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- PDB-3rer: Crystal structure of E. coli Hfq in complex with AU6A RNA and ADP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rer
タイトルCrystal structure of E. coli Hfq in complex with AU6A RNA and ADP
要素
  • 5'-R(*AP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*A)-3'
  • Protein hfq
キーワードCHAPERONE/RNA / ADP / Hfq / DsrA / Sm fold / RNA chaperone / ATP and RNA binding / CHAPERONE-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


sRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / positive regulation of translation, ncRNA-mediated / bacterial nucleoid / regulation of translation, ncRNA-mediated / RNA folding chaperone / bent DNA binding / regulation of RNA stability / tRNA processing / tRNA binding / regulation of DNA-templated transcription ...sRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / positive regulation of translation, ncRNA-mediated / bacterial nucleoid / regulation of translation, ncRNA-mediated / RNA folding chaperone / bent DNA binding / regulation of RNA stability / tRNA processing / tRNA binding / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / RNA binding / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
RNA-binding protein Hfq / Hfq protein / SH3 type barrels. - #100 / : / Sm domain profile. / LSM domain superfamily / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / RNA / : / RNA-binding protein Hfq
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Wang, W.W. / Wu, J.H. / Shi, Y.Y.
引用ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2011
タイトル: Cooperation of Escherichia coli Hfq hexamers in DsrA binding.
著者: Wang, W. / Wang, L. / Zou, Y. / Zhang, J. / Gong, Q. / Wu, J. / Shi, Y.
履歴
登録2011年4月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein hfq
B: Protein hfq
C: Protein hfq
D: Protein hfq
E: Protein hfq
F: Protein hfq
K: 5'-R(*AP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*A)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,58814
ポリマ－46,4047
非ポリマー2,1857
水7,530418
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11150 Å2
ΔGint-95 kcal/mol
Surface area16200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.970, 52.380, 55.520
Angle α, β, γ (deg.)106.170, 101.420, 98.950
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Protein hfq / HF-1 / Host factor-I protein


分子量: 7325.554 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 1-65 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: BL21 / 遺伝子: B21_04001, hfq / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: C5W5L7, UniProt: P0A6X3*PLUS
#2: RNA鎖 5'-R(*AP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*A)-3' / DsrA sRNA


分子量: 2450.449 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in E.coli DsrA sRNA
#3: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 418 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.66 % / Mosaicity: 0.85 °
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 100mM Cacodylate, 100mM NaCl, 12% PEG 8000, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年9月22日
放射モノクロメーター: plane grating / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.699→51.57 Å / Num. all: 43271 / Num. obs: 41454 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 26.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Rsym value: 0.046 / Net I/σ(I): 18.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) allRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.7-1.793.90.160.1385.42352059910.080.160.1387.494.5
1.79-1.940.1130.0987.42241956600.0570.1130.09810.194.6
1.9-2.0340.0810.07102135353900.0410.0810.0713.595.9
2.03-2.1940.0680.05911.21980650010.0340.0680.05916.995.9
2.19-2.440.0610.05312.21842546470.0310.0610.0532096
2.4-2.6940.0560.04913.31654041750.0280.0560.04921.596.7
2.69-3.140.0520.04513.81484237480.0260.0520.0452597.2
3.1-3.840.0470.04114.61249831570.0240.0470.04129.897.3
3.8-5.373.90.0410.03617.5962024370.0210.0410.03633.197.9
5.37-27.5293.90.040.03419.3482412480.020.040.03431.691.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 25.65 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å27.53 Å
Translation2.5 Å27.53 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.16データスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1HK9

1hk9


解像度: 1.7→32.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / WRfactor Rfree: 0.219 / WRfactor Rwork: 0.1777 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.886 / SU B: 3.934 / SU ML: 0.062 / SU R Cruickshank DPI: 0.1107 / SU Rfree: 0.1093 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 2.5 / ESU R Free: 0.109 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2051 2101 5.1 %RANDOM
Rwork0.165 ---
all0.187 43276 --
obs0.167 41454 95.79 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 65.52 Å2 / Biso mean: 19.073 Å2 / Biso min: 2.41 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.05 Å2-0.22 Å2-0.33 Å2
2--0.61 Å20.69 Å2
3----0.47 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→32.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2905 161 127 418 3611
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0223294
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4682.0774527
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9345367
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.60224.365126
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.61115537
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.3971517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2547
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212308
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6811.51853
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.30523043
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.98131441
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2594.51484
LS精密化 シェル解像度: 1.699→1.743 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.253 150 -
Rwork0.199 2880 -
all-3030 -
obs--94.22 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7770.29090.35720.9111-0.04361.12810.0008-0.0538-0.00140.0204-0.0436-0.00930.01680.03470.04290.00470.01030.00230.04010.01270.00746.0159-4.100721.0504
20.77390.21-0.35070.6095-0.01860.70470.0864-0.11830.00060.046-0.0647-0.0145-0.10180.0947-0.02170.0313-0.0183-0.0070.029-0.00650.014511.231612.256311.937
30.51130.10140.17660.7531-0.16751.3118-0.042600.069-0.01760.0926-0.027-0.12940.0005-0.04990.0211-0.00150.01010.0138-0.00110.03965.743515.5147-5.9671
40.85490.1750.08220.5212-0.13710.90460.01080.0460.0264-0.05630.0050.01020.0148-0.0103-0.01570.01340.0093-0.00370.03170.00610.0175-4.94853.2947-14.5544
51.07880.44380.39581.5969-0.1590.93010.0350.0397-0.0541-0.07970.0059-0.01340.1517-0.0326-0.04080.0353-0.0084-0.00980.0078-0.00550.0213-8.9827-12.9192-6.6171
60.72370.28870.34311.2616-0.34481.37810.0728-0.024-0.0615-0.0193-0.0223-0.02070.1224-0.0611-0.05060.03450.0020.00510.00690.00880.0205-3.4557-16.877911.2459
70.00440.0060.01630.03850.10970.3313-0.0057-0.01-0.0106-0.00260.009-0.00990.00520.0071-0.00320.02560.01110.02470.05270.00810.05710.8705-1.8764-0.0322
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A6 - 65
2X-RAY DIFFRACTION2B4 - 65
3X-RAY DIFFRACTION3C2 - 65
4X-RAY DIFFRACTION4D5 - 65
5X-RAY DIFFRACTION5E6 - 65
6X-RAY DIFFRACTION6F5 - 65
7X-RAY DIFFRACTION7K1 - 8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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