PDB-3rlu: Crystal structure of the mutant K82A of orotidine 5'-monophosphat...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3rlu

タイトル

Crystal structure of the mutant K82A of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from Methanobacterium thermoautotrophicum complexed with the inhibitor BMP

要素

Orotidine 5'-phosphate decarboxylase

キーワード

LYASE/LYASE INHIBITOR / tim barrel fold / LYASE-LYASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

orotidine-5'-phosphate decarboxylase / orotidine-5'-phosphate decarboxylase activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.49 Å

データ登録者

Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Desai, B. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: Conformational changes in orotidine 5'-monophosphate decarboxylase: a structure-based explanation for how the 5'-phosphate group activates the enzyme.
著者: Desai, B.J. / Wood, B.M. / Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Goryanova, B. / Amyes, T.L. / Richard, J.P. / Almo, S.C. / Gerlt, J.A.

履歴

登録	2011年4月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年4月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年6月19日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3rlu.cif.gz	108.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3rlu.ent.gz	82.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3rlu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3rlu_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3rlu_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	3rlu_validation.xml.gz	22.5 KB	表示
CIF形式データ	3rlu_validation.cif.gz	33.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rl/3rlu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rl/3rlu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3li0C 3p5yC 3p5zC 3p60C 3p61C 3qezC 3qf0C 3qmrC 3qmsC 3qmtC 3rlvC 3sj3C 3v1pC 4fx6C 4fx8C 4fxrC 4gc4C 3ltpS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3qf0-d 3li1-d 3g1f-1 4lc8-d 3nqc-d 3qms-d 3qmr-d 4o8r-6 3lv5-d 3p60-d 4o8r-7 3g24-d 3lhy-d 3nqe-d 3g1f-3 3pbv-d 3nqc-1 3g1d-d 3nq7-d 3lty-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase

B: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase

ヘテロ分子

50.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.784, 64.013, 61.627
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 115.52, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / OMP decarboxylase / OMPDCase / OMPdecase 分子量: 24826.594 Da / 分子数: 2 / 変異: K82A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌) 株: Delta H / 遺伝子: pyrF, MTH_129 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O26232, orotidine-5'-phosphate decarboxylase
#2: 化合物	ChemComp-BMP / 6-HYDROXYURIDINE-5'-PHOSPHATE / 6-ヒドロキシウリジン5′-りん酸タイプ: RNA linking / 分子量: 340.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₃N₂O₁₀P
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 444 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.61 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 20% PEG8000, 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97915
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月18日
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.49→32.375 Å / Num. all: 68389 / Num. obs: 68389 / % possible obs: 99.74 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
BALBES		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.6.4_486)	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3LTP

3ltp

解像度: 1.49→32.375 Å / SU ML: 0.15 / σ(F): 0 / 位相誤差: 15.64 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1739	3460	5.06 %	RANDOM
R_work	0.1533	-	-	-
obs	0.1543	68389	99.74 %	-
all	-	68389	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 41.649 Å² / k_sol: 0.395 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.8536 Å²	-0 Å²	-1.6663 Å²
2-	-	1.9524 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.0988 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.49→32.375 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3315	0	50	444	3809

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3526
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.062	4782
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.364	1381
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.071	538
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	637

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4898-1.5102	0.2573	147	0.2027	2432	X-RAY DIFFRACTION	94
1.5102-1.5318	0.215	121	0.1965	2605	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5318-1.5547	0.2298	122	0.185	2582	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5547-1.5789	0.2058	132	0.1734	2635	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5789-1.6048	0.2002	130	0.1629	2552	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6048-1.6325	0.1926	133	0.1621	2599	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6325-1.6622	0.1809	136	0.1566	2630	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6622-1.6942	0.1916	131	0.153	2574	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6942-1.7287	0.1917	154	0.1528	2576	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7287-1.7663	0.1737	140	0.1519	2593	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7663-1.8074	0.1616	137	0.1486	2615	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8074-1.8526	0.1829	142	0.1453	2575	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8526-1.9027	0.1595	126	0.1458	2616	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9027-1.9587	0.1839	142	0.1448	2561	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9587-2.0219	0.1798	141	0.1421	2620	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0219-2.0941	0.1798	131	0.1541	2609	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0941-2.178	0.1672	149	0.1519	2592	X-RAY DIFFRACTION	100
2.178-2.2771	0.1964	132	0.1521	2630	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2771-2.3971	0.1731	148	0.1502	2595	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3971-2.5472	0.16	148	0.1507	2578	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5472-2.7438	0.1624	163	0.1527	2581	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7438-3.0197	0.1778	133	0.1564	2644	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0197-3.4562	0.1501	152	0.1471	2605	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4562-4.3528	0.1419	137	0.1336	2647	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3528-32.3831	0.1898	133	0.1696	2683	X-RAY DIFFRACTION	100

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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