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- PDB-3rro: Crystal structure of 3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rro
タイトルCrystal structure of 3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase (FabG) from Vibrio cholerae
要素3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / FabG / acyl carrier protein / Cell Plasma
機能・相同性
機能・相同性情報


3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / fatty acid elongation / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / NAD binding / NADP binding
類似検索 - 分子機能
3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase / : / PKS_KR / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold ...3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase / : / PKS_KR / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIETHYLENE GLYCOL / : / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase FabG
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae O1 biovar El Tor (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Hou, J. / Chruszcz, M. / Cooper, D.R. / Grabowski, M. / Zheng, H. / Osinski, T. / Shumilin, I. / Anderson, W. / Minor, W. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2015
タイトル: Dissecting the Structural Elements for the Activation of beta-Ketoacyl-(Acyl Carrier Protein) Reductase from Vibrio cholerae.
著者: Hou, J. / Zheng, H. / Chruszcz, M. / Zimmerman, M.D. / Shumilin, I.A. / Osinski, T. / Demas, M. / Grimshaw, S. / Minor, W.
履歴
登録2011年4月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22015年11月25日Group: Database references
改定 1.32016年3月23日Group: Database references
改定 1.42022年4月13日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年9月13日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase
B: 3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,73125
ポリマ－52,7162
非ポリマー2,01523
水3,567198
1
A: 3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase
B: 3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase
ヘテロ分子

A: 3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase
B: 3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,46350
ポリマ－105,4324
非ポリマー4,03046
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_455-x-1,-y,z1
Buried area22890 Å2
ΔGint-288 kcal/mol
Surface area33920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.939, 63.939, 190.146
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number171
Space group name H-MP62
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-255-

SO4

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22B
13A
23B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERGLUGLU2AA2 - 1895 - 192
21SERSERGLUGLU2BB2 - 1895 - 192
12THRTHRALAALA4AA190 - 210193 - 213
22THRTHRALAALA4BB190 - 210193 - 213
13GLYGLYILEILE2AA211 - 248214 - 251
23GLYGLYILEILE2BB211 - 248214 - 251

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase


分子量: 26358.113 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio cholerae O1 biovar El Tor (コレラ菌)
株: N16961 / 遺伝子: VCD_002346 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 codonplus
参照: UniProt: C3NP04, UniProt: Q9KQH7*PLUS, 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase

-
非ポリマー , 6種, 221分子

#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 198 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.46 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 0.1M Tris pH9, 5% Tacsimate, 2.6M Ammonium sulfate, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月18日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.644
11-H-K, K, -L20.356
反射解像度: 2→25 Å / Num. all: 29605 / Num. obs: 29605 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 18.9
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.404 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 1455 / Rsym value: 0.404 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
HKL-3000位相決定
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
Cootモデル構築
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3OP4

3op4


解像度: 2→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 5.509 / SU ML: 0.08 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.03 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17922 1430 5 %RANDOM
Rwork0.13885 ---
all0.14091 27004 --
obs0.14091 27004 95.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.23 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.23 Å20 Å20 Å2
2---6.23 Å20 Å2
3---12.46 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3607 0 115 198 3920
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0223760
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.022500
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2591.9875061
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.42336118
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6585498
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.78324.685143
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.0115643
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.5071526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2585
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.024179
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02697
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6021.52439
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0841.51037
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.99523879
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.84331321
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9314.51181
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11106TIGHT POSITIONAL0.030.05
11191MEDIUM POSITIONAL0.060.5
11106TIGHT THERMAL0.120.5
11191MEDIUM THERMAL0.122
2241MEDIUM POSITIONAL0.230.5
2241MEDIUM THERMAL0.162
3221TIGHT POSITIONAL0.080.05
3244MEDIUM POSITIONAL0.360.5
3221TIGHT THERMAL0.430.5
3244MEDIUM THERMAL0.572
LS精密化 シェル解像度: 1.999→2.051 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.224 74 -
Rwork0.145 1241 -
obs--60.54 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.4383-0.60590.75462.157-0.15172.85890.39740.56390.0172-0.235-0.3494-0.2866-0.07570.3344-0.0480.31920.17450.08020.34090.05360.0965-7.261-11.327-17.507
21.9776-0.374-0.30671.6183-0.09261.20230.31770.3143-0.0852-0.4594-0.2198-0.1270.05030.0932-0.09790.30050.13140.01770.22560.00650.0323-23.249-5.848-18.139
32.5503-0.4476-0.13022.04820.88631.21310.2745-0.06080.3193-0.3804-0.1752-0.2885-0.20410.156-0.09930.20280.00550.07630.19350.0430.0689-15.11.635-4.574
43.0812-0.7951-0.96762.7725-0.32684.6189-0.069-0.6882-0.1880.19530.0299-0.16630.06950.27250.0390.1063-0.0313-0.04480.59930.150.0688-10.306-13.59619.411
52.4808-0.3627-0.20080.9461-0.45760.74610.1001-0.8295-0.07870.0717-0.0276-0.0141-0.00770.0475-0.07250.1186-0.0721-0.01250.51670.05230.0307-23.76-5.04516.521
62.38-0.110.24981.85960.08341.47050.1899-0.3328-0.3961-0.023-0.11480.1190.2085-0.0468-0.07510.1315-0.0247-0.03630.23090.08480.0787-24.744-14.9083.736
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 64
2X-RAY DIFFRACTION2A65 - 192
3X-RAY DIFFRACTION3A193 - 248
4X-RAY DIFFRACTION4B2 - 78
5X-RAY DIFFRACTION5B79 - 195
6X-RAY DIFFRACTION6B196 - 248

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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