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万見
- PDB-3rbq: Co-crystal structure of human UNC119 (retina gene 4) and an N-ter... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rbq
タイトルCo-crystal structure of human UNC119 (retina gene 4) and an N-terminal Transducin-alpha mimicking peptide
要素
  • Guanine nucleotide-binding protein G(t) subunit alpha-1
  • Protein unc-119 homolog A
キーワードProtein Transport/Lipid Binding Protein / UNC(uncoordinated)119 homolog C. elegans / G protein trafficking / acyl binnding protein / light-induced translocation / UNC119 deletion / Protein Transport-Lipid Binding Protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of caveolin-mediated endocytosis / negative regulation of clathrin-dependent endocytosis / detection of light stimulus involved in visual perception / regulation of opsin-mediated signaling pathway / negative regulation of cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / cellular response to electrical stimulus / sensory perception of umami taste / photoreceptor connecting cilium / eye photoreceptor cell development / response to light intensity ...negative regulation of caveolin-mediated endocytosis / negative regulation of clathrin-dependent endocytosis / detection of light stimulus involved in visual perception / regulation of opsin-mediated signaling pathway / negative regulation of cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / cellular response to electrical stimulus / sensory perception of umami taste / photoreceptor connecting cilium / eye photoreceptor cell development / response to light intensity / G protein-coupled opsin signaling pathway / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of bitter taste / G protein-coupled adenosine receptor signaling pathway / PLC beta mediated events / phototransduction, visible light / lipoprotein transport / photoreceptor outer segment membrane / positive regulation of cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / intercellular bridge / phototransduction / positive regulation of protein tyrosine kinase activity / mitotic cytokinesis / photoreceptor outer segment / response to light stimulus / acyl binding / spindle midzone / visual perception / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / photoreceptor inner segment / G protein-coupled receptor binding / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / Activation of the phototransduction cascade / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / G-protein activation / photoreceptor disc membrane / spindle pole / endocytosis / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / GDP binding / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / heterotrimeric G-protein complex / protein folding / retina development in camera-type eye / nervous system development / G alpha (i) signalling events / chemical synaptic transmission / cell population proliferation / apical plasma membrane / GTPase activity / centrosome / neuronal cell body / lipid binding / synapse / GTP binding / protein kinase binding / signal transduction / membrane / metal ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
GMP phosphodiesterase, delta subunit / GMP phosphodiesterase, delta subunit / GMP phosphodiesterase, delta subunit superfamily / GMP-PDE, delta subunit / Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 1 / G-protein alpha subunit, group I / G-alpha domain profile. / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit ...GMP phosphodiesterase, delta subunit / GMP phosphodiesterase, delta subunit / GMP phosphodiesterase, delta subunit superfamily / GMP-PDE, delta subunit / Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 1 / G-protein alpha subunit, group I / G-alpha domain profile. / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G protein alpha subunit / Distorted Sandwich / Immunoglobulin E-set / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Guanine nucleotide-binding protein G(t) subunit alpha-1 / Protein unc-119 homolog A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Constantine, R. / Whitby, F.G. / Hill, C.P. / Baehr, W.
引用ジャーナル: Nat.Neurosci. / 年: 2011
タイトル: UNC119 is required for G protein trafficking in sensory neurons.
著者: Zhang, H. / Constantine, R. / Vorobiev, S. / Chen, Y. / Seetharaman, J. / Huang, Y.J. / Xiao, R. / Montelione, G.T. / Gerstner, C.D. / Davis, M.W. / Inana, G. / Whitby, F.G. / Jorgensen, E.M. ...著者: Zhang, H. / Constantine, R. / Vorobiev, S. / Chen, Y. / Seetharaman, J. / Huang, Y.J. / Xiao, R. / Montelione, G.T. / Gerstner, C.D. / Davis, M.W. / Inana, G. / Whitby, F.G. / Jorgensen, E.M. / Hill, C.P. / Tong, L. / Baehr, W.
履歴
登録2011年3月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年6月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月20日Group: Database references
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein unc-119 homolog A
B: Protein unc-119 homolog A
C: Protein unc-119 homolog A
D: Protein unc-119 homolog A
E: Protein unc-119 homolog A
F: Protein unc-119 homolog A
G: Guanine nucleotide-binding protein G(t) subunit alpha-1
H: Guanine nucleotide-binding protein G(t) subunit alpha-1
I: Guanine nucleotide-binding protein G(t) subunit alpha-1
J: Guanine nucleotide-binding protein G(t) subunit alpha-1
K: Guanine nucleotide-binding protein G(t) subunit alpha-1
L: Guanine nucleotide-binding protein G(t) subunit alpha-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,19612
ポリマ－145,19612
非ポリマー00
水14,286793
1
A: Protein unc-119 homolog A
G: Guanine nucleotide-binding protein G(t) subunit alpha-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1992
ポリマ－24,1992
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Protein unc-119 homolog A
H: Guanine nucleotide-binding protein G(t) subunit alpha-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1992
ポリマ－24,1992
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Protein unc-119 homolog A
I: Guanine nucleotide-binding protein G(t) subunit alpha-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1992
ポリマ－24,1992
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Protein unc-119 homolog A
J: Guanine nucleotide-binding protein G(t) subunit alpha-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1992
ポリマ－24,1992
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Protein unc-119 homolog A
K: Guanine nucleotide-binding protein G(t) subunit alpha-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1992
ポリマ－24,1992
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Protein unc-119 homolog A
L: Guanine nucleotide-binding protein G(t) subunit alpha-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1992
ポリマ－24,1992
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: Guanine nucleotide-binding protein G(t) subunit alpha-1


