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- PDB-3ro9: Candida glabrata dihydrofolate reductase complexed with NADPH and... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ro9
タイトルCandida glabrata dihydrofolate reductase complexed with NADPH and 6-ethyl-5-[(3R)-3-[3-methoxy-5-(pyridin-4-yl)phenyl]but-1-yn-1-yl]pyrimidine-2,4-diamine (UCP1006)
要素Strain CBS138 chromosome J complete sequence
キーワードOXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / Antifungal Agents / Candida glabrata / Drug Design / Enzyme Inhibitors / Fungal Proteins / Models / Molecular Structure / Structure-Activity Relationship / Tetrahydrofolate Dehydrogenase / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


dihydrofolate metabolic process / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / folic acid metabolic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / NADP binding / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
Dihydrofolate reductase / Dihydrofolate Reductase, subunit A / Dihydrofolate Reductase, subunit A / Dihydrofolate reductase conserved site / Dihydrofolate reductase (DHFR) domain signature. / Dihydrofolate reductase (DHFR) domain profile. / Dihydrofolate reductase domain / Dihydrofolate reductase / Dihydrofolate reductase-like domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-06U / Chem-NDP / Dihydrofolate reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Candida glabrata (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.596 Å
データ登録者Paulsen, J.L. / Anderson, A.C.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2013
タイトル: Structural analysis of the active sites of dihydrofolate reductase from two species of Candida uncovers ligand-induced conformational changes shared among species.
著者: Paulsen, J.L. / Viswanathan, K. / Wright, D.L. / Anderson, A.C.
履歴
登録2011年4月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年3月27日Group: Database references
改定 1.22013年11月20日Group: Non-polymer description
改定 1.32017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42024年2月28日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Strain CBS138 chromosome J complete sequence
B: Strain CBS138 chromosome J complete sequence
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,6566
ポリマ－52,4182
非ポリマー2,2384
水64936
1
A: Strain CBS138 chromosome J complete sequence
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,3283
ポリマ－26,2091
非ポリマー1,1192
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Strain CBS138 chromosome J complete sequence
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,3283
ポリマ－26,2091
非ポリマー1,1192
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.260, 42.260, 238.690
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number76
Space group name H-MP41
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: 06U / Beg label comp-ID: 06U / End auth comp-ID: HIS / End label comp-ID: HIS / End label seq-ID: 225 / Refine code: 2 / Auth seq-ID: 1 - 227

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AD - A
2BF - B

-
要素

#1: タンパク質 Strain CBS138 chromosome J complete sequence


分子量: 26209.061 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Candida glabrata (菌類) / 遺伝子: CAGL0J03894g, DHFR / プラスミド: pET41 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6FPH0
#2: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-06U / 6-ethyl-5-{(3R)-3-[3-methoxy-5-(pyridin-4-yl)phenyl]but-1-yn-1-yl}pyrimidine-2,4-diamine / (R)-1-(2,4-ジアミノ-6-エチルピリミジン-5-イル)-3-[3-メトキシ-5-(4-ピリジニル)フェニル](以下略)


分子量: 373.451 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H23N5O
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.5 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG 4000, Magnesium chloride, Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月2日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.596→41.63 Å / Num. all: 10629 / Num. obs: 10629 / % possible obs: 90.4 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.051 / Χ2: 2.795 / Net I/σ(I): 21.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.596-2.673.20.1376122.63695.9
2.67-2.713.30.1315642.71996.1
2.71-2.773.20.1175752.79294.9
2.77-2.823.20.1096162.77395.5
2.82-2.883.10.1035812.78794.9
2.88-2.953.10.0895563.06695
2.95-3.0230.0886033.06993.2
3.02-3.1130.0795522.90492.8
3.11-3.22.90.0735533.42889.5
3.2-3.32.90.0675773.06691
3.3-3.422.90.0645393.23290.6
3.42-3.562.70.0535693.00187.4
3.56-3.722.70.0465163.13189.4
3.72-3.912.70.0475422.82485.6
3.91-4.162.70.0474952.97581.7
4.16-4.482.60.0415213.17284.3
4.48-4.932.70.0375202.51783.7
4.93-5.642.90.045512.51787.5
5.64-7.113.30.0385602.11688.6
7.11-504.40.0375822.10790.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
DENZOデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.596→41.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.883 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.6 / SU B: 13.018 / SU ML: 0.287 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.442 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2648 548 4.9 %RANDOM
Rwork0.2018 ---
obs0.2049 10629 87.05 %-
all-10629 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 54.54 Å2 / Biso mean: 31.7562 Å2 / Biso min: 4.73 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.596→41.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3692 0 152 36 3880
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0223946
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0811.9995354
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.5485448
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.82524.086186
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.39315694
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.2651524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2570
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022954
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2180.21630
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3160.22628
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1460.2147
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2030.295
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1350.212
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5331.52324
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.92723646
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.17431910
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.9084.51708
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
900TIGHT POSITIONAL0.020.05
946MEDIUM POSITIONAL0.30.5
900TIGHT THERMAL0.040.5
946MEDIUM THERMAL0.262
LS精密化 シェル解像度: 2.596→2.663 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.304 28 -
Rwork0.266 414 -
all-442 -
obs--48.04 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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