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万見
- PDB-3ru4: Crystal structure of the Bowman-Birk serine protease inhibitor BT... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ru4
タイトルCrystal structure of the Bowman-Birk serine protease inhibitor BTCI in complex with trypsin and chymotrypsin
要素
  • (Chymotrypsinogen ...) x 3
  • Bowman-Birk type seed trypsin and chymotrypsin inhibitor
  • Cationic trypsin
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / serine protease and bowman-birk fold / digestion and inhibition / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


chymotrypsin / trypsin / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / digestion / serine-type endopeptidase inhibitor activity / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space ...chymotrypsin / trypsin / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / digestion / serine-type endopeptidase inhibitor activity / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cysteine Protease (Bromelain) Inhibitor, subunit H / Cysteine Protease (Bromelain) Inhibitor, subunit H / Bowman-Birk serine protease inhibitors family signature. / Proteinase inhibitor I12, Bowman-Birk / Bowman-Birk type proteinase inhibitor / Bowman-Birk type proteinase inhibitor / Ribbon / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family ...Cysteine Protease (Bromelain) Inhibitor, subunit H / Cysteine Protease (Bromelain) Inhibitor, subunit H / Bowman-Birk serine protease inhibitors family signature. / Proteinase inhibitor I12, Bowman-Birk / Bowman-Birk type proteinase inhibitor / Bowman-Birk type proteinase inhibitor / Ribbon / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine protease 1 / Chymotrypsinogen A / Bowman-Birk type seed trypsin and chymotrypsin inhibitor
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
Vigna unguiculata (マメ科)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.68 Å
データ登録者Esteves, G.F. / Santos, C.R. / Ventura, M.M. / Barbosa, J.A.R.G. / Freitas, S.M.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the Bowman-Birk serine protease inhibitor BTCI in complex with trypsin and chymotrypsin
著者: Esteves, G.F. / Teles, R.C.L. / Cavalcante, N.S. / Neves, D. / Ventura, M.M. / Barbosa, J.A.R.G. / Freitas, S.M.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2007
タイトル: Crystallization, data collection and processing of the chymotrypsin-BTCI-trypsin ternary complex.
著者: Esteves, G.F. / Teles, R.C. / Cavalcante, N.S. / Neves, D. / Ventura, M.M. / Barbosa, J.A. / de Freitas, S.M.
履歴
登録2011年5月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
T: Cationic trypsin
B: Bowman-Birk type seed trypsin and chymotrypsin inhibitor
C: Chymotrypsinogen A
D: Chymotrypsinogen A
E: Chymotrypsinogen A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,10129
ポリマ－55,0355
非ポリマー2,06624
水12,502694
1
T: Cationic trypsin
ヘテロ分子

B: Bowman-Birk type seed trypsin and chymotrypsin inhibitor
C: Chymotrypsinogen A
D: Chymotrypsinogen A
E: Chymotrypsinogen A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,10129
ポリマ－55,0355
非ポリマー2,06624
水905
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation1_655x+1,y,z1
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14200 Å2
ΔGint-196 kcal/mol
Surface area20130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.477, 54.571, 69.286
Angle α, β, γ (deg.)67.28, 71.04, 73.55
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 TB

#1: タンパク質 Cationic trypsin / Beta-trypsin / Alpha-trypsin chain 1 / Alpha-trypsin chain 2


分子量: 23324.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00760, trypsin
#2: タンパク質 Bowman-Birk type seed trypsin and chymotrypsin inhibitor / BTCI


分子量: 6689.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna unguiculata (マメ科) / 参照: UniProt: P17734

-
Chymotrypsinogen ... , 3種, 3分子 CDE

#3: タンパク質・ペプチド Chymotrypsinogen A / Chymotrypsin A chain A


分子量: 1083.301 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00766, chymotrypsin
#4: タンパク質 Chymotrypsinogen A / Chymotrypsin A chain B


分子量: 13934.556 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00766, chymotrypsin
#5: タンパク質 Chymotrypsinogen A / Chymotrypsin A chain C


分子量: 10003.417 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00766, chymotrypsin

-
非ポリマー , 6種, 718分子

#6: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#9: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#10: 化合物 ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 694 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.84 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 10%(w/v) polyethylene glycol (PEG) 6000, 5%(v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: D03B-MX1 / 波長: 1.427 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月30日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.427 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.675→62.02 Å / Num. all: 57400 / Num. obs: 57400 / % possible obs: 80.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 11.87
反射 シェル解像度: 1.675→1.74 Å / 冗長度: 1.2 % / Rmerge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 1.28 / % possible all: 27.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0110精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 2G81 AND 4CHA

2g81

4cha


解像度: 1.68→62.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 4.735 / SU ML: 0.068 / Isotropic thermal model: TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.105 / ESU R Free: 0.104 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19249 2899 5.1 %RANDOM
Rwork0.1572 ---
obs0.15901 54466 80.22 %-
all-54466 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.518 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.38 Å2-0.06 Å21.17 Å2
2---0.76 Å20.57 Å2
3----0.78 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.68→62.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3834 0 122 694 4650
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0224125
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.241.9675628
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2225553
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.02625.429140
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.34815656
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.568159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1290.2638
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0212996
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0581.52637
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.60524270
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.83331488
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.8794.51340
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.675→1.719 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.628 51 -
Rwork0.547 1123 -
obs--22.16 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5307-0.2399-0.43052.6084-0.20882.1695-0.0186-0.0122-0.02210.1031-0.00510.01380.08670.02380.02370.0104-0.0042-0.00680.024-0.00470.0247-14.865-11.903311.2033
23.04722.6554-3.03462.3974-2.57073.57380.2027-0.25420.10380.2183-0.1650.0051-0.17690.1887-0.03770.0631-0.0114-0.03280.0975-0.03330.10181.78268.066211.2856
31.74620.1457-0.23142.0303-0.68683.07620.00330.08880.0026-0.156-0.0096-0.0492-0.0035-0.03560.00630.01170.0061-0.00060.0311-0.0140.024714.13910.463-12.8393
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1T16 - 238
2X-RAY DIFFRACTION2B14 - 74
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 11
4X-RAY DIFFRACTION3D16 - 146
5X-RAY DIFFRACTION3E150 - 245

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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