PDB-3qmt: Crystal structure of the mutant V182A,Y206F of orotidine 5'-monop...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3qmt

タイトル

Crystal structure of the mutant V182A,Y206F of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from Methanobacterium thermoautotrophicum complexed with the inhibitor BMP

要素

Orotidine 5'-phosphate decarboxylase

キーワード

LYASE/LYASE INHIBITOR / tim barrel fold / orotidine 5'-monophosphate decarboxylase / inhibitor BMP / LYASE-LYASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

orotidine-5'-phosphate decarboxylase / orotidine-5'-phosphate decarboxylase activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Methanothermobacter thermautotrophicus str. Delta H (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.3202 Å

データ登録者

Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Desai, B. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: Conformational changes in orotidine 5'-monophosphate decarboxylase: a structure-based explanation for how the 5'-phosphate group activates the enzyme.
著者: Desai, B.J. / Wood, B.M. / Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Goryanova, B. / Amyes, T.L. / Richard, J.P. / Almo, S.C. / Gerlt, J.A.

履歴

登録	2011年2月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年2月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年6月19日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3qmt.cif.gz	107.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3qmt.ent.gz	81.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3qmt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qm/3qmt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qm/3qmt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3li0C 3p5yC 3p5zC 3p60C 3p61C 3qezC 3qf0C 3qmrC 3qmsC 3rluC 3rlvC 3sj3C 3v1pC 4fx6C 4fx8C 4fxrC 4gc4C 3ltpS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3g1h-3 2zz6-d 3g1f-3 3lhv-2 3nqm-d 3g1d-d 3nqc-d 3p60-d 3lhz-d 2zz3-d 3m1z-d 3lhv-1 4o8r-3 4o8r-6 3lhy-d 3qmr-d 4lc8-d 2e6y-d 3g24-d 3qf0-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase

B: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase

ヘテロ分子

50.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.564, 63.622, 61.259
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 115.00, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / OMP decarboxylase / OMPDCase / OMPdecase 分子量: 24840.645 Da / 分子数: 2 / 変異: V182A,Y206F / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanothermobacter thermautotrophicus str. Delta H (古細菌) 遺伝子: pyrF, MTH_129 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O26232, orotidine-5'-phosphate decarboxylase
#2: 化合物	ChemComp-BMP / 6-HYDROXYURIDINE-5'-PHOSPHATE / 6-ヒドロキシウリジン5′-りん酸タイプ: RNA linking / 分子量: 340.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₃N₂O₁₀P
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 404 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.91 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 0.8M Sodium phosphate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97915 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2011年1月27日
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.32→32.451 Å / Num. all: 96995 / Num. obs: 96995 / % possible obs: 99.77 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
BALBES		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.6.4_486)	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3LTP

3ltp

解像度: 1.3202→32.451 Å / SU ML: 0.17 / σ(F): 0 / 位相誤差: 16.44 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1777	4854	5 %	RANDOM
R_work	0.1647	-	-	-
all	0.1654	96995	-	-
obs	0.1654	96995	99.77 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 43.273 Å² / k_sol: 0.404 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.5184 Å²	-0 Å²	-1.8619 Å²
2-	-	1.5185 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.9999 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.3202→32.451 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3309	0	50	404	3763

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3528
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.071	4779
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.122	1385
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.072	537
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	634

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.3202-1.3352	0.3543	154	0.3241	2979	X-RAY DIFFRACTION	98
1.3352-1.3509	0.3284	165	0.2986	3061	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3509-1.3674	0.3133	165	0.2751	2992	X-RAY DIFFRACTION	99
1.3674-1.3847	0.2521	157	0.2549	3105	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3847-1.4029	0.2431	186	0.2413	3003	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4029-1.4222	0.2522	158	0.2194	3082	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4222-1.4425	0.2209	156	0.2026	3087	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4425-1.464	0.1845	173	0.1884	3020	X-RAY DIFFRACTION	100
1.464-1.4869	0.2023	161	0.1782	3052	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4869-1.5113	0.2141	138	0.1734	3080	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5113-1.5373	0.1984	160	0.1724	3083	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5373-1.5653	0.1929	148	0.1621	3099	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5653-1.5954	0.185	171	0.1583	3054	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5954-1.6279	0.1764	165	0.1533	3061	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6279-1.6633	0.1638	167	0.1546	3090	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6633-1.702	0.1616	162	0.1502	3077	X-RAY DIFFRACTION	100
1.702-1.7446	0.1791	172	0.1554	3062	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7446-1.7917	0.1762	166	0.1543	3024	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7917-1.8445	0.16	145	0.153	3109	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8445-1.904	0.1598	152	0.1565	3090	X-RAY DIFFRACTION	100
1.904-1.972	0.1845	165	0.1523	3088	X-RAY DIFFRACTION	100
1.972-2.051	0.1872	181	0.1582	3046	X-RAY DIFFRACTION	100
2.051-2.1443	0.1696	158	0.1627	3075	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1443-2.2573	0.1616	182	0.1566	3073	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2573-2.3987	0.1792	158	0.1559	3092	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3987-2.5839	0.1759	137	0.1565	3107	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5839-2.8437	0.1586	152	0.1671	3110	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8437-3.2549	0.166	166	0.1564	3103	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2549-4.0996	0.1454	169	0.1422	3104	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0996-32.4612	0.1714	165	0.1634	3133	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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