PDB-3rl0: Truncated SNARE complex with complexin (P1)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3rl0

タイトル

Truncated SNARE complex with complexin (P1)

要素

(Synaptosomal-associated protein 25) x 2
Complexin-1
Syntaxin-1A
Vesicle-associated membrane protein 2

キーワード

MEMBRANE PROTEIN/EXOCYTOSIS / SNARE proteins / membrane fusion / MEMBRANE PROTEIN-EXOCYTOSIS complex

機能・相同性

機能・相同性情報

synaptobrevin 2-SNAP-25-syntaxin-3-complexin complex / regulation of exocytic insertion of neurotransmitter receptor to postsynaptic membrane / regulation of synaptic vesicle fusion to presynaptic active zone membrane / Toxicity of botulinum toxin type C (botC) / Toxicity of tetanus toxin (tetX) / Toxicity of botulinum toxin type G (botG) / clathrin-sculpted glutamate transport vesicle membrane / regulation of delayed rectifier potassium channel activity / myosin head/neck binding / neurotransmitter uptake ...synaptobrevin 2-SNAP-25-syntaxin-3-complexin complex / regulation of exocytic insertion of neurotransmitter receptor to postsynaptic membrane / regulation of synaptic vesicle fusion to presynaptic active zone membrane / Toxicity of botulinum toxin type C (botC) / Toxicity of tetanus toxin (tetX) / Toxicity of botulinum toxin type G (botG) / clathrin-sculpted glutamate transport vesicle membrane / regulation of delayed rectifier potassium channel activity / myosin head/neck binding / neurotransmitter uptake / Toxicity of botulinum toxin type F (botF) / synaptic vesicle fusion to presynaptic active zone membrane / Other interleukin signaling / synaptobrevin 2-SNAP-25-syntaxin-1a-complexin II complex / synaptobrevin 2-SNAP-25-syntaxin-1a complex / Toxicity of botulinum toxin type D (botD) / Toxicity of botulinum toxin type E (botE) / presynaptic dense core vesicle exocytosis / trans-Golgi Network Vesicle Budding / synaptobrevin 2-SNAP-25-syntaxin-1a-complexin I complex / Toxicity of botulinum toxin type B (botB) / Glutamate Neurotransmitter Release Cycle / Norepinephrine Neurotransmitter Release Cycle / Acetylcholine Neurotransmitter Release Cycle / clathrin-sculpted gamma-aminobutyric acid transport vesicle membrane / Serotonin Neurotransmitter Release Cycle / GABA synthesis, release, reuptake and degradation / Dopamine Neurotransmitter Release Cycle / regulated exocytosis / positive regulation of norepinephrine secretion / positive regulation of catecholamine secretion / Toxicity of botulinum toxin type A (botA) / synaptic vesicle docking / GABA synthesis, release, reuptake and degradation / zymogen granule membrane / regulation of synaptic vesicle priming / Acetylcholine Neurotransmitter Release Cycle / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / response to gravity / clathrin-sculpted monoamine transport vesicle membrane / positive regulation of calcium ion-dependent exocytosis / Serotonin Neurotransmitter Release Cycle / vesicle docking / ribbon synapse / eosinophil degranulation / regulation of exocytosis / secretion by cell / SNAP receptor activity / SNARE complex / Dopamine Neurotransmitter Release Cycle / chloride channel inhibitor activity / positive regulation of intracellular protein transport / Norepinephrine Neurotransmitter Release Cycle / vesicle fusion / regulation of vesicle-mediated transport / calcium-ion regulated exocytosis / Glutamate Neurotransmitter Release Cycle / actomyosin / LGI-ADAM interactions / hormone secretion / Golgi to plasma membrane protein transport / ATP-dependent protein binding / neuron projection terminus / protein localization to membrane / syntaxin binding / syntaxin-1 binding / clathrin-coated vesicle / insulin secretion / Sensory processing of sound by inner hair cells of the cochlea / SNARE complex assembly / positive regulation of neurotransmitter secretion / Other interleukin signaling / neurotransmitter transport / Lysosome Vesicle Biogenesis / synaptic vesicle priming / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / myosin binding / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / Insulin processing / regulation of neuron projection development / exocytosis / modulation of excitatory postsynaptic potential / positive regulation of exocytosis / synaptic vesicle exocytosis / associative learning / tertiary granule membrane / protein sumoylation / synaptic vesicle endocytosis / voltage-gated potassium channel activity / positive regulation of excitatory postsynaptic potential / response to glucose / calcium channel inhibitor activity / specific granule membrane / vesicle-mediated transport / presynaptic active zone membrane / photoreceptor inner segment / somatodendritic compartment / endomembrane system / regulation of insulin secretion / secretory granule
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.8 Å

