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万見
- PDB-3rip: Crystal Structure of human gamma-tubulin complex protein 4 (GCP4) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rip
タイトルCrystal Structure of human gamma-tubulin complex protein 4 (GCP4)
要素Gamma-tubulin complex component 4
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / helix bundles / gamma-tubulin ring complex / gamma-TuRC
機能・相同性
機能・相同性情報


gamma-tubulin complex / gamma-tubulin ring complex / microtubule nucleation / gamma-tubulin binding / spindle assembly / cytoplasmic microtubule organization / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / meiotic cell cycle / recycling endosome ...gamma-tubulin complex / gamma-tubulin ring complex / microtubule nucleation / gamma-tubulin binding / spindle assembly / cytoplasmic microtubule organization / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / meiotic cell cycle / recycling endosome / structural constituent of cytoskeleton / spindle pole / mitotic cell cycle / microtubule cytoskeleton / protein-containing complex assembly / microtubule / centrosome / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Gamma-tubulin complex, C-terminal domain / Gamma tubulin complex component, C-terminal / Gamma-tubulin complex component, C-terminal domain superfamily / Gamma tubulin complex component C-terminal / Gamma-tubulin complex component protein / Gamma tubulin complex component protein, N-terminal / Gamma tubulin complex component N-terminal / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Gamma-tubulin complex component 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Gregory-Pauron, L. / Guillet, V. / Mourey, L.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Crystal structure of gamma-tubulin complex protein GCP4 provides insight into microtubule nucleation.
著者: Guillet, V. / Knibiehler, M. / Gregory-Pauron, L. / Remy, M.H. / Chemin, C. / Raynaud-Messina, B. / Bon, C. / Kollman, J.M. / Agard, D.A. / Merdes, A. / Mourey, L.
履歴
登録2011年4月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年7月3日Group: Database references
改定 1.32024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月27日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gamma-tubulin complex component 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,35210
ポリマ－77,4971
非ポリマー8559
水3,873215
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Gamma-tubulin complex component 4
ヘテロ分子

A: Gamma-tubulin complex component 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)156,70520
ポリマ－154,9952
非ポリマー1,71018
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area7230 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area53780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)214.950, 214.950, 128.660
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322

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要素

#1: タンパク質 Gamma-tubulin complex component 4 / GCP-4 / hGCP4 / Gamma-ring complex protein 76 kDa / h76p / hGrip76


分子量: 77497.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TUBGCP4, 76P, GCP4 / プラスミド: pET26b (+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q9UGJ1
#2: 化合物 ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 215 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE SEQUENCE IN THE SEQRES RECORDS CORRESPONDS TO THE SEQUENCE OF ISOFORM 2 OF THE UNP ENTRY GCP4_HUMAN.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.87 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 8-10% MPD (2-methyl-2,4-pentanediol), 0-20% glycerol (w/v), 300-400 mM Tris-Hcl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→20 Å / Num. all: 77508 / Num. obs: 73248 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.4 %
反射 シェル解像度: 2.3→2.4 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.45 / Num. unique all: 9151 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0072精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: THE STARTING MODEL WAS SOLVED AND PARTIALLY REFINED FROM SAD DATA COLLECTED USING THE SELENEMETHIONINE PROTEIN

解像度: 2.3→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 5.089 / SU ML: 0.122 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.157 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25992 3848 5 %RANDOM
Rwork0.22671 ---
all0.228 77508 --
obs0.22837 73248 99.47 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 52.981 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.92 Å20.96 Å2-0 Å2
2--1.92 Å2-0 Å2
3----2.88 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4540 0 56 215 4811
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0250.0224726
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1051.9616396
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2525568
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.00424.266218
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.26815802
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.0731520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1310.2725
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0213503
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7841.51524
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.64522452
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.1483958
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.0464.5914
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.379 259 -
Rwork0.341 5329 -
obs--99.82 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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