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- PDB-4fuq: Crystal structure of apo MatB from Rhodopseudomonas palustris -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fuq
タイトルCrystal structure of apo MatB from Rhodopseudomonas palustris
要素Malonyl CoA synthetase
キーワードLIGASE / ANL superfamily / methylmalonyl-CoA synthetase / CoA / methylmalonate / malonate
機能・相同性
機能・相同性情報


合成酵素; C-S結合を形成; 酸とチオールを結合するもの / medium-chain fatty acid-CoA ligase activity / fatty acid metabolic process / ATP binding
類似検索 - 分子機能
ANL, N-terminal domain / ANL, C-terminal domain / ANL, N-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 ...ANL, N-terminal domain / ANL, C-terminal domain / ANL, N-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Malonyl CoA synthetase
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.702 Å
データ登録者Rank, K.C. / Crosby, H.A. / Escalante-Semerena, J.C. / Rayment, I.
引用ジャーナル: Appl.Environ.Microbiol. / 年: 2012
タイトル: Structure-Guided Expansion of the Substrate Range of Methylmalonyl Coenzyme A Synthetase (MatB) of Rhodopseudomonas palustris.
著者: Crosby, H.A. / Rank, K.C. / Rayment, I. / Escalante-Semerena, J.C.
履歴
登録2012年6月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年7月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年9月12日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32024年11月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Malonyl CoA synthetase
B: Malonyl CoA synthetase
C: Malonyl CoA synthetase
D: Malonyl CoA synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)223,13332
ポリマ－220,5274
非ポリマー2,60628
水46,9652607
1
A: Malonyl CoA synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,6887
ポリマ－55,1321
非ポリマー5576
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Malonyl CoA synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,7848
ポリマ－55,1321
非ポリマー6537
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Malonyl CoA synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,8809
ポリマ－55,1321
非ポリマー7498
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Malonyl CoA synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,7808
ポリマ－55,1321
非ポリマー6497
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)133.872, 58.813, 138.957
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.660, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Malonyl CoA synthetase


分子量: 55131.699 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌)
株: CGA009 / 遺伝子: matB, RPA0221 / プラスミド: pTEV5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JE9314
参照: UniProt: Q6ND88, 合成酵素; C-S結合を形成; 酸とチオールを結合するもの
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物...
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2607 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.39 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 100 mM Bis-Tris pH 6.5, 84 mM MgSO4, 19.5 % (w/v) monomethyl polyethylene glycol 2000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979206 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月2日
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock high-resolution double-crystal monochromator. LN2 cooled first crystal, sagittal focusing 2nd crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979206 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→30 Å / Num. all: 966844 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rsym value: 0.089 / Χ2: 4.052 / Net I/σ(I): 33.96
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allRsym valueΧ2% possible all
1.7-1.733.80.4833.5113100.4331.27695.5
1.73-1.764.20.429112180.3791.27395.6
1.76-1.794.30.386113280.341.30795.9
1.79-1.834.30.316113400.2861.3396.1
1.83-1.874.30.268112930.2441.47896.2
1.87-1.914.30.229113710.211.60696.3
1.91-1.964.30.193114420.1791.76896.6
1.96-2.024.30.169113910.1581.96296.7
2.02-2.074.30.146114130.1372.31296.8
2.07-2.144.30.133114660.1252.57797
2.14-2.224.30.121115270.1143.09597.2
2.22-2.314.30.125115120.1063.46197.3
2.31-2.414.30.108115050.1034.0497.5
2.41-2.544.20.103116420.0994.56397.8
2.54-2.74.20.095116240.0925.19797.9
2.7-2.914.20.091116770.0876.26298.1
2.91-3.24.10.083116950.0797.15498.2
3.2-3.664.10.074117810.0697.72398.4
3.66-4.613.90.065118290.0618.6198.6
4.61-3040.08120230.07514.57197.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.6_289精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-3000データ収集
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.702→24.909 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.1 / FOM work R set: 0.8919 / SU ML: 0.2 / σ(F): 0.02 / 位相誤差: 18.27 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1967 11309 5.02 %RANDOM
Rwork0.1581 ---
obs0.16 225397 94.93 %-
all-225397 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 47.911 Å2 / ksol: 0.343 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 99.68 Å2 / Biso mean: 23.9594 Å2 / Biso min: 5.68 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.0512 Å20 Å2-0.2167 Å2
2--0.0359 Å2-0 Å2
3---0.0152 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.702→24.909 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15298 0 161 2607 18066
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00615874
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_deg1.00821538
X-RAY DIFFRACTIONf_chirality0.0692453
X-RAY DIFFRACTIONf_planarity0.0042781
X-RAY DIFFRACTIONf-dihedral14.8325795
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7016-1.76240.22879980.18195352053387
1.7624-1.83290.214210580.1662203742143291
1.8329-1.91630.209510810.1621208332191493
1.9163-2.01730.198411620.1579212072236995
2.0173-2.14360.203911480.1568215052265396
2.1436-2.3090.203411840.1559216772286197
2.309-2.54120.200911360.1569219512308797
2.5412-2.90840.202112000.1646220512325198
2.9084-3.66240.190711540.1563223072346198
3.6624-24.91180.174111880.1449226482383698
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1794-0.4176-0.36270.25010.10790.5487-0.0653-0.047-0.10830.04760.03190.02560.095-0.09850.01920.0797-0.0245-0.00490.03910.00330.0664110.37715.668512.6591
20.7723-0.7502-0.08491.10020.13140.66390.06950.04330.1142-0.0762-0.0135-0.0995-0.02080.06840.0033-0.0063-0.0290.04210.03660.00380.0086111.188724.648149.3221
30.7254-0.42120.19950.812-0.04030.57520.0297-0.0295-0.071-0.03830.05230.04810.0157-0.0740.12460.0215-0.0181-0.01540.05950.00350.017487.649212.4092-20.1862
41.0654-0.17350.15020.28580.05530.4342-0.0227-0.0722-0.0056-0.00760.04150.0179-0.03450.07820.00010.0856-0.0140.00730.0489-0.00150.055988.399331.133782.3029
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 1:503 )A1 - 503
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN B AND RESID 1:503 )B1 - 503
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN C AND RESID 1:503 )C1 - 503
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN D AND RESID 1:503 )D1 - 503

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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