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- PDB-3rez: glycoprotein GPIb variant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rez
タイトルglycoprotein GPIb variant
要素Platelet glycoprotein Ib beta chain, Platelet glycoprotein IX
キーワードCELL ADHESION / platelet surface receptor / Glycoprotein / GP1BB and GPIX
機能・相同性
機能・相同性情報


glycoprotein Ib-IX-V complex / Enhanced binding of GP1BA variant to VWF multimer:collagen / Defective binding of VWF variant to GPIb:IX:V / blood coagulation, intrinsic pathway / Defective F9 activation / Platelet Adhesion to exposed collagen / positive regulation of platelet activation / megakaryocyte development / GP1b-IX-V activation signalling / Platelet Aggregation (Plug Formation) ...glycoprotein Ib-IX-V complex / Enhanced binding of GP1BA variant to VWF multimer:collagen / Defective binding of VWF variant to GPIb:IX:V / blood coagulation, intrinsic pathway / Defective F9 activation / Platelet Adhesion to exposed collagen / positive regulation of platelet activation / megakaryocyte development / GP1b-IX-V activation signalling / Platelet Aggregation (Plug Formation) / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / release of sequestered calcium ion into cytosol / platelet activation / blood coagulation / transmembrane signaling receptor activity / cell surface receptor signaling pathway / cell adhesion / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Leucine rich repeat C-terminal domain / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine-rich repeat N-terminal domain / Leucine rich repeat N-terminal domain / Cysteine-rich flanking region, C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal domain / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Alpha-Beta Horseshoe ...: / Leucine rich repeat C-terminal domain / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine-rich repeat N-terminal domain / Leucine rich repeat N-terminal domain / Cysteine-rich flanking region, C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal domain / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Alpha-Beta Horseshoe / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-L-fucopyranose / alpha-D-mannopyranose / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Platelet glycoprotein Ib beta chain / Platelet glycoprotein IX
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者McEwan, P.A. / Yang, W. / Carr, K.H. / Mo, X. / Zheng, X. / Li, R. / Emsley, J.
引用ジャーナル: Blood / 年: 2011
タイトル: Quaternary organization of GPIb-IX complex and insights into Bernard-Soulier syndrome revealed by the structures of GPIb beta and a GPIb beta/GPIX chimera
著者: McEwan, P.A. / Yang, W. / Carr, K.H. / Mo, X. / Zheng, X. / Li, R. / Emsley, J.
履歴
登録2011年4月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月23日Group: Advisory / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.22020年7月29日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_PDB_caveat ...chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32024年10月16日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Platelet glycoprotein Ib beta chain, Platelet glycoprotein IX
B: Platelet glycoprotein Ib beta chain, Platelet glycoprotein IX
C: Platelet glycoprotein Ib beta chain, Platelet glycoprotein IX
D: Platelet glycoprotein Ib beta chain, Platelet glycoprotein IX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,54218
ポリマ－56,3494
非ポリマー2,19314
水4,918273
1
A: Platelet glycoprotein Ib beta chain, Platelet glycoprotein IX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4143
ポリマ－14,0871
非ポリマー3272
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Platelet glycoprotein Ib beta chain, Platelet glycoprotein IX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4143
ポリマ－14,0871
非ポリマー3272
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Platelet glycoprotein Ib beta chain, Platelet glycoprotein IX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,0867
ポリマ－14,0871
非ポリマー9996
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Platelet glycoprotein Ib beta chain, Platelet glycoprotein IX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,6275
ポリマ－14,0871
非ポリマー5404
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.010, 72.010, 171.731
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 10 - 100 / Label seq-ID: 13 - 103

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Platelet glycoprotein Ib beta chain, Platelet glycoprotein IX / GP-Ib beta / GPIb-beta / GPIbB / Antigen CD42b-beta / GP-IX / GPIX / Glycoprotein 9


分子量: 14087.135 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: GP1BB and GPIX chimeria / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GP1BB, GP9
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P13224, UniProt: P14770

-
糖 , 3種, 7分子

#2: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 糖 ChemComp-FUL / beta-L-fucopyranose / beta-L-fucose / 6-deoxy-beta-L-galactopyranose / L-fucose / fucose / 6-DEOXY-BETA-L-GALACTOSE / β-L-フコピラノ-ス


タイプ: L-saccharide, beta linking / 分子量: 164.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O5
識別子タイププログラム
LFucpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-L-fucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-L-FucpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
FucSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 糖 ChemComp-MAN / alpha-D-mannopyranose / alpha-D-mannose / D-mannose / mannose / α-D-マンノピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DManpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 280分子

