PDB-3reu: Crystal structure of the archaeal asparagine synthetase A complex...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3reu

タイトル

Crystal structure of the archaeal asparagine synthetase A complexed with L-Aspartic acid and Adenosine triphosphate

要素

AsnS-like asparaginyl-tRNA synthetase related protein

キーワード

LIGASE / ATP binding / Aspartic acid binding / 7 stranded anti parallel beta-sheet

機能・相同性

機能・相同性情報

asparagine-tRNA ligase activity / asparaginyl-tRNA aminoacylation / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pyrococcus abyssi (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Blaise, M. / Frechin, M. / Charron, C. / Roy, H. / Sauter, C. / Lorber, B. / Olieric, V. / Kern, D.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Crystal Structure of the Archaeal Asparagine Synthetase: Interrelation with Aspartyl-tRNA and Asparaginyl-tRNA Synthetases.
著者: Blaise, M. / Frechin, M. / Olieric, V. / Charron, C. / Sauter, C. / Lorber, B. / Roy, H. / Kern, D.

履歴

登録	2011年4月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年8月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年9月21日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3reu.cif.gz	249.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3reu.ent.gz	200.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3reu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3reu_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3reu_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	3reu_validation.xml.gz	26.4 KB	表示
CIF形式データ	3reu_validation.cif.gz	37.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/re/3reu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/re/3reu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3p8tC 3p8vC 3p8yC 3rexC 3rl6C 1nnhS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3p8t-d 6ggk-d 5gue-2 6tnh-d 5zu2-3 4dfe-2 4oua-2 5m6b-1 5odo-2 5icn-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (5) #171 - 2014年3月神経伝達物質輸送体 (Neurotransmitter Transporters) 類似性 (1)

登録構造単位

A: AsnS-like asparaginyl-tRNA synthetase related protein

B: AsnS-like asparaginyl-tRNA synthetase related protein

ヘテロ分子

69.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.470, 61.180, 156.940
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	AsnS-like asparaginyl-tRNA synthetase related protein 分子量: 34131.363 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus abyssi (古細菌) / 遺伝子: asnS-like, PYRAB02460, PAB2356 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9V228
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP 分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃ / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物	ChemComp-ASP / ASPARTIC ACID / アスパラギン酸タイプ: L-peptide linking / 分子量: 133.103 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₇NO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 299 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.18 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 100mM TRis pH7, 0.2M NaCl, 32% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 44981 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2.34
反射シェル	解像度: 1.9→2 Å / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DNA		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7_650)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1NNH

1nnh

解像度: 1.9→48.249 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2102	1996	4.44 %	random
R_work	0.1702	-	-	-
all	0.172	44981	-	-
obs	0.172	44979	99.39 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 33.556 Å² / k_sol: 0.35 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	9.118 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.3109 Å²	0 Å²
3-	-	-	5.7338 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→48.249 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4782	0	77	299	5158

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	4983
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.125	6737
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.411	1916
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.078	698
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	858

