PDB-3ruv: Crystal structure of Cpn-rls in complex with ATP analogue from Me...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ruv

タイトル

Crystal structure of Cpn-rls in complex with ATP analogue from Methanococcus maripaludis

要素

Chaperonin

キーワード

CHAPERONE / double-ring / protein folding machinery / group II chaperonin / ATP binding

機能・相同性

機能・相同性情報

chaperonin ATPase / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / ATP-dependent protein folding chaperone / : / ATP hydrolysis activity / protein-containing complex / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Methanococcus maripaludis (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.242 Å

データ登録者

Pereira, J.H. / Ralston, C.Y. / Douglas, N.R. / Kumar, R. / McAndrew, R.P. / Knee, K.M. / King, J.A. / Frydman, J. / Adams, P.D.

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2012
タイトル: Mechanism of nucleotide sensing in group II chaperonins.
著者: Pereira, J.H. / Ralston, C.Y. / Douglas, N.R. / Kumar, R. / Lopez, T. / McAndrew, R.P. / Knee, K.M. / King, J.A. / Frydman, J. / Adams, P.D.

履歴

登録	2011年5月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年1月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年2月15日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ruv.cif.gz	780.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ruv.ent.gz	649.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ruv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ru/3ruv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ru/3ruv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3ruqC 3rusC 3ruwC 3kfbS 3kfe 3kfk S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3rus-1 3ruq-1 4v94-1 6ks6-d 7lum-d 1q3r-1 4v94-2 3ruw-1 4v81-1 3j3x-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (7) #108 - 2008年12月 Hsp90 (Hsp90) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1) #182 - 2015年2月インスリン受容体 (Insulin receptor) 類似性 (1) #214 - 2017年10月キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors) 類似性 (1) #238 - 2019年10月リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase) 類似性 (1) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (1) #50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #73 - 2006年1月トポイソメラーゼ (Topoisomerase) 類似性 (1) #80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#32 - 2002年8月
シャペロン (Chaperones)
類似性 (7)
#108 - 2008年12月
Hsp90 (Hsp90)
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DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
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インスリン受容体 (Insulin receptor)
類似性 (1)
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ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)
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トポイソメラーゼ (Topoisomerase)
類似性 (1)
#80 - 2006年8月
AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Chaperonin

B: Chaperonin

C: Chaperonin

D: Chaperonin

ヘテロ分子

236 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Chaperonin

B: Chaperonin

C: Chaperonin

D: Chaperonin

ヘテロ分子

A: Chaperonin

B: Chaperonin

C: Chaperonin

D: Chaperonin

ヘテロ分子

A: Chaperonin

B: Chaperonin

C: Chaperonin

D: Chaperonin

ヘテロ分子

A: Chaperonin

B: Chaperonin

C: Chaperonin

D: Chaperonin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
943 kDa, 16 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	161.019, 184.477, 184.785
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

#1: タンパク質	Chaperonin / Cpn 分子量: 58115.105 Da / 分子数: 4 / 変異: T327A,N328A,K330A,D331A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanococcus maripaludis (古細菌) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q877G8
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER 分子量: 506.196 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₆O₁₂P₃ コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 583 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.2 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 20% PEG3350, 0.2 M lithium sulfate, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月1日
放射	モノクロメーター: Double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.24→50 Å / Num. all: 131253 / Num. obs: 131211 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7_650)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3KFB

3kfb

解像度: 2.242→48.813 Å / SU ML: 0.31 / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.76 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2204	5979	5.04 %
R_work	0.1708	-	-
obs	0.1733	118641	90.38 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 38.352 Å² / k_sol: 0.331 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.8699 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.3239 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.546 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.242→48.813 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15436	0	192	583	16211

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	15712
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.066	21192
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.157	6108
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.068	2576
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	2716

