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- PDB-3reu: Crystal structure of the archaeal asparagine synthetase A complex... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3reu | ||||||
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Title | Crystal structure of the archaeal asparagine synthetase A complexed with L-Aspartic acid and Adenosine triphosphate | ||||||
![]() | AsnS-like asparaginyl-tRNA synthetase related protein | ||||||
![]() | LIGASE / ATP binding / Aspartic acid binding / 7 stranded anti parallel beta-sheet | ||||||
Function / homology | ![]() asparagine-tRNA ligase activity / asparaginyl-tRNA aminoacylation / ATP binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Blaise, M. / Frechin, M. / Charron, C. / Roy, H. / Sauter, C. / Lorber, B. / Olieric, V. / Kern, D. | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal Structure of the Archaeal Asparagine Synthetase: Interrelation with Aspartyl-tRNA and Asparaginyl-tRNA Synthetases. Authors: Blaise, M. / Frechin, M. / Olieric, V. / Charron, C. / Sauter, C. / Lorber, B. / Roy, H. / Kern, D. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 249.9 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 200.4 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.3 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1.3 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 26.4 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 37.2 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 3p8tC ![]() 3p8vC ![]() 3p8yC ![]() 3rexC ![]() 3rl6C ![]() 1nnhS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 34131.363 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-MG / #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-ASP / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.06 Å3/Da / Density % sol: 40.18 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: 100mM TRis pH7, 0.2M NaCl, 32% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
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Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jun 15, 2006 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.873 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.9→50 Å / Num. obs: 44981 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2.34 |
Reflection shell | Resolution: 1.9→2 Å / % possible all: 99.9 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1NNH Resolution: 1.9→48.249 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 2 / Stereochemistry target values: MLHL
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.95 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 33.556 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.9→48.249 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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