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万見
- PDB-4fut: Crystal structure of ATP bound MatB from Rhodopseudomonas palustris -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fut
タイトルCrystal structure of ATP bound MatB from Rhodopseudomonas palustris
要素Malonyl CoA synthetase
キーワードLIGASE / ANL Superfamily / methymalonyl-CoA synthetase / CoA / methylmalonate / malonate
機能・相同性
機能・相同性情報


3-(methylthio)propionyl-CoA ligase / medium-chain fatty acid-CoA ligase activity / fatty acid metabolic process / ATP binding
類似検索 - 分子機能
ANL, N-terminal domain / ANL, C-terminal domain / ANL, N-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 ...ANL, N-terminal domain / ANL, C-terminal domain / ANL, N-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / 3-methylmercaptopropionyl-CoA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Rank, K.C. / Crosby, H.A. / Escalante-Semerena, J.C. / Rayment, I.
引用ジャーナル: Appl.Environ.Microbiol. / 年: 2012
タイトル: Structure-Guided Expansion of the Substrate Range of Methylmalonyl Coenzyme A Synthetase (MatB) of Rhodopseudomonas palustris.
著者: Crosby, H.A. / Rank, K.C. / Rayment, I. / Escalante-Semerena, J.C.
履歴
登録2012年6月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年7月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年9月12日Group: Database references
改定 1.22024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Malonyl CoA synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,3059
ポリマ－55,2211
非ポリマー1,0848
水10,971609
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)173.140, 173.140, 47.739
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 Malonyl CoA synthetase


分子量: 55221.270 Da / 分子数: 1 / 断片: MatB / 変異: K488A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌)
株: CGA009 / 遺伝子: matB, RPA0221 / プラスミド: pTEV5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JE9314
参照: UniProt: Q6ND88, 合成酵素; C-S結合を形成; 酸とチオールを結合するもの
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 609 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.12 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: (Bis-Tris buffer (100 mM, pH 6.5) containing trimethylammonium chloride (25 mM), polyethylene glycol 8000 (19.5 %, w/v), glycerol (5 %, w/v), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月10日
詳細: Rosenbaum-Rock double-crystal monochromator: Water cooled; sagitally focusing 2nd crystal, Rosenbaum-Rock vertical focusing mirror
放射モノクロメーター: bending magnet / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→25 Å / Num. all: 686070 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12.3 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 47.867
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 10.8 % / Rmerge(I) obs: 0.454 / Mean I/σ(I) obs: 7.3 / Num. unique all: 5358 / Rsym value: 0.442 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6_289)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: apo-rpMatb

解像度: 2→24.991 Å / SU ML: 0.24 / σ(F): 0.16 / 位相誤差: 17.02 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1962 2718 5.08 %RANDOM
Rwork0.1578 ---
obs0.1598 53454 95.9 %-
all-108020 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 57.062 Å2 / ksol: 0.334 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.9856 Å2-0 Å20 Å2
2---0.9856 Å2-0 Å2
3---1.9713 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→24.991 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3887 0 68 609 4564
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074076
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0525553
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.3251500
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.066623
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004704
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9998-2.07130.23612770.16654763X-RAY DIFFRACTION92
2.0713-2.15410.20682380.1514971X-RAY DIFFRACTION94
2.1541-2.25210.20392940.14884913X-RAY DIFFRACTION94
2.2521-2.37080.21582550.15465015X-RAY DIFFRACTION95
2.3708-2.51920.19072560.15015023X-RAY DIFFRACTION95
2.5192-2.71350.18222820.15415048X-RAY DIFFRACTION96
2.7135-2.98610.21362700.16255125X-RAY DIFFRACTION97
2.9861-3.41730.19052710.16365212X-RAY DIFFRACTION98
3.4173-4.30190.18243060.14275241X-RAY DIFFRACTION99
4.3019-24.99250.17762690.15665425X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.72290.2360.05750.7053-0.11420.46180.0211-0.0517-0.0167-0.0662-0.005-0.02810.12980.1099-0.01470.20310.0907-0.06130.1587-0.04240.140230.5047-39.9513-2.7242
20.5264-0.1278-0.20.2060.00410.6973-0.0301-0.1174-0.1075-0.0512-0.12760.05670.49860.08350.12590.53210.24070.00440.2125-0.02950.199636.0596-70.74670.8779
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 1:399 )A1 - 399
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 400:503 )A400 - 503

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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