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2416-2.267	0.3637	174	0.2747	3414	X-RAY DIFFRACTION	82
2.267-2.2937	0.3073	152	0.2338	3203	X-RAY DIFFRACTION	77
2.2937-2.3217	0.2918	193	0.2208	3234	X-RAY DIFFRACTION	79
2.3217-2.3511	0.3246	164	0.2219	3359	X-RAY DIFFRACTION	81
2.3511-2.382	0.2989	184	0.2167	3409	X-RAY DIFFRACTION	83
2.382-2.4146	0.2715	193	0.194	3438	X-RAY DIFFRACTION	84
2.4146-2.4491	0.2805	178	0.2001	3530	X-RAY DIFFRACTION	85
2.4491-2.4857	0.2643	172	0.1944	3536	X-RAY DIFFRACTION	85
2.4857-2.5245	0.2719	190	0.2021	3527	X-RAY DIFFRACTION	85
2.5245-2.5659	0.2561	200	0.1923	3584	X-RAY DIFFRACTION	86
2.5659-2.6102	0.2655	207	0.2042	3512	X-RAY DIFFRACTION	86
2.6102-2.6576	0.2468	174	0.1935	3543	X-RAY DIFFRACTION	86
2.6576-2.7087	0.2729	200	0.1983	3639	X-RAY DIFFRACTION	89
2.7087-2.764	0.2523	211	0.1941	3666	X-RAY DIFFRACTION	89
2.764-2.8241	0.2682	213	0.1933	3721	X-RAY DIFFRACTION	90
2.8241-2.8898	0.2523	178	0.211	3796	X-RAY DIFFRACTION	91
2.8898-2.9621	0.2892	213	0.2144	3727	X-RAY DIFFRACTION	91
2.9621-3.0421	0.2614	185	0.2104	3809	X-RAY DIFFRACTION	92
3.0421-3.1316	0.2777	201	0.1967	3903	X-RAY DIFFRACTION	94
3.1316-3.2327	0.2398	192	0.2027	3912	X-RAY DIFFRACTION	94
3.2327-3.3482	0.263	215	0.1934	3969	X-RAY DIFFRACTION	96
3.3482-3.4822	0.2337	212	0.1854	4036	X-RAY DIFFRACTION	97
3.4822-3.6407	0.2288	210	0.1695	4013	X-RAY DIFFRACTION	97
3.6407-3.8325	0.2216	212	0.1626	4097	X-RAY DIFFRACTION	98
3.8325-4.0726	0.1822	204	0.1433	4063	X-RAY DIFFRACTION	98
4.0726-4.3868	0.1643	231	0.1243	4106	X-RAY DIFFRACTION	98
4.3868-4.8279	0.172	244	0.125	4104	X-RAY DIFFRACTION	99
4.8279-5.5257	0.1668	240	0.1346	4168	X-RAY DIFFRACTION	99
5.5257-6.9586	0.1969	210	0.1665	4262	X-RAY DIFFRACTION	100
6.9586-48.8249	0.1669	227	0.1449	4382	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6162	0.2633	-0.0343	0.4134	-0.1434	0.5652	0.0771	-0.0402	0.0031	0.0484	-0.0551	0.0158	-0.0086	-0.0286	-0.0152	0.1138	0.0109	-0.024	0.1069	0.02	0.1196	-35.0333	40.9884	-14.2292
2	0.7375	-0.1287	0.0433	0.1976	-0.0726	0.1678	0.1361	0.2374	0.0343	-0.0295	-0.0993	-0.0381	0.0067	0.0575	-0.0188	0.1655	0.0354	-0.0317	0.2273	0.0583	0.1722	-19.2067	50.6293	-34.1095
3	0.1627	-0.1372	-0.2192	0.4262	0.6221	1.0253	0.1086	0.0293	-0.0146	-0.0643	-0.1193	-0.0293	0.0772	-0.4156	0.0219	0.271	0.0349	-0.007	0.3686	0.0302	0.2324	-3.6991	35.083	-58.8885
4	0.7408	-0.1056	0.1008	0.5191	0.0104	0.2505	0.0035	-0.1529	0.1022	-0.0589	0.0013	-0.0285	-0.0205	-0.0081	-0.0047	0.1577	0.0014	-0.0154	0.1829	0.0212	0.2203	4.3237	53.6146	-14.2627
5	0.1931	-0.2774	0.0192	0.3781	-0.0593	0.0943	0.2104	0.3666	0.1755	0.0128	-0.0531	-0.4278	0.0573	0.1834	0.0547	0.0915	-0.0535	0.1864	0.123	0.4389	-0.1008	22.2194	49.3133	-34.1332
6	0.0956	0.0517	0.1029	0.3571	0.2991	0.3818	0.1807	-0.0887	-0.0172	-0.1528	-0.1619	-0.0011	-0.0388	-0.3591	-0.0053	0.3084	0.0492	0.0134	0.4068	0.1158	0.2685	22.0161	27.1825	-58.9358
7	0.5602	-0.3823	-0.1874	0.4939	0.0443	0.7518	-0.083	-0.0415	0.0837	0.0428	0.0888	-0.0403	-0.0289	0.0145	-0.0085	0.0829	-0.0187	-0.0181	0.0907	0.0289	0.1277	41.1742	34.8802	-14.3339
8	0.1143	0.0341	-0.0364	0.4942	-0.1651	0.4034	-0.0593	0.0542	-0.0046	-0.1103	0.0389	-0.093	0.1255	0.0573	0.0231	0.2173	-0.0178	0.044	0.2022	0.0513	0.2019	50.9765	19.1563	-34.1504
9	0.3937	0.1246	0.5263	0.1718	0.3031	1.0207	-0.1336	0.1218	-0.0117	-0.116	0.1173	-0.0029	-0.6449	-0.145	0.0476	0.3992	0.0421	0.0269	0.2371	0.0324	0.1577	35.2632	3.6653	-58.9533
10	0.4962	0.1712	0.0445	0.6342	0.0203	0.2023	-0.0196	0.034	-0.04	0.1638	-0.0229	-0.1068	0.0067	0.0296	0.0228	0.1828	-0.004	0.0141	0.1555	0.0283	0.2468	54.0505	-4.3772	-14.3034
11	0.2441	0.0969	-0.0313	0.0603	0.061	0.1196	-0.0729	0.0428	-0.1658	-0.119	0.1464	-0.0861	0.0451	0.0108	0.0181	0.2328	-0.0354	0.1308	0.1654	-0.0516	0.2052	49.6927	-22.2762	-34.1159
12	0.6879	-0.0878	0.9661	0.0816	-0.0722	1.3906	-0.0587	0.1042	-0.0616	-0.0333	0.0888	0.0413	-0.3544	0.1516	-0.0138	0.3708	-0.0105	0.0684	0.3198	-0.0074	0.309	27.4431	-22.1448	-58.9781

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A and (resid 4:141 or resid 400:519)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain A and (resid 362:399 or resid 142:210)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain A and resid 211:361
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain B and (resid 4:141 or resid 400:519)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain B and (resid 362:399 or resid 142:210)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain B and resid 211:361
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain C and (resid 4:141 or resid 400:519)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain C and (resid 362:399 or resid 142:210)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain C and resid 211:361
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain D and (resid 4:141 or resid 400:519)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain D and (resid 362:399 or resid 142:210)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain D and resid 211:361

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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