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- PDB-3p8v: Crystal structure of the archaeal asparagine synthetase A complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3p8v
タイトルCrystal structure of the archaeal asparagine synthetase A complexed with L-Aspartic acid
要素AsnS-like asparaginyl-tRNA synthetase related protein
キーワードLIGASE / anti-parallel beta sheet / asparagine synthetase / ATP binding / synthetase / Asp / Asn / AMP / ammonium
機能・相同性
機能・相同性情報


asparagine-tRNA ligase activity / asparaginyl-tRNA aminoacylation / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (D/K/N) / tRNA synthetases class II (D, K and N) / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ASPARTIC ACID / AsnS-like asparaginyl-tRNA synthetase related protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus abyssi (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Blaise, M. / Kern, D.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Crystal Structure of the Archaeal Asparagine Synthetase: Interrelation with Aspartyl-tRNA and Asparaginyl-tRNA Synthetases.
著者: Blaise, M. / Frechin, M. / Olieric, V. / Charron, C. / Sauter, C. / Lorber, B. / Roy, H. / Kern, D.
履歴
登録2010年10月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年9月21日Group: Database references
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AsnS-like asparaginyl-tRNA synthetase related protein
B: AsnS-like asparaginyl-tRNA synthetase related protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,5294
ポリマ－68,2632
非ポリマー2662
水9,008500
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5750 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area22460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.330, 61.500, 155.990
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 AsnS-like asparaginyl-tRNA synthetase related protein / Archaeal asparagine synthetase


分子量: 34131.363 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus abyssi (古細菌) / 遺伝子: asnS-like, PYRAB02460, PAB2356 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9V228
#2: 化合物 ChemComp-ASP / ASPARTIC ACID / アスパラギン酸


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 133.103 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H7NO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 500 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.98 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 100mM Tris-HCl pH7, 0.2M NaCl and 32% PEG3350 and soak in 1 to 5mM aspartic acid, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年5月1日
放射モノクロメーター: horizontally diffracting Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 52908 / Num. obs: 51846 / Observed criterion σ(F): 2.38 / Observed criterion σ(I): 2.38
反射 シェル解像度: 1.8→50 Å / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.2_432)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→48.293 Å / SU ML: 0.2 / σ(F): 1.99 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2181 2014 3.89 %random
Rwork0.1759 ---
all0.1775 51829 --
obs0.1775 51829 97.97 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 38.631 Å2 / ksol: 0.348 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.3162 Å2-0 Å20 Å2
2---1.1656 Å20 Å2
3---1.4818 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→48.293 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4814 0 18 500 5332
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0054952
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8826680
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.3121898
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.066694
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004864
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.8450.24611340.2133220X-RAY DIFFRACTION90
1.845-1.89490.23171430.19343364X-RAY DIFFRACTION94
1.8949-1.95070.23411320.18343520X-RAY DIFFRACTION98
1.9507-2.01360.23831560.18093539X-RAY DIFFRACTION99
2.0136-2.08560.2271370.17653595X-RAY DIFFRACTION100
2.0856-2.16910.24121460.17933580X-RAY DIFFRACTION100
2.1691-2.26780.25381400.17463581X-RAY DIFFRACTION100
2.2678-2.38740.21111390.17973581X-RAY DIFFRACTION100
2.3874-2.5370.2531520.17793610X-RAY DIFFRACTION99
2.537-2.73280.23391400.18053602X-RAY DIFFRACTION99
2.7328-3.00780.23141500.1933600X-RAY DIFFRACTION99
3.0078-3.44290.23051390.18733630X-RAY DIFFRACTION99
3.4429-4.33730.19081510.14993630X-RAY DIFFRACTION98
4.3373-48.31020.17631550.16733763X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5082-0.00760.08970.5963-0.2080.6207-0.00450.0266-0.0633-0.0244-0.026-0.0460.04610.01440.02910.04530.00330.00120.05170.00340.0903-19.0805-6.0515-7.9445
20.4424-0.18010.07180.8856-0.43861.10.02940.18060.1153-0.2006-0.0688-0.1645-0.19470.11950.04010.1816-0.00310.01090.1360.04230.1064-15.68314.2154-28.3174
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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