データ登録者

Kuemmel, D. / Reinisch, K.M.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Complexin cross-links prefusion SNAREs into a zigzag array.
著者: Kummel, D. / Krishnakumar, S.S. / Radoff, D.T. / Li, F. / Giraudo, C.G. / Pincet, F. / Rothman, J.E. / Reinisch, K.M.

履歴

登録	2011年4月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年7月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年8月24日	Group: Database references
改定 1.2	2024年11月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb3rl0.ent.gz	753.1 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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文書・詳細版	3rl0_full_validation.pdf.gz	606.9 KB	表示
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類似構造データ	3rk3-d 4dw0-d 6ol3-d 742 2f8v-2 2db0-d 2wt7-d 4dw1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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「今月の分子」の関連する項目

#167 - 2013年11月
SNAREタンパク質 (SNARE Proteins)
類似性 (45)
#79 - 2006年7月
アミロイドβ前駆体タンパク質 (Amyloid-beta Precursor Protein)
類似性 (2)
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アミロイド (Amyloids)
類似性 (2)
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人工設計インスリン (Designer Insulins)
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インスリン (Insulin)
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プリオン (Prions)
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T細胞受容体 (T-Cell Receptor)
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フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin)
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#169 - 2014年1月
HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein)
類似性 (1)
#56 - 2004年8月
カスパーゼ (Caspases)
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#64 - 2005年4月
キネシン (Kinesin)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)
#44 - 2003年8月
カルモジュリン (Calmodulin)
類似性 (1)
#208 - 2017年4月
グルコース輸送体 (Glucose Transporters)
類似性 (1)
#196 - 2016年4月
鉛の毒 (Lead Poisoning)
類似性 (1)
#28 - 2002年4月
炭疽毒素 (Anthrax Toxin)
類似性 (1)
#39 - 2003年3月
lac転写抑制因子 (lac Repressor)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Vesicle-associated membrane protein 2

B: Syntaxin-1A

C: Synaptosomal-associated protein 25

D: Synaptosomal-associated protein 25

E: Vesicle-associated membrane protein 2

F: Syntaxin-1A

G: Synaptosomal-associated protein 25

H: Synaptosomal-associated protein 25

I: Vesicle-associated membrane protein 2

J: Syntaxin-1A

K: Synaptosomal-associated protein 25

L: Synaptosomal-associated protein 25

M: Vesicle-associated membrane protein 2

N: Syntaxin-1A

O: Synaptosomal-associated protein 25

P: Synaptosomal-associated protein 25

Q: Vesicle-associated membrane protein 2

R: Syntaxin-1A

S: Synaptosomal-associated protein 25

T: Synaptosomal-associated protein 25

U: Vesicle-associated membrane protein 2

V: Syntaxin-1A

W: Synaptosomal-associated protein 25

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c: Vesicle-associated membrane protein 2

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e: Synaptosomal-associated protein 25

f: Synaptosomal-associated protein 25

g: Complexin-1

h: Complexin-1

i: Complexin-1

j: Complexin-1

k: Complexin-1

l: Complexin-1

m: Complexin-1

n: Complexin-1

288 kDa, 40 ポリマー
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1

A: Vesicle-associated membrane protein 2

B: Syntaxin-1A

C: Synaptosomal-associated protein 25

D: Synaptosomal-associated protein 25

g: Complexin-1

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2

E: Vesicle-associated membrane protein 2

F: Syntaxin-1A

G: Synaptosomal-associated protein 25

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Q: Vesicle-associated membrane protein 2

R: Syntaxin-1A

S: Synaptosomal-associated protein 25

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U: Vesicle-associated membrane protein 2