#3: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 273 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.08 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.1 M MMT buffer pH 5 (MMT buffer is a mixture of DL-malic acid, MES and Tris base in the molar ratios 1:2:2 DL-malic acid:MES:Tris base), 25% (w/v) PEG 1500, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.8726 Å
検出器タイプ: MARC MOSAIC3 / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月18日
放射モノクロメーター: Si(311) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→62.36 Å / Num. obs: 23135 / % possible obs: 100 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.35→42.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.923 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.891 / SU B: 16.842 / SU ML: 0.189 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.51 / ESU R Free: 0.283 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25925 1036 5 %RANDOM
Rwork0.21146 ---
obs0.2139 19566 92.53 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.575 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.03 Å2-0.01 Å20 Å2
2---0.03 Å20 Å2
3---0.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→42.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3473 0 118 273 3864
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0223722
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3012.0345105
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4495458
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.85520.548146
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.1115526
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.3861552
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.2587
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0222832
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.1781.52311
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.3523724
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.83631411
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.4874.51376
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 692 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
Amedium positional0.250.5
Bmedium positional0.340.5
Cmedium positional0.270.5
Dmedium positional0.290.5
Amedium thermal0.312
Bmedium thermal0.342
Cmedium thermal0.282
Dmedium thermal0.332
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.411 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.284 92 -
Rwork0.235 1559 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.1977-2.59834.91231.6104-3.014111.565-0.16530.33970.37530.0694-0.2324-0.2301-0.9641-0.3420.39770.3480.1226-0.01770.28130.01610.307434.4329-0.76580.0693
210.81192.79226.35110.94122.69999.7792-0.0312-0.35840.1638-0.0074-0.20790.1814-0.0548-0.64880.23910.10560.0440.05070.146-0.080.390335.3357-7.82730.2475
314.13728.92280.90166.31120.79150.13090.3409-0.44880.1107-0.0601-0.35470.0607-0.0593-0.05220.01390.28910.0586-0.00430.2010.01980.230836.3507-3.3741-7.0228
43.34712.6152-0.54343.48750.85572.3080.07150.2310.3482-0.0297-0.08680.46360.0766-0.27930.01530.14430.10230.00540.12840.00240.081236.7371-10.108-9.7605
53.93180.9912-0.41693.1926-0.321.90280.05890.23160.0126-0.20390.0066-0.001-0.1501-0.0988-0.06550.10460.02450.00170.0732-0.01450.059544.1038-12.6005-12.0129
61.1366-0.1525-1.65934.2316-2.01883.76350.01470.0689-0.23660.162-0.2468-0.0781-0.1138-0.06790.23210.1405-0.002-0.01490.12210.05110.260743.1637-20.9593-8.4553
78.0882-2.87673.70834.1313-2.302711.4294-0.34460.5219-0.1916-0.5365-0.0270.1485-0.2371-0.22480.37160.212-0.0078-0.06710.1127-0.080.132938.7664-25.3267-19.8236
820.9078-8.572611.101825.4528-3.11825.99720.96851.62420.9577-0.9614-1.3711-1.82170.4010.85820.40260.79-0.06440.10090.7259-0.08590.515942.3445-22.3035-27.2351
915.92020.135718.13950.02080.09320.8756-0.21260.13080.5250.0822-0.04330.0873-0.44820.24230.25590.502-0.17080.12330.2237-0.07230.726345.8434-16.5123-49.2705
107.635-1.66111.95180.4897-1.27578.2967-0.05880.24670.05420.1369-0.0865-0.1019-0.28320.19360.14530.3125-0.0913-0.14140.12910.01890.251745.0457-23.8274-50.2123
114.4713-1.36240.82594.0358-0.96620.31410.1770.3250.55490.0367-0.2278-0.0353-0.05090.13140.05080.3156-0.06320.00240.1979-0.0930.200841.9324-19.9364-43.5277
