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- PDB-3rrq: Crystal structure of the extracellular domain of human PD-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rrq
タイトルCrystal structure of the extracellular domain of human PD-1
要素Programmed cell death protein 1
キーワードIMMUNE SYSTEM / PD-1 / Programmed death-1 / costimulatory
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of tolerance induction / regulatory T cell apoptotic process / negative regulation of immune response / negative regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / negative regulation of T cell activation / positive regulation of T cell apoptotic process / B cell apoptotic process / negative regulation of B cell apoptotic process / humoral immune response / Co-inhibition by PD-1 ...negative regulation of tolerance induction / regulatory T cell apoptotic process / negative regulation of immune response / negative regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / negative regulation of T cell activation / positive regulation of T cell apoptotic process / B cell apoptotic process / negative regulation of B cell apoptotic process / humoral immune response / Co-inhibition by PD-1 / regulation of immune response / signaling receptor activity / adaptive immune response / Potential therapeutics for SARS / external side of plasma membrane / apoptotic process / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Programmed cell death protein 1 / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold ...Programmed cell death protein 1 / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Programmed cell death protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Lazar-Molnar, E. / Ramagopal, U.A. / Nathenson, S.G. / Almo, S.C.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the extracellular domain of human PD-1
著者: Lazar-Molnar, E. / Ramagopal, U.A. / Nathenson, S.G. / Almo, S.C.
履歴
登録2011年4月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Programmed cell death protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4451
ポリマ－14,4451
非ポリマー00
水63135
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)46.020, 46.020, 187.395
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
詳細monomer

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要素

#1: タンパク質 Programmed cell death protein 1 / Protein PD-1


分子量: 14445.148 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 32-160 / 変異: A132L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PD-1, PD1, PDCD1 / プラスミド: pET-3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3) pLysS / 参照: UniProt: Q15116
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.97 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 3.5M Sodium formate, 0.1M Bis-Tris, pH 7.5, Vapor diffusion, Sitting drop, temperature 298K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 7612 / Num. obs: 7612 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 17.4 % / Biso Wilson estimate: 36 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rsym value: 0.043 / Χ2: 1.012 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.1-2.1818.30.5727080.958100
2.18-2.2618.20.4777251.08100
2.26-2.3718.10.3727310.998100
2.37-2.4918.10.2937370.913100
2.49-2.65180.2237460.976100
2.65-2.8517.80.1377510.932100
2.85-3.1417.60.0867461.048100
3.14-3.5917.30.0667771.301100
3.59-4.5216.50.0387900.953100
4.52-5014.90.0269010.95899.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
CBASSデータ収集
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1NPU

1npu


解像度: 2.1→36.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / WRfactor Rfree: 0.2339 / WRfactor Rwork: 0.2016 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8019 / SU B: 12.869 / SU ML: 0.151 / SU R Cruickshank DPI: 0.2301 / SU Rfree: 0.1883 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.188 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2488 350 4.7 %RANDOM
Rwork0.2143 ---
obs0.2159 7526 99.85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 125.6 Å2 / Biso mean: 48.9633 Å2 / Biso min: 20.33 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.67 Å20.34 Å20 Å2
2--0.67 Å20 Å2
3----1.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→36.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数845 0 0 35 880
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.022888
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5011.9531206
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3615111
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.74322.04544
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.18315145
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.6491512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1110.2134
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021689
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0192552
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.2373893
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2132336
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2483311
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.153 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.239 20 -
Rwork0.197 493 -
all-513 -
obs--99.81 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -18.336 Å / Origin y: 16.204 Å / Origin z: 2.049 Å
111213212223313233
T0.1708 Å20.0315 Å20.0104 Å2-0.3065 Å20.0118 Å2--0.2098 Å2
L5.2692 °20.045 °2-0.0111 °2-3.0542 °21.2036 °2--4.4368 °2
S-0.1689 Å °-0.5647 Å °-0.2113 Å °0.4258 Å °0.1661 Å °0.0476 Å °0.533 Å °0.0517 Å °0.0028 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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