V: Syntaxin-1A

W: Synaptosomal-associated protein 25

X: Synaptosomal-associated protein 25

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Y: Vesicle-associated membrane protein 2

Z: Syntaxin-1A

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b: Synaptosomal-associated protein 25

m: Complexin-1

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8

c: Vesicle-associated membrane protein 2

d: Syntaxin-1A

e: Synaptosomal-associated protein 25

f: Synaptosomal-associated protein 25

n: Complexin-1

登録者が定義した集合体
36 kDa, 5 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	53.745, 127.357, 142.725
Angle α, β, γ (deg.)	107.49, 90.01, 90.05
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	1	A	28 - 60
2	1	1	1	E	28 - 60
3	1	1	1	I	28 - 60
4	1	1	1	M	28 - 60
5	1	1	1	Q	28 - 60
6	1	1	1	U	28 - 60
7	1	1	1	Y	28 - 60
8	1	1	1	c	28 - 60
1	1	2	1	B	190 - 248
2	1	2	1	F	190 - 248
3	1	2	1	J	190 - 248
4	1	2	1	N	190 - 248
5	1	2	1	R	190 - 248
6	1	2	1	V	190 - 248
7	1	2	1	Z	190 - 248
8	1	2	1	d	190 - 248
1	1	3	1	C	15 - 78
2	1	3	1	G	15 - 78
3	1	3	1	K	15 - 78
4	1	3	1	O	15 - 78
5	1	3	1	S	15 - 78
6	1	3	1	W	15 - 78
7	1	3	1	a	15 - 78
8	1	3	1	e	15 - 78
1	1	4	1	D	141 - 199
2	1	4	1	H	141 - 199
3	1	4	1	L	141 - 199
4	1	4	1	P	141 - 199
5	1	4	1	T	141 - 199
6	1	4	1	X	141 - 199
7	1	4	1	b	141 - 199
8	1	4	1	f	141 - 199
1	1	5	4	g	27 - 70
2	1	5	4	h	27 - 70
3	1	5	4	k	27 - 70
4	1	5	4	I	27 - 70
1	1	6	4	i	28 - 70
2	1	6	4	j	28 - 70
3	1	6	4	m	28 - 70
4	1	6	4	n	28 - 70

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質・ペプチド	Vesicle-associated membrane protein 2 / VAMP-2 / Synaptobrevin-2 分子量: 4254.826 Da / 分子数: 8 / 断片: UNP residues 28-60 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VAMP2, SYB2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63027
#2: タンパク質	Syntaxin-1A / Neuron-specific antigen HPC-1 / Synaptotagmin-associated 35 kDa protein / P35A 分子量: 7551.502 Da / 分子数: 8 / 断片: UNP residues 191-253 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Stx1a, Sap / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P32851
#3: タンパク質	Synaptosomal-associated protein 25 / SNAP-25 / Super protein / SUP / Synaptosomal-associated 25 kDa protein 分子量: 9500.615 Da / 分子数: 8 / 断片: UNP residues 7-82 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SNAP25, SNAP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P60880
#4: タンパク質	Synaptosomal-associated protein 25 / SNAP-25 / Super protein / SUP / Synaptosomal-associated 25 kDa protein 分子量: 7427.250 Da / 分子数: 8 / 断片: UNP residues 141-203 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SNAP25, SNAP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P60880
#5: タンパク質	Complexin-1 / Complexin I / CPX I / Synaphin-2 分子量: 7312.962 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CPLX1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O14810
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.93 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 詳細: 13-15% polyethyleneglycol (PEG) 5000MME, 0.2 M ammonium sulfate, 0.01 M EDTA, and 0.1 M Tris pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 294K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 200 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9797 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月16日
放射	モノクロメーター: Cryogenically cooled double crystal monochrometer プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9797 Å / 相対比: 1
Reflection twin	Operator: h,-h-k,-l / Fraction: 0.47
反射	解像度: 3.8→30 Å / Num. all: 70400 / % possible obs: 83.5 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3
反射シェル	解像度: 3.8→3.94 Å / % possible all: 80.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0102	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.8→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.909 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.866 / SU B: 174.715 / SU ML: 1.032 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.987 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.345	1872	5.4 %	RANDOM
R_work	0.306	-	-	-
obs	0.308	32506	97.2 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 116.78 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-5.35 Å²	-0.1 Å²	-0.18 Å²
2-	-	-15.82 Å²	-4.36 Å²
3-	-	-	18.54 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.8→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17672	0	0	0	17672