124.0433-1.38820.02483.1951-0.21923.2930.10630.00330.1868-0.0063-0.0573-0.0084-0.19920.028-0.0490.0786-0.0284-0.01190.0552-0.04560.081538.24-27.1171-43.2003
1314.9148-7.17499.52493.4645-4.586.0848-0.6031-1.03310.41140.26360.3921-0.1564-0.3651-0.67550.2110.25330.0008-0.02360.4153-0.14360.264536.032-34.0301-30.7039
147.1075-2.933-1.00255.49161.80322.50190.09060.2309-0.173-0.1406-0.17360.00880.0319-0.22570.0830.0902-0.0084-0.00930.0336-0.0240.029130.6782-34.4287-44.7029
154.13091.69374.51575.3721.51464.9960.193-0.4167-0.05710.335-0.1620.10460.1639-0.381-0.03090.1343-0.0371-0.04180.21490.05490.060638.5164-42.7523-34.2404
160.3905-1.72860.12137.6615-0.54260.0433-0.07990.01760.50690.3165-0.0595-2.2349-0.0348-0.05060.13940.5295-0.05970.06270.6663-0.07580.705833.5984-40.3349-26.4534
170.06430.0822-0.16720.6633-2.22917.88130.0714-0.08330.0878-0.02030.23430.21110.1681-0.9825-0.30570.1597-0.12960.03420.3064-0.05440.569436.3953-44.9749-1.5459
185.7895-1.0603-0.05684.10524.44119.30060.07560.1119-0.34380.05530.25290.3570.4811-0.0408-0.32850.1831-0.1267-0.00580.1220.01380.270441.3433-48.4819-9.9543
1924.85961.88834.7219.5388-1.187711.7124-0.016-0.2107-0.08830.3544-0.25260.5197-0.15-0.81860.26860.1716-0.03040.0240.13940.00620.124736.2184-36.2798-3.8844
202.9035-2.88911.01233.097-1.21390.5463-0.01840.1068-0.3341-0.1680.03430.23320.1614-0.0951-0.01590.1828-0.12150.04110.125-0.05950.160244.4343-42.3362-13.7386
213.0658-1.341-1.21232.5132-0.06264.98960.04160.09030.0020.0395-0.06970.1875-0.08-0.28580.02820.0772-0.0432-0.00850.0611-0.03720.124946.8254-37.3952-14.4652
225.87180.81992.83569.4178-2.29152.147-0.04430.00820.36480.6665-0.1833-0.1179-0.20630.06080.22760.1299-0.02380.02860.0819-0.02130.05452.571-31.9898-9.6087
232.60691.01121.32382.46932.9883.70370.0930.0854-0.4461-0.1859-0.14730.0269-0.0806-0.06320.05430.28430.1360.05970.20510.00390.13458.7605-41.8983-21.5348
2411.69170.227414.03535.39282.242417.6937-0.38860.41790.2259-0.34690.2663-0.2358-0.79440.51630.12230.3776-0.00320.06760.34820.02690.172154.2406-33.8683-30.0379
253.27081.64462.4077.5449-3.20194.6867-0.41780.28120.1693-0.1702-0.0494-0.5154-0.33670.37530.46720.2287-0.07190.06110.1642-0.08940.186577.0956-0.1716-4.1358
264.1961-1.57412.59562.0264-1.97512.3157-0.03450.13170.18470.0629-0.0945-0.1836-0.06070.10360.1290.2567-0.10490.09480.1698-0.03870.269776.79-2.1148-11.5823
274.1693-1.2480.4732.74180.5433.0982-0.04260.11260.0962-0.06660.0837-0.1360.03810.1288-0.04110.0841-0.06440.04060.0727-0.03170.02670.3244-6.3814-11.1707
2811.47463.078510.14079.96564.67689.3869-0.11870.70550.4554-1.1982-0.1538-0.6513-0.39180.51150.27250.35360.04130.11480.24420.02010.094662.0413-2.778-21.8763
294.4668-0.1769-7.371614.3994-5.400214.47280.10870.0351-0.2171-0.0133-0.28690.1516-0.1930.00890.17830.0098-0.0076-0.00140.04750.07320.243463.8768-14.4133-13.0551
302.2295-0.60812.16933.1393-2.52613.3883-0.1226-0.01920.1598-0.070.03590.0392-0.1174-0.06110.08670.22730.05090.05670.1481-0.00540.038756.6619-3.9306-14.8467
316.8243-0.06170.14988.2348-4.0127.5167-0.27720.33090.1873-0.41780.0061-0.01070.1356-0.41380.2710.130.00830.00690.1387-0.05630.047552.5455-5.9733-17.7227
321.1802-1.4567-4.07271.80035.032214.0706-0.4740.2148-0.30120.4126-0.37250.35521.2037-0.70660.84650.75180.02160.00810.67710.05110.819655.074-10.7527-26.7105
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 8
2X-RAY DIFFRACTION2A9 - 16
3X-RAY DIFFRACTION3A17 - 28
4X-RAY DIFFRACTION4A29 - 44
5X-RAY DIFFRACTION5A45 - 79
6X-RAY DIFFRACTION6A80 - 91
7X-RAY DIFFRACTION7A92 - 106
8X-RAY DIFFRACTION8A107 - 113
9X-RAY DIFFRACTION9B0 - 8
10X-RAY DIFFRACTION10B9 - 16
11X-RAY DIFFRACTION11B17 - 28
12X-RAY DIFFRACTION12B29 - 63
13X-RAY DIFFRACTION13B64 - 70
14X-RAY DIFFRACTION14B71 - 87
15X-RAY DIFFRACTION15B88 - 107
16X-RAY DIFFRACTION16B108 - 113
17X-RAY DIFFRACTION17C-1 - 11
18X-RAY DIFFRACTION18C12 - 24
19X-RAY DIFFRACTION19C25 - 30
20X-RAY DIFFRACTION20C31 - 47
21X-RAY DIFFRACTION21C48 - 73
22X-RAY DIFFRACTION22C74 - 87
23X-RAY DIFFRACTION23C88 - 104
24X-RAY DIFFRACTION24C105 - 115
25X-RAY DIFFRACTION25D0 - 16
26X-RAY DIFFRACTION26D17 - 28
27X-RAY DIFFRACTION27D29 - 61
28X-RAY DIFFRACTION28D62 - 69
29X-RAY DIFFRACTION29D70 - 82
30X-RAY DIFFRACTION30D83 - 96
31X-RAY DIFFRACTION31D97 - 105
32X-RAY DIFFRACTION32D106 - 110

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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