730.2452850.20935317560299
2.3073-2.53940.21563080.186653825690100
2.5394-2.90680.22672770.189154155692100
2.9068-3.6620.21263200.177954165736100
3.662-43.41350.16762820.169756865968100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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