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.035	0.03	19545
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.006	0.02	12115
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.011	1.966	23222
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.102	3	29415
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.117	5	2147
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	27.809	25.632	1012
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.014	15	3548
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.456	15	181
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.044	0.2	2579
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	19530
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.014	0.02	3111
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.646	2.5	12987
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.372	2.5	4410
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.718	3	17219
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.835	4	6558
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.53	6	6003
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	444	tight positional	0.02	0.05
1	2	E	444	tight positional	0.02	0.05
1	3	I	444	tight positional	0.03	0.05
1	4	M	444	tight positional	0.02	0.05
1	5	Q	444	tight positional	0.02	0.05
1	6	U	444	tight positional	0.12	0.05
1	7	Y	444	tight positional	0.03	0.05
1	8	c	444	tight positional	0.02	0.05
2	1	B	718	tight positional	0.02	0.05
2	2	F	718	tight positional	0.03	0.05
2	3	J	718	tight positional	0.03	0.05
2	4	N	718	tight positional	0.02	0.05
2	5	R	718	tight positional	0.02	0.05
2	6	V	718	tight positional	0.02	0.05
2	7	Z	718	tight positional	0.02	0.05
2	8	d	718	tight positional	0.03	0.05
3	1	C	811	tight positional	0.03	0.05
3	2	G	811	tight positional	0.03	0.05
3	3	K	811	tight positional	0.09	0.05
3	4	O	811	tight positional	0.07	0.05
3	5	S	811	tight positional	0.05	0.05
3	6	W	811	tight positional	0.03	0.05
3	7	a	811	tight positional	0.03	0.05
3	8	e	811	tight positional	0.03	0.05
4	1	D	729	tight positional	0.02	0.05
4	2	H	729	tight positional	0.03	0.05
4	3	L	729	tight positional	0.05	0.05
4	4	P	729	tight positional	0.03	0.05
4	5	T	729	tight positional	0.02	0.05
4	6	X	729	tight positional	0.05	0.05
4	7	b	729	tight positional	0.02	0.05
4	8	f	729	tight positional	0.02	0.05
5	1	g	22	medium positional	0.24	0.5
5	2	h	22	medium positional	0.45	0.5
5	3	k	22	medium positional	0.19	0.5
5	4	I	22	medium positional	0.29	0.5
6	1	i	581	medium positional	0.73	0.5
6	2	j	581	medium positional	0.67	0.5
6	3	m	581	medium positional	0.71	0.5
6	4	n	581	medium positional	0.74	0.5
1	1	A	444	tight thermal	0.02	0.5
1	2	E	444	tight thermal	0.02	0.5
1	3	I	444	tight thermal	0.02	0.5
1	4	M	444	tight thermal	0.02	0.5
1	5	Q	444	tight thermal	0.02	0.5
1	6	U	444	tight thermal	0.02	0.5
1	7	Y	444	tight thermal	0.02	0.5
1	8	c	444	tight thermal	0.02	0.5
2	1	B	718	tight thermal	0.02	0.5
2	2	F	718	tight thermal	0.02	0.5
2	3	J	718	tight thermal	0.02	0.5
2	4	N	718	tight thermal	0.02	0.5
2	5	R	718	tight thermal	0.02	0.5
2	6	V	718	tight thermal	0.02	0.5
2	7	Z	718	tight thermal	0.02	0.5
2	8	d	718	tight thermal	0.02	0.5
3	1	C	811	tight thermal	0.02	0.5
3	2	G	811	tight thermal	0.02	0.5
3	3	K	811	tight thermal	0.02	0.5
3	4	O	811	tight thermal	0.02	0.5
3	5	S	811	tight thermal	0.02	0.5
3	6	W	811	tight thermal	0.02	0.5
3	7	a	811	tight thermal	0.02	0.5
3	8	e	811	tight thermal	0.02	0.5
4	1	D	729	tight thermal	0.02	0.5
4	2	H	729	tight thermal	0.02	0.5
4	3	L	729	tight thermal	0.02	0.5
4	4	P	729	tight thermal	0.02	0.5
4	5	T	729	tight thermal	0.02	0.5
4	6	X	729	tight thermal	0.02	0.5
4	7	b	729	tight thermal	0.02	0.5
4	8	f	729	tight thermal	0.02	0.5
5	1	g	22	medium thermal	0.36	2
5	2	h	22	medium thermal	0.48	2
5	3	k	22	medium thermal	0.59	2
5	4	I	22	medium thermal	0.92	2
6	1	i	581	medium thermal	0.5	2
6	2	j	581	medium thermal	0.26	2
6	3	m	581	medium thermal	0.27	2
6	4	n	581	medium thermal	0.2	2

