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- PDB-3rmh: Crystal Structure of yeast telomere protein Cdc13 OB4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rmh
タイトルCrystal Structure of yeast telomere protein Cdc13 OB4
要素Yeast Cdc13 OB4
キーワードPROTEIN BINDING / OB fold / dimer / dimeric complex
機能・相同性
機能・相同性情報


chromosome, telomeric region => GO:0000781 / telomere maintenance / DNA binding
類似検索 - 分子機能
OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #810 / Cell division control protein 13, OB2 domain / Cell division control protein 13, OB2 domain / Cell division control protein 13, N-terminal / Cdc13, OB4 dimerization domain / Cell division control protein 13 N-terminus / Cdc13 OB4 dimerization domain / Telomeric single stranded DNA binding POT1/Cdc13 / Telomeric single stranded DNA binding POT1/CDC13 / Telomeric single stranded DNA binding POT1/CDC13 ...OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #810 / Cell division control protein 13, OB2 domain / Cell division control protein 13, OB2 domain / Cell division control protein 13, N-terminal / Cdc13, OB4 dimerization domain / Cell division control protein 13 N-terminus / Cdc13 OB4 dimerization domain / Telomeric single stranded DNA binding POT1/Cdc13 / Telomeric single stranded DNA binding POT1/CDC13 / Telomeric single stranded DNA binding POT1/CDC13 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Telo_bind domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Candida glabrata (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.902 Å
データ登録者Sun, J. / Yang, Y. / Lei, M.
引用ジャーナル: Mol.Cell.Biol. / 年: 2012
タイトル: Analyses of Candida Cdc13 Orthologues Revealed a Novel OB Fold Dimer Arrangement, Dimerization-Assisted DNA Binding, and Substantial Structural Differences between Cdc13 and RPA70.
著者: Yu, E.Y. / Sun, J. / Lei, M. / Lue, N.F.
履歴
登録2011年4月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年1月11日Group: Database references
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Yeast Cdc13 OB4
B: Yeast Cdc13 OB4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,0882
ポリマ－35,0882
非ポリマー00
水2,378132
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2380 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area14530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.087, 39.046, 63.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.84, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Yeast Cdc13 OB4


分子量: 17544.146 Da / 分子数: 2 / 変異: M661L, A690V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Candida glabrata (菌類) / 遺伝子: CAGL0G05588g / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6FT40
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.38 %
結晶化温度: 277 K / 手法: シッティングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 28%PEG4000, 0.1M Tris-HCl, 0.01M NH4Cl, 0.05M CaCl2, pH 7.4, sitting drop, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年12月17日
放射モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→30 Å / Num. obs: 22461 / % possible obs: 98.31 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.902→29.859 Å / SU ML: 0.21 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.78 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2382 1155 5.14 %
Rwork0.2059 --
obs0.2076 22461 98.31 %
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 59.417 Å2 / ksol: 0.378 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--9.4633 Å20 Å22.6731 Å2
2--8.3663 Å2-0 Å2
3---1.097 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.902→29.859 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2174 0 0 132 2306
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072214
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0753008
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.921848
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07357
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004382
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.902-1.98820.25321160.21932420X-RAY DIFFRACTION90
1.9882-2.0930.24961590.20042667X-RAY DIFFRACTION99
2.093-2.2240.24511260.20392692X-RAY DIFFRACTION100
2.224-2.39570.24221410.19672683X-RAY DIFFRACTION100
2.3957-2.63670.25251590.21752692X-RAY DIFFRACTION100
2.6367-3.01790.24411290.21222729X-RAY DIFFRACTION100
3.0179-3.8010.25291720.2032687X-RAY DIFFRACTION100
3.801-29.86250.21471530.20362736X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -15.3223 Å / Origin y: -6.8937 Å / Origin z: 0.2205 Å
111213212223313233
T0.1109 Å2-0.0178 Å2-0.0041 Å2-0.1155 Å2-0.0256 Å2--0.1258 Å2
L1.5741 °20.0025 °2-0.7555 °2-0.4653 °20.1484 °2--5.0661 °2
S0.0784 Å °-0.0137 Å °0.0722 Å °-0.0306 Å °-0.1131 Å °0.0334 Å °-0.023 Å °-0.1263 Å °0.0263 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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