PDB-3qms: Crystal structure of the mutant T159V,V182A,Y206F of orotidine 5'...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3qms

タイトル

Crystal structure of the mutant T159V,V182A,Y206F of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from Methanobacterium thermoautotrophicum complexed with the inhibitor BMP

要素

Orotidine 5'-phosphate decarboxylase

キーワード

LYASE/LYASE INHIBITOR / tim barrel fold / orotidine 5'-monophosphate decarboxylase / inhibitor BMP / LYASE-LYASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

orotidine-5'-phosphate decarboxylase / orotidine-5'-phosphate decarboxylase activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Methanothermobacter thermautotrophicus str. Delta H (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.32 Å

データ登録者

Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Desai, B. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: Conformational changes in orotidine 5'-monophosphate decarboxylase: a structure-based explanation for how the 5'-phosphate group activates the enzyme.
著者: Desai, B.J. / Wood, B.M. / Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Goryanova, B. / Amyes, T.L. / Richard, J.P. / Almo, S.C. / Gerlt, J.A.

履歴

登録	2011年2月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年2月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年6月19日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3qms.cif.gz	108.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3qms.ent.gz	82.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3qms.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qm/3qms ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qm/3qms	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3li0C 3p5yC 3p5zC 3p60C 3p61C 3qezC 3qf0C 3qmrC 3qmtC 3rluC 3rlvC 3sj3C 3v1pC 4fx6C 4fx8C 4fxrC 4gc4C 3ltpS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4o8r-6 3nqc-d 3qmr-d 4lc8-d 3lhy-d 3rlu-d 3qf0-d 3p60-d 3v1p-d 3g1f-3 4nx5-d 3pbv-d 3g24-d 3g1f-1 1km3-2 3m1z-d 3g1h-6 3lv5-d 4fxr-d 3g1h-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase

B: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase

ヘテロ分子

50.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.813, 63.982, 61.429
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 115.48, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / OMP decarboxylase / OMPDCase / OMPdecase 分子量: 24838.672 Da / 分子数: 2 / 変異: T159V,V182A,Y206F / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanothermobacter thermautotrophicus str. Delta H (古細菌) 遺伝子: pyrF, MTH_129 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O26232, orotidine-5'-phosphate decarboxylase
#2: 化合物	ChemComp-BMP / 6-HYDROXYURIDINE-5'-PHOSPHATE / 6-ヒドロキシウリジン5′-りん酸タイプ: RNA linking / 分子量: 340.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₃N₂O₁₀P
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 454 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.42 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 60% tacsimate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97915 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2011年1月27日
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.32→39.996 Å / Num. all: 97927 / Num. obs: 97927 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
BALBES		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.6.4_486)	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3LTP

3ltp

解像度: 1.32→39.996 Å / SU ML: 0.16 / σ(F): 0 / 位相誤差: 16.11 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1827	4895	5 %	RANDOM
R_work	0.1636	-	-	-
all	0.1646	97927	-	-
obs	0.1646	97927	99.8 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 34.731 Å² / k_sol: 0.377 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.4074 Å²	-0 Å²	-2.1084 Å²
2-	-	1.8641 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.4567 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.32→39.996 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3309	0	50	454	3813

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3539
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.09	4800
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.232	1389
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.074	540
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	639

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.32-1.335	0.3144	163	0.2925	2986	X-RAY DIFFRACTION	97
1.335-1.3507	0.2719	164	0.266	3069	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3507-1.3672	0.2715	158	0.2534	3118	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3672-1.3845	0.2661	154	0.2357	3093	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3845-1.4027	0.2717	161	0.2266	3076	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4027-1.4219	0.2504	178	0.2062	3110	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4219-1.4422	0.2098	177	0.1898	3057	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4422-1.4638	0.2049	187	0.1869	3084	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4638-1.4866	0.2025	182	0.1742	3072	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4866-1.511	0.1801	151	0.1665	3088	X-RAY DIFFRACTION	100
1.511-1.5371	0.196	153	0.1671	3143	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5371-1.565	0.202	151	0.1571	3073	X-RAY DIFFRACTION	100
1.565-1.5951	0.1695	148	0.1549	3138	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5951-1.6277	0.1807	171	0.152	3084	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6277-1.6631	0.1647	164	0.1517	3103	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6631-1.7018	0.1573	169	0.1475	3078	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7018-1.7443	0.1644	169	0.1495	3086	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7443-1.7915	0.1862	162	0.1515	3106	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7915-1.8442	0.1787	152	0.1574	3102	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8442-1.9037	0.1812	166	0.1594	3127	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9037-1.9718	0.1793	165	0.1604	3107	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9718-2.0507	0.1841	179	0.1599	3088	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0507-2.144	0.1995	165	0.1629	3104	X-RAY DIFFRACTION	100
2.144-2.2571	0.1811	159	0.1563	3098	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2571-2.3985	0.1714	154	0.1555	3153	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3985-2.5836	0.1751	156	0.1607	3121	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5836-2.8435	0.1852	171	0.1716	3121	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8435-3.2548	0.1776	165	0.165	3135	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2548-4.1001	0.1646	144	0.1408	3156	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1001-40.0148	0.1547	157	0.1568	3156	X-RAY DIFFRACTION	98

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)