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.9475	0.307	133	0.2441	3051	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9475-2.0002	0.3189	142	0.2172	3025	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0002-2.059	0.2654	140	0.2018	3054	X-RAY DIFFRACTION	100
2.059-2.1255	0.2199	139	0.1755	3031	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1255-2.2015	0.2247	140	0.1761	3052	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2015-2.2896	0.2273	146	0.1687	3050	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2896-2.3938	0.2202	150	0.1864	3028	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3938-2.52	0.276	137	0.1844	3072	X-RAY DIFFRACTION	100
2.52-2.6779	0.2469	142	0.1861	3069	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6779-2.8846	0.233	146	0.182	3078	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8846-3.1749	0.2027	143	0.181	3065	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1749-3.6341	0.2002	146	0.1608	3115	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6341-4.5781	0.1612	140	0.1366	3083	X-RAY DIFFRACTION	98
4.5781-48.264	0.1715	152	0.1553	3210	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0012	-0.0052	0.0019	0.0834	-0.0174	0.0371	-0.0211	0.033	0.0212	0.0467	0.0381	-0.0263	0.0155	0.0338	-0.0095	0.0437	0.0135	-0.054	0.0949	0.0182	0.0832	21.8095	-6.9141	25.2564
2	0.0038	-0.0058	-0.0023	0.012	0.0129	0.0202	-0.0427	-0.0125	-0.0331	-0.0098	-0.0341	0.0645	0.0105	-0.0127	0.0316	-0.0185	-0.0213	-0.0054	0.0998	-0.0201	0.1669	14.6963	1.0082	7.6565
3	0.0087	-0.0046	0.0163	0.0172	0.0084	0.0373	-0.0398	0.0575	-0.0127	0.0081	-0.0165	-0.0002	0.0439	0.0498	0.0296	0.0017	0.0529	0.0037	0.1014	-0.0195	0.1885	28.3864	-17.6314	8.5695
4	0.0071	0.0132	0.0069	0.03	0.0193	0.0249	-0.0682	0.0668	-0.0659	-0.0001	-0.0184	0.0551	-0.0253	0.0079	0.0254	-0.0823	-0.0065	0.0128	0.0697	-0.0137	0.0757	17.9061	-5.6445	3.0005
5	0.0761	-0.0235	-0.0559	0.3587	-0.0463	0.0635	-0.0356	-0.0106	0.0076	0.1353	0.0184	0.0589	-0.0737	0.0013	0.0101	0.0957	-0.0097	-0.0177	0.0673	0.0119	0.0665	18.4628	10.0659	19.7825
6	0.0021	-0.0011	0.0061	0.0042	-0.0088	0.0406	-0.001	0.0159	0.0006	0.006	-0.0062	0.0133	-0.0063	0.0052	-0.001	0.0619	0.0173	0.0615	0.073	-0.0319	0.0379	5.5475	2.8777	26.2278
7	0.0289	-0.0235	-0.0187	0.0696	0.0431	0.0227	-0.009	-0.0795	0.0037	0.0833	0.0007	0.0317	-0.0134	0.0346	0.0017	0.1984	0.0028	-0.0579	0.1245	-0.0286	0.015	20.7252	13.2902	28.5139
8	0.0205	0.0025	0.0185	0.0159	-0.0116	0.029	-0.0147	0.0191	-0.0024	-0.046	0.0045	-0.0012	0.0257	0.0666	0.0031	0.256	0.0039	0.0129	0.1834	-0.0972	0.0951	24.5962	26.6553	36.7207
9	0.0108	-0.0056	0.001	0.0036	0.0007	0.0023	-0.0456	-0.0292	0.0096	0.0164	0.0022	0.0069	-0.0112	-0.0138	0.0287	0.2562	-0.0239	0.0219	0.1389	-0.0723	0.0422	15.6301	24.121	35.8077
10	0.0489	0.0198	-0.0158	0.0091	0.0119	0.0395	-0.0195	-0.0184	0.0005	0.0204	-0.0124	0.0288	-0.0347	-0.0134	0.0078	0.16	0.0166	0.0994	0.0337	-0.0858	-0.0348	9.2134	14.9395	38.2646
11	0.0097	0.0036	0.0278	0.0117	0.0062	0.0809	-0.0094	0.0198	-0.0055	-0.0104	0.0046	0.0022	-0.0353	-0.0192	0.0011	0.2426	-0.0496	0.1163	0.2324	0.0508	0.1383	0.6558	0.2206	36.9468
12	0.0057	0.0048	0.0042	0.0083	0.0114	0.0216	0.0034	-0.0024	0.0023	0.0211	-0.0024	0.0069	-0.0165	-0.001	0.0009	0.0728	-0.0029	-0.0711	-0.0184	-0.0731	-0.0487	19.1682	18.7924	17.023

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 1:32)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 33:125)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 126:179)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 180:294)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resseq 1:65)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resseq 66:85)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resseq 86:148)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resseq 149:169)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resseq 170:197)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resseq 198:239)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resseq 240:257)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resseq 258:294)

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