+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3ri7 | ||||||
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Title | Toluene 4 monooxygenase HD Mutant G103L | ||||||
Components | (Toluene-4-monooxygenase system protein ...) x 4 | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / Aromatic Hydrocarbon Catabolism / Iron / Multi-Component Monooxygenase / Diiron | ||||||
Function / homology | Function and homology information toluene 4-monooxygenase / toluene 4-monooxygenase activity / toluene catabolic process / monooxygenase activity / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Pseudomonas mendocina (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.1 Å | ||||||
Authors | Bailey, L.J. / Elsen, N.L. / Fox, B.G. | ||||||
Citation | Journal: Biochemistry / Year: 2012 Title: Crystallographic analysis of active site contributions to regiospecificity in the diiron enzyme toluene 4-monooxygenase. Authors: Bailey, L.J. / Acheson, J.F. / McCoy, J.G. / Elsen, N.L. / Phillips, G.N. / Fox, B.G. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3ri7.cif.gz | 422.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3ri7.ent.gz | 344.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3ri7.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3ri7_validation.pdf.gz | 461.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3ri7_full_validation.pdf.gz | 472.3 KB | Display | |
Data in XML | 3ri7_validation.xml.gz | 43 KB | Display | |
Data in CIF | 3ri7_validation.cif.gz | 62.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ri/3ri7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ri/3ri7 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3q14C 3q2aC 3q3mC 3q3nC 3q3oC 3rmkC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Toluene-4-monooxygenase system protein ... , 4 types, 4 molecules ABCE
#1: Protein | Mass: 57378.340 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: G103L Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas mendocina (bacteria) / Gene: tmoA / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: Q00456, Oxidoreductases; Acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen; With NADH or NADPH as one donor, and incorporation of one atom of oxygen into the other donor |
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#2: Protein | Mass: 35930.363 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas mendocina (bacteria) / Gene: tmoE / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: Q00460, Oxidoreductases; Acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen; With NADH or NADPH as one donor, and incorporation of one atom of oxygen into the other donor |
#3: Protein | Mass: 9469.793 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas mendocina (bacteria) / Gene: tmoB / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: Q00457, Oxidoreductases; Acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen; With NADH or NADPH as one donor, and incorporation of one atom of oxygen into the other donor |
#4: Protein | Mass: 11410.759 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas mendocina (bacteria) / Gene: tmoD / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: Q00459, Oxidoreductases; Acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen; With NADH or NADPH as one donor, and incorporation of one atom of oxygen into the other donor |
-Non-polymers , 3 types, 665 molecules
#5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-ACT / | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.34 Å3/Da / Density % sol: 43.84 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6 Details: Protein Solution (200 mM Ammonium acetate, 18% PEG 3350 .1 M Bis-Tris), pH 6.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 23-ID-D / Wavelength: 0.97942 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Aug 31, 2008 / Details: mirrors and beryllium lenses | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: C(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97942 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.1→50 Å / Num. obs: 62395 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Χ2: 1.009 / Net I/σ(I): 10.6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.1→39.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.35 / SU B: 10.309 / SU ML: 0.124 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.175 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 51.27 Å2 / Biso mean: 32.486 Å2 / Biso min: 2 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.1→39.19 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.102→2.157 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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