LS精密化シェル

解像度: 3.8→3.9 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_work	0.409	2271
R_free	-	0

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.8617	-3.9102	-0.5567	7.8448	0.8157	1.4232	0.0888	-0.104	0.1569	-0.4278	-0.0207	0.3382	0.0673	0.0488	-0.068	0.1584	-0.0979	0.0434	0.1438	-0.1324	0.2838	7.6708	25.665	8.2294
2	2.345	3.4854	0.6713	8.6394	1.5531	1.1182	0.0134	-0.0114	0.0021	0.6682	0.0116	0.3711	0.1465	0.1132	-0.025	0.1291	0.0312	0.0368	0.0879	-0.0863	0.2151	-19.142	-13.8847	18.5063
3	3.3338	-3.42	-1.9372	7.5439	3.3424	3.7247	-0.0443	-0.0973	0.1355	-0.1796	-0.0355	0.027	-0.0153	0.1491	0.0798	0.1174	-0.1011	-0.0239	0.1374	0.0129	0.0194	-18.4619	17.8046	2.3887
4	3.7011	3.4991	3.3147	4.9728	3.5491	4.9294	0.0217	-0.212	-0.0179	0.1328	-0.0887	-0.0657	0.0427	-0.0816	0.067	0.0871	0.0119	0.0475	0.0352	0.0045	0.0394	8.4711	-6.4101	26.2915
5	2.1998	-3.334	-0.6991	8.3427	1.4752	1.1591	-0.0166	-0.0679	0.035	-0.4967	0.0494	0.3934	-0.061	0.0648	-0.0328	0.1027	-0.0257	-0.0267	0.0636	-0.0914	0.2396	7.5154	-20.9014	-51.9853
6	3.1526	4.356	0.1741	9.9339	0.4401	0.7946	0.0604	0.0389	-0.147	0.4519	-0.0352	0.3857	-0.0012	0.0178	-0.0252	0.1419	0.0928	-0.0289	0.1262	-0.0659	0.194	-18.7666	-60.04	-41.634
7	4.2488	-3.9576	-3.4723	5.2286	3.3417	5.0614	0.11	0.1747	0.0778	-0.1571	-0.0885	-0.1364	-0.0372	-0.1212	-0.0215	0.0726	-0.0256	-0.0145	0.0373	0.0069	0.0113	-18.451	-28.5202	-59.4202
8	4.4237	3.6038	1.8902	7.804	2.9165	4.1846	-0.0009	0.0941	0.0237	0.2252	-0.065	0.0723	0.0841	-0.0366	0.0659	0.1004	0.1169	0.0767	0.177	0.1004	0.0622	8.2257	-53.7506	-36.6041
9	2.4683	2.0885	1.1155	2.4477	0.7105	0.842	-0.8377	1.2428	0.5421	-0.1539	1.0455	1.1989	-0.3468	0.7763	-0.2079	0.9842	-0.261	0.2352	0.7925	0.0754	1.1044	20.653	55.3061	4.1753
10	0.3504	-0.1654	0.3283	0.0806	-0.1533	0.4236	-0.1132	-0.0067	-0.6365	0.1397	0.235	0.334	-0.3168	0.2947	-0.1218	0.5819	0.093	0.3543	0.7981	0.5561	2.0196	-6.1893	-43.1112	20.195
11	6.2946	-17.2041	-7.1277	49.7643	20.6915	8.7008	-1.0154	-0.3863	-0.264	0.9931	0.9605	0.7205	0.2832	0.5861	0.055	1.1244	-0.0257	0.2047	0.8227	-0.0873	0.3577	-8.7044	14.4418	45.5089
12	3.9668	0.0736	-0.3807	0.0037	-0.0164	0.1117	-0.3301	1.5355	1.6816	-0.0302	0.2725	0.069	0.3313	0.0227	0.0576	1.2775	0.2251	-0.0828	1.1089	0.2007	1.5388	20.7408	7.6995	-53.4913
13	1.7526	-5.2732	-1.5638	20.8305	6.3545	2.0734	-0.4536	-0.332	-0.1475	-0.6172	0.6224	0.5021	-0.2418	0.2905	-0.1687	0.8051	0.1676	-0.0591	0.2632	-0.07	0.7795	-6.0912	-90.535	-37.4695
14	2.4943	7.7009	2.6982	27.9779	9.7593	3.4562	-0.6123	0.3457	-0.0868	-0.0271	0.8312	-0.2049	0.0468	0.3102	-0.2189	0.9872	-0.0909	-0.1194	0.7123	-0.049	0.2536	-35.4177	-50.4061	-78.9744
15	2.6422	-10.3225	-2.2223	44.2569	9.4247	2.0149	-0.5932	-0.2563	-0.0549	0.7161	0.6195	-0.0843	0.2087	0.0858	-0.0263	0.786	0.0666	0.0932	0.8131	-0.0676	0.3403	-6.9386	-28.5611	-20.3604