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 1.14 kDa, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,1401
ポリマ－1,1401
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
8
H: Guanine nucleotide-binding protein G(t) subunit alpha-1


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 1.14 kDa, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,1401
ポリマ－1,1401
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
9
I: Guanine nucleotide-binding protein G(t) subunit alpha-1


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 1.14 kDa, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,1401
ポリマ－1,1401
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
10
J: Guanine nucleotide-binding protein G(t) subunit alpha-1


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 1.14 kDa, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,1401
ポリマ－1,1401
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
11
K: Guanine nucleotide-binding protein G(t) subunit alpha-1


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 1.14 kDa, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,1401
ポリマ－1,1401
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
12
L: Guanine nucleotide-binding protein G(t) subunit alpha-1


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 1.14 kDa, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,1401
ポリマ－1,1401
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.546, 79.713, 189.590
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Protein unc-119 homolog A / Retinal protein 4 / hRG4


分子量: 23059.129 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP Residues 56-240 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UNC119, RG4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13432
#2: タンパク質・ペプチド
Guanine nucleotide-binding protein G(t) subunit alpha-1 / Transducin alpha-1 chain


分子量: 1140.287 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthesized peptide / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P11488
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 793 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.27 %
結晶化温度: 277 K / 手法: liquid diffusion / pH: 5
詳細: 40% PEG 5000, 0.1 M sodium acetate, 0.1 M potassium acetate, 30% isopropanol, pH 5.0, LIQUID DIFFUSION, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.9749 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月4日
放射モノクロメーター: Synchrotron / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9749 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.988→30 Å / Num. obs: 82342 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 15.2 % / Rsym value: 0.116 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 1.988→2.07 Å / 冗長度: 10.3 % / Rmerge(I) obs: 0.701 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Rsym value: 0.701 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
REFMAC精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3GQQ

3gqq


解像度: 2→29.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 4.036 / SU ML: 0.115 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.186 / ESU R Free: 0.174 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24557 4087 5 %RANDOM
Rwork0.18845 ---
obs0.19134 77030 99.96 %-
all-78089 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.833 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.24 Å20 Å20 Å2
2--0.7 Å20 Å2
3----0.94 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→29.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8494 0 0 793 9287
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0228797
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8431.95511834
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.25251023
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.77822.966472
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.773151449
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.781576
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.150.21204
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0216860
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3391.55155
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.32228355
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.45233642
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.4414.53479
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.28 288 -
Rwork0.213 5583 -
obs--99.97 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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