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- PDB-3ri3: Actinorhodin Polyketide Ketoreductase Mutant P94L bound to NADPH ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ri3
タイトルActinorhodin Polyketide Ketoreductase Mutant P94L bound to NADPH and the Inhibitor Emodin
要素ketoacyl reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / actinorhodin / polyketide / ketoreductase / short-chain dehydrogenase/reductase / Rossmann fold / Type II polyketide ketoreductase / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; CH-CH結合に対し酸化酵素として働く; NADまたはNADPを用いる / steroid metabolic process / antibiotic biosynthetic process / oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能
: / short chain dehydrogenase / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-METHYL-1,6,8-TRIHYDROXYANTHRAQUINONE / Chem-NDP / Putative ketoacyl reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces coelicolor (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.292 Å
データ登録者Javidpour, P. / Tsai, S.-C.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2011
タイトル: Structural and Biochemical Analyses of Regio- and Stereospecificities Observed in a Type II Polyketide Ketoreductase.
著者: Javidpour, P. / Korman, T.P. / Shakya, G. / Tsai, S.C.
履歴
登録2011年4月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.version
改定 1.42023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: ketoacyl reductase
A: ketoacyl reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,5338
ポリマ－58,9612
非ポリマー2,5726
水1,928107
1
B: ketoacyl reductase
A: ketoacyl reductase
ヘテロ分子

B: ketoacyl reductase
A: ketoacyl reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,06516
ポリマ－117,9224
非ポリマー5,14412
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_643y+1,x-1,-z-21
Buried area21870 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area32740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.089, 105.089, 123.650
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 ketoacyl reductase


分子量: 29480.404 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces coelicolor (バクテリア)
遺伝子: actIII, SCBAC28G1.12c, SCO5086 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P16544, 酸化還元酵素; CH-CH結合に対し酸化酵素として働く; NADまたはNADPを用いる
#2: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#3: 化合物
ChemComp-EMO / 3-METHYL-1,6,8-TRIHYDROXYANTHRAQUINONE / EMODIN / エモジン


分子量: 270.237 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H10O5
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.21 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Sodium formate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.29→50 Å / Num. obs: 35974 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.9 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Χ2: 1.223 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.29-2.3310.90.49517571.0151100
2.33-2.37110.43217711.041100
2.37-2.4211.10.38917801.0531100
2.42-2.4711.10.37117461.0691100
2.47-2.5211.10.32317891.0811100
2.52-2.5811.10.28717891.0751100
2.58-2.6411.10.25717781.0471100
2.64-2.72110.24817861.0941100
2.72-2.7911.10.19417761.091100
2.79-2.8911.10.16617751.0911100
2.89-2.9911.10.14317901.125199.9
2.99-3.11110.12817841.2561100
3.11-3.25110.10917991.2291100
3.25-3.42110.117941.31100
3.42-3.6310.90.0918081.291100
3.63-3.9210.70.08618061.3461100
3.92-4.3110.60.07418131.3251100
4.31-4.9310.20.07918231.6061100
4.93-6.2110.90.08318681.4251100
6.21-5010.20.11419421.9291100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRCor.coef. Fo:Fc: 0.783 / Packing: 0.398
最高解像度最低解像度手法Reflection percentσ(F)
Translation4 Å15 Ågeneral99.6 0

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.7_650精密化
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
DENZOデータ削減
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2RHR

2rhr


解像度: 2.292→45.505 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.25 / σ(F): 1.89 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2079 1794 4.99 %
Rwork0.182 --
obs0.1834 35919 99.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 59.154 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 115.29 Å2 / Biso mean: 45.8395 Å2 / Biso min: 23.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.6214 Å20 Å2-0 Å2
2--3.6214 Å20 Å2
3----7.2428 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.292→45.505 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3752 0 176 107 4035
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083991
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.415448
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.14633
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004686
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.1321406
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.2917-2.35360.27071240.210725662690
2.3536-2.42290.20391320.190926102742
2.4229-2.50110.25161430.191525852728
2.5011-2.59040.23651300.194325822712
2.5904-2.69410.21951310.199226342765
2.6941-2.81670.26681400.204625622702
2.8167-2.96520.20941360.2126102746
2.9652-3.1510.2251370.190426242761
3.151-3.39420.20431450.177926272772
3.3942-3.73560.18661280.156626492777
3.7356-4.27580.18051470.165826312778
4.2758-5.38570.19151520.167226682820
5.3857-45.51380.21761490.195127772926

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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