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	26 - 60
2	X-RAY DIFFRACTION	1	B	191 - 249
3	X-RAY DIFFRACTION	1	C	8 - 79
4	X-RAY DIFFRACTION	1	D	139 - 200
5	X-RAY DIFFRACTION	2	E	26 - 60
6	X-RAY DIFFRACTION	2	F	191 - 251
7	X-RAY DIFFRACTION	2	G	8 - 81
8	X-RAY DIFFRACTION	2	H	139 - 199
9	X-RAY DIFFRACTION	3	I	27 - 60
10	X-RAY DIFFRACTION	3	J	190 - 248
11	X-RAY DIFFRACTION	3	K	9 - 79
12	X-RAY DIFFRACTION	3	L	139 - 202
13	X-RAY DIFFRACTION	4	M	25 - 60
14	X-RAY DIFFRACTION	4	N	191 - 247
15	X-RAY DIFFRACTION	4	O	8 - 79
16	X-RAY DIFFRACTION	4	P	139 - 202
17	X-RAY DIFFRACTION	5	Q	26 - 60
18	X-RAY DIFFRACTION	5	R	191 - 251
19	X-RAY DIFFRACTION	5	S	10 - 79
20	X-RAY DIFFRACTION	5	T	139 - 200
21	X-RAY DIFFRACTION	6	U	26 - 60
22	X-RAY DIFFRACTION	6	V	191 - 248
23	X-RAY DIFFRACTION	6	W	8 - 77
24	X-RAY DIFFRACTION	6	X	139 - 201
25	X-RAY DIFFRACTION	7	Y	26 - 60
26	X-RAY DIFFRACTION	7	Z	190 - 247
27	X-RAY DIFFRACTION	7	a	10 - 79
28	X-RAY DIFFRACTION	7	b	139 - 199
29	X-RAY DIFFRACTION	8	c	27 - 60
30	X-RAY DIFFRACTION	8	d	190 - 248
31	X-RAY DIFFRACTION	8	e	8 - 79
32	X-RAY DIFFRACTION	8	f	139 - 200
33	X-RAY DIFFRACTION	9	g	24 - 70
34	X-RAY DIFFRACTION	10	h	25 - 70
35	X-RAY DIFFRACTION	11	j	26 - 70
36	X-RAY DIFFRACTION	12	k	25 - 70
37	X-RAY DIFFRACTION	13	l	24 - 70
38	X-RAY DIFFRACTION	14	m	26 - 70
39	X-RAY DIFFRACTION	15	n	26 - 70

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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