PDB-3ri7: Toluene 4 monooxygenase HD Mutant G103L

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ri7

タイトル

Toluene 4 monooxygenase HD Mutant G103L

要素

(Toluene-4-monooxygenase system protein ...) x 4

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Aromatic Hydrocarbon Catabolism / Iron / Multi-Component Monooxygenase / Diiron

機能・相同性

機能・相同性情報

toluene 4-monooxygenase / toluene 4-monooxygenase activity / toluene catabolic process / monooxygenase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas mendocina (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Bailey, L.J. / Elsen, N.L. / Fox, B.G.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: Crystallographic analysis of active site contributions to regiospecificity in the diiron enzyme toluene 4-monooxygenase.
著者: Bailey, L.J. / Acheson, J.F. / McCoy, J.G. / Elsen, N.L. / Phillips, G.N. / Fox, B.G.

履歴

登録	2011年4月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年2月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年2月29日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ri7.cif.gz	422.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ri7.ent.gz	344.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ri7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ri/3ri7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ri/3ri7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3q14C 3q2aC 3q3mC 3q3nC 3q3oC 3rmkC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5tdu-1 3q3n-1 3q3m-d 3q3o-1 3i63-1 3i5j-1 3q2a-1 5tdv-d 3q14-1 3dhi-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#238 - 2019年10月リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Toluene-4-monooxygenase system protein A

B: Toluene-4-monooxygenase system protein E

C: Toluene-4-monooxygenase system protein B

E: Toluene-4-monooxygenase system protein D

ヘテロ分子

114 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Toluene-4-monooxygenase system protein A

B: Toluene-4-monooxygenase system protein E

C: Toluene-4-monooxygenase system protein B

E: Toluene-4-monooxygenase system protein D

ヘテロ分子

A: Toluene-4-monooxygenase system protein A

B: Toluene-4-monooxygenase system protein E

C: Toluene-4-monooxygenase system protein B

E: Toluene-4-monooxygenase system protein D

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
229 kDa, 8 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	100.798, 116.170, 182.818
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

-
Toluene-4-monooxygenase system protein ... , 4種, 4分子 ABCE

#1: タンパク質	Toluene-4-monooxygenase system protein A 分子量: 57378.340 Da / 分子数: 1 / 変異: G103L / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas mendocina (バクテリア) 遺伝子: tmoA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q00456, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; ...参照: UniProt: Q00456, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; NADHまたはNADPHを片方の電子供与体とし、1つの酸素原子を取り込む
#2: タンパク質	Toluene-4-monooxygenase system protein E 分子量: 35930.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas mendocina (バクテリア) 遺伝子: tmoE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q00460, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; ...参照: UniProt: Q00460, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; NADHまたはNADPHを片方の電子供与体とし、1つの酸素原子を取り込む
#3: タンパク質	Toluene-4-monooxygenase system protein B 分子量: 9469.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas mendocina (バクテリア) 遺伝子: tmoB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q00457, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; ...参照: UniProt: Q00457, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; NADHまたはNADPHを片方の電子供与体とし、1つの酸素原子を取り込む
#4: タンパク質	Toluene-4-monooxygenase system protein D 分子量: 11410.759 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas mendocina (バクテリア) 遺伝子: tmoD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q00459, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; ...参照: UniProt: Q00459, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; NADHまたはNADPHを片方の電子供与体とし、1つの酸素原子を取り込む

-
非ポリマー , 3種, 665分子

#5: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#6: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 662 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.84 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: Protein Solution (200 mM Ammonium acetate, 18% PEG 3350 .1 M Bis-Tris), pH 6.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.97942 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月31日 / 詳細: mirrors and beryllium lenses

放射

モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97942 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 62395 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.3 % / R_merge(I) obs: 0.077 / Χ²: 1.009 / Net I/σ(I): 10.6

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.1-2.18	5.8	0.63	6025	1.101	1	97.4
2.18-2.26	7	0.492	6197	1.095	1	99.8
2.26-2.37	7.4	0.37	6187	1.055	1	100
2.37-2.49	7.5	0.277	6200	1.061	1	100
2.49-2.65	7.5	0.199	6244	1.076	1	100
2.65-2.85	7.5	0.143	6210	1.032	1	100
2.85-3.14	7.5	0.092	6229	0.977	1	100
3.14-3.59	7.5	0.055	6273	0.982	1	100
3.59-4.52	7.5	0.05	6330	0.851	1	100
4.52-50	7.3	0.028	6500	0.897	1	99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.5.0109	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.1→39.19 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.35 / SU B: 10.309 / SU ML: 0.124 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.175 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2126	3158	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1682	-	-	-
obs	0.1705	62329	99.58 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 51.27 Å² / B_iso mean: 32.486 Å² / B_iso min: 2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.09 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.07 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→39.19 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8042	0	6	662	8710

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.021	8356
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.934	1.932	11358
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.94	5	999
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.637	24.045	440
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.937	15	1400
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.256	15	57
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.07	0.2	1171
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	6548
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.345	1.5	4955
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.662	2	7994
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.127	3	3401
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.803	4.5	3359

