[日本語] English
万見
- PDB-3rt1: Maltodextarn bound activated state form of yeast glycogen synthas... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rt1
タイトルMaltodextarn bound activated state form of yeast glycogen synthase isoform 2
要素PROTEIN (Glycogen [starch] synthase isoform 2)
キーワードTRANSFERASE / Maltodextarn binding / Rossmann fold / Glycosyl transferase / Glycogen binding
機能・相同性
機能・相同性情報


Glycogen synthesis / glycogen binding / glycogen(starch) synthase / alpha-1,4-glucan glucosyltransferase (UDP-glucose donor) activity / glycogen granule / glycogen biosynthetic process / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
F1FO ATP Synthase / F1FO ATP Synthase - #10 / Glycogen synthase / Glycogen synthase / Glycogen Phosphorylase B; / Helix non-globular / Special / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-maltotriose / alpha-maltotetraose / alpha-maltopentaose / 6-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Glycogen [starch] synthase isoform 2
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Baskaran, S. / Hurley, T.D.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Multiple Glycogen-binding Sites in Eukaryotic Glycogen Synthase Are Required for High Catalytic Efficiency toward Glycogen.
著者: Baskaran, S. / Chikwana, V.M. / Contreras, C.J. / Davis, K.D. / Wilson, W.A. / Depaoli-Roach, A.A. / Roach, P.J. / Hurley, T.D.
履歴
登録2011年5月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年10月12日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (Glycogen [starch] synthase isoform 2)
B: PROTEIN (Glycogen [starch] synthase isoform 2)
C: PROTEIN (Glycogen [starch] synthase isoform 2)
D: PROTEIN (Glycogen [starch] synthase isoform 2)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)334,66418
ポリマ－328,7954
非ポリマー5,86914
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area22200 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area98930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)193.439, 205.328, 206.889
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

-
要素

-
タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 8分子 ABCD

#1: タンパク質
PROTEIN (Glycogen [starch] synthase isoform 2)


分子量: 82198.867 Da / 分子数: 4 / 変異: R589A R592A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: GSY2, L8479.8, YLR258W / プラスミド: pET28A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P27472, glycogen(starch) synthase
#7: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3

-
糖 , 5種, 10分子

#2: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D- ...alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1315.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,8,7/[a2122h-1a_1-5]/1-1-1-1-1-1-1-1/a4-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1_e4-f1_f4-g1_g4-h1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltotriose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 504.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltotriose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,3,2/[a2122h-1a_1-5]/1-1-1/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltotetraose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 基質類似体 / 分子量: 666.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltotetraose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,4,3/[a2122h-1a_1-5]/1-1-1-1/a4-b1_b4-c1_c4-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D- ...alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltopentaose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 基質類似体 / 分子量: 828.719 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltopentaose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,5,4/[a2122h-1a_1-5]/1-1-1-1-1/a4-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖
ChemComp-G6P / 6-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose / ALPHA-D-GLUCOSE-6-PHOSPHATE / 6-O-phosphono-alpha-D-glucose / 6-O-phosphono-D-glucose / 6-O-phosphono-glucose / グルコ-ス6-りん酸


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 260.136 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H13O9P
識別子タイププログラム
a-D-Glcp6PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

-
詳細

配列の詳細AUTHORS SEQUENCE MATCHES WITH GENBANK ENTRY CODE AAA88716. SEE SEQADV REMARK.

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.63 %
結晶化温度: 293 K / pH: 6.2
詳細: 0.1M Bis-Tris, 25% PEG 300, VAPOR DIFFUSION, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K, pH 6.2

-
データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 96658 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.503 / Rsym value: 0.538 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→48.58 Å / SU ML: 2.74 / σ(F): 0.04 / 位相誤差: 27.31 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.261 4837 5 %
Rwork0.211 --
obs0.213 96658 95.1 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 31.12 Å2 / ksol: 0.32 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.0268 Å20 Å2-0 Å2
2--15.3915 Å20 Å2
3----11.3647 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→48.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20618 0 333 0 20951
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00721458
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.01229100
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.6557878
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.073230
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0043720
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7949-2.82660.34671460.29212606X-RAY DIFFRACTION82
2.8266-2.85990.35261340.28922730X-RAY DIFFRACTION86
2.8599-2.89480.34741260.27322768X-RAY DIFFRACTION86
2.8948-2.93140.33371390.27632790X-RAY DIFFRACTION87
2.9314-2.970.30491430.27572799X-RAY DIFFRACTION87
2.97-3.01070.35541520.28012853X-RAY DIFFRACTION90
3.0107-3.05370.35141660.25882888X-RAY DIFFRACTION91
3.0537-3.09920.27921700.26372938X-RAY DIFFRACTION92
3.0992-3.14770.35041530.27052927X-RAY DIFFRACTION92
3.1477-3.19930.31351620.2713004X-RAY DIFFRACTION94
3.1993-3.25440.32631640.24823047X-RAY DIFFRACTION95
3.2544-3.31360.28691610.25523063X-RAY DIFFRACTION96
3.3136-3.37730.3271660.24553059X-RAY DIFFRACTION96
3.3773-3.44620.29321730.23663115X-RAY DIFFRACTION98
3.4462-3.52110.3061530.23463119X-RAY DIFFRACTION97
3.5211-3.6030.27731800.23343117X-RAY DIFFRACTION98
3.603-3.69310.29961660.21223149X-RAY DIFFRACTION98
3.6931-3.79290.26281540.20843179X-RAY DIFFRACTION99
3.7929-3.90450.2661810.21253143X-RAY DIFFRACTION99
3.9045-4.03040.24341830.19563172X-RAY DIFFRACTION99
4.0304-4.17440.22971630.18583209X-RAY DIFFRACTION99
4.1744-4.34140.24841690.18263188X-RAY DIFFRACTION99
4.3414-4.53890.23051710.17563188X-RAY DIFFRACTION99
4.5389-4.7780.19551750.16513231X-RAY DIFFRACTION100
4.778-5.0770.23831760.16973225X-RAY DIFFRACTION100
5.077-5.46860.22031470.17933267X-RAY DIFFRACTION100
5.4686-6.0180.24441610.18623251X-RAY DIFFRACTION100
6.018-6.88670.2211690.18283256X-RAY DIFFRACTION100
6.8867-8.66850.20971620.15593303X-RAY DIFFRACTION100
8.6685-48.58650.18071720.1673237X-RAY DIFFRACTION95

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る