LS精密化シェル

解像度: 2.102→2.157 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.319	223	-
R_work	0.274	4163	-
all	-	4386	-
obs	-	-	95.58 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7329	0.4268	-0.1978	0.7969	-0.3961	0.8611	-0.0226	0.0773	0.0589	-0.1746	0.0402	0.0482	0.0163	-0.0552	-0.0177	0.1339	0.0038	0.0002	0.1503	-0.0196	0.1284	-33.8285	11.2859	-27.5099
2	3.3618	0.9723	-0.7413	7.8149	-2.4015	4.0995	-0.026	0.1395	-0.0246	-0.1446	0.0745	0.3412	0.1081	-0.2835	-0.0484	0.1676	0.0092	-0.0023	0.1776	-0.0124	0.1544	-29.3287	12.7403	-37.9496
3	0.9708	0.1093	0.603	0.2757	0.0026	0.6045	0.0655	0.0087	-0.0881	-0.027	0.0011	0.0226	0.1231	-0.0112	-0.0667	0.1005	0.0032	0.0061	0.0889	-0.0008	0.1036	-18.7717	3.313	-11.1348
4	1.723	0.675	-1.6866	0.4103	-0.7592	1.8527	0.0889	-0.192	0.1562	0.0892	-0.0616	-0.1191	-0.2306	0.2963	-0.0273	0.2063	-0.0133	-0.0277	0.1983	-0.0011	0.2495	5.7508	9.4172	2.6473
5	0.3492	0.0483	-0.0001	0.6033	-0.0008	0.4782	-0.0001	0.0628	0.0187	0.0009	-0.0044	-0.0094	-0.0002	0.0459	0.0044	0.1059	0.0009	0.0132	0.0905	-0.0014	0.0886	-12.9779	14.9151	-16.4481
6	3.9707	3.9683	1.9664	4.4063	2.1424	1.2665	0.2151	-0.3626	-0.1933	0.422	-0.1231	-0.3833	0.0916	0.1133	-0.0919	0.2245	0.0115	-0.0602	0.3356	-0.0104	0.1995	-1.9608	17.0666	-0.1294
7	0.2661	-0.046	-0.0178	0.45	-0.1887	0.3949	0.0053	0.0585	-0.0035	-0.0494	-0.0015	-0.0079	0.0142	0.0367	-0.0037	0.0984	0.003	0.0073	0.1065	-0.0026	0.1056	-7.0394	13.9702	-19.7945
8	6.5022	2.1188	2.2663	1.8416	1.1774	1.8599	-0.0099	0.2143	-0.0604	-0.1542	0.0368	0.1087	0.0635	-0.0495	-0.0268	0.1434	0.0131	0.0235	0.1047	0.0074	0.1173	-8.8067	14.1418	-36.6857
9	2.3158	0.8676	0.2656	1.7718	0.7295	0.5053	0.0047	0.0106	-0.1003	0.0105	0.0399	-0.0703	0.0303	0.0751	-0.0447	0.1131	0.0057	0.0137	0.1044	0.0073	0.1011	6.1849	6.0998	-22.5978
10	2.5919	0.3091	2.4076	8.0992	-2.2178	3.6594	-0.0313	0.1986	0.1751	-0.2318	0.021	-0.0949	-0.1199	0.0879	0.0103	0.1397	0.0055	0.0043	0.1437	-0.0139	0.1293	-8.9048	2.4919	-38.7271
11	2.6042	-0.8427	3.4137	0.974	-0.53	5.2339	0.0878	0.1402	-0.1473	-0.0967	-0.0072	-0.0153	0.1537	0.1172	-0.0806	0.1412	-0.0082	0.0225	0.1398	-0.0096	0.1581	5.3464	11.4797	-36.3823
12	1.2201	-0.3429	-0.451	1.4333	0.3378	1.0947	0.0062	0.0108	-0.0157	-0.0048	0.0239	-0.2581	-0.0045	0.228	-0.0301	0.1475	-0.0015	-0.0069	0.1495	0.0135	0.1347	19.594	16.6941	-20.3819
13	2.168	-0.1569	0.8526	0.4034	-0.2795	1.0842	-0.006	0.0752	0.0439	0.0051	-0.0297	-0.1278	-0.0176	0.1054	0.0356	0.1476	-0.007	0.0129	0.1238	0.0026	0.1339	7.8025	27.1001	-34.2316
14	2.142	1.2943	1.1866	2.3933	1.3913	2.3557	-0.0186	-0.0417	0.0704	0.0414	0.0182	-0.0775	-0.0959	0.1087	0.0005	0.1396	0.0126	0.0188	0.1349	0.0165	0.1396	-0.1053	35.6915	-28.4405
15	0.589	-1.173	0.5948	3.9226	-4.4462	8.7028	-0.0316	-0.1398	0.1361	0.3005	-0.0404	-0.2755	-0.3329	0.2661	0.072	0.1611	-0.0148	0.0031	0.1767	-0.0146	0.1742	6.0544	33.7528	-10.3442
16	6.9176	-3.2318	0.5727	4.8951	-1.1414	3.5719	-0.2581	-0.4903	-0.0473	0.213	0.2999	-0.5488	0.3819	0.5034	-0.0418	0.2197	-0.0115	-0.0213	0.2146	-0.0242	0.1783	21.5432	17.7028	-9.9411
17	6.9739	5.91	-1.5889	8.8233	-4.3092	7.0993	0.5767	-0.4183	0.496	0.5833	-0.3934	0.0507	-0.6606	0.4856	-0.1833	0.2271	0.0411	0.0093	0.1946	-0.0411	0.2284	4.4854	31.5619	0.6604
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49	X-RAY DIFFRACTION	49	E	64 - 69
50	X-RAY DIFFRACTION	50	E	70 - 75
51	X-RAY DIFFRACTION	51	E	76 - 86
52	X-RAY DIFFRACTION	52	E	87 - 96
53	X-RAY DIFFRACTION	53	E	97 - 103

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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