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万見
- PDB-3r8x: Crystal Structure of Methionyl-tRNA Formyltransferase from Yersin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3r8x
タイトルCrystal Structure of Methionyl-tRNA Formyltransferase from Yersinia pestis complexed with L-methionine
要素Methionyl-tRNA formyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / alpha beta structure / formyltransferase / cytosol
機能・相同性
機能・相同性情報


methionyl-tRNA formyltransferase / conversion of methionyl-tRNA to N-formyl-methionyl-tRNA / methionyl-tRNA formyltransferase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
Methionyl-tRNA formyltransferase / Methionyl-tRNA formyltransferase, N-terminal domain / Formyl transferase, C-terminal domain / Methionyl-tRNA Fmet Formyltransferase; Chain A, domain 2 / Formyl transferase, C-terminal domain superfamily / Formyl transferase, C-terminal / Formyl transferase, C-terminal domain / Formyl transferase-like, C-terminal domain superfamily / Formyl transferase, N-terminal domain / Phosphoribosylglycinamide formyltransferase, active site ...Methionyl-tRNA formyltransferase / Methionyl-tRNA formyltransferase, N-terminal domain / Formyl transferase, C-terminal domain / Methionyl-tRNA Fmet Formyltransferase; Chain A, domain 2 / Formyl transferase, C-terminal domain superfamily / Formyl transferase, C-terminal / Formyl transferase, C-terminal domain / Formyl transferase-like, C-terminal domain superfamily / Formyl transferase, N-terminal domain / Phosphoribosylglycinamide formyltransferase, active site / Phosphoribosylglycinamide formyltransferase active site. / Formyl transferase, N-terminal / Formyl transferase / Formyl transferase, N-terminal domain superfamily / Roll / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
METHIONINE / METHOXY-ETHOXYL / Methionyl-tRNA formyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Yersinia pestis (ペスト菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.256 Å
データ登録者Maltseva, N. / Kim, Y. / Hasseman, J. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Methionyl-tRNA Formyltransferase from Yersinia pestis complexed with L-methionine
著者: Maltseva, N. / Kim, Y. / Hasseman, J. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2011年3月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methionyl-tRNA formyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,0717
ポリマ－34,4491
非ポリマー6236
水2,558142
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Methionyl-tRNA formyltransferase
ヘテロ分子

A: Methionyl-tRNA formyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,14214
ポリマ－68,8972
非ポリマー1,24512
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_455-x-1,y,-z1
Buried area3540 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area27900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.750, 62.750, 172.644
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number95
Space group name H-MP4322

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Methionyl-tRNA formyltransferase


分子量: 34448.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 株: CO92 / 遺伝子: fmt, y4022, YPO0241, YP_0239 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21magic / 参照: UniProt: Q8ZJ80, methionyl-tRNA formyltransferase

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非ポリマー , 5種, 148分子

#2: 化合物 ChemComp-MET / METHIONINE / メチオニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 149.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H11NO2S
#3: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-MOE / METHOXY-ETHOXYL / 2-メトキシエタノ-ルアニオン


分子量: 75.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 142 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.92 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M trimethylamine N-oxide, 0.1 M Tris, 20 % PEGMME2000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97924 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月11日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97924 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→50 Å / Num. all: 17092 / Num. obs: 17092 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 12 % / Biso Wilson estimate: 32.89 Å2 / Rsym value: 0.142 / Net I/σ(I): 6.3
反射 シェル解像度: 2.25→2.29 Å / 冗長度: 10.3 % / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. unique all: 819 / Rsym value: 0.751 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ収集
HKL-3000位相決定
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: dev_601)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1FMT

1fmt


解像度: 2.256→42.974 Å / SU ML: 0.28 / Isotropic thermal model: mixed / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 22.14 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.231 858 5.05 %random
Rwork0.177 ---
all0.18 16993 --
obs0.18 16993 99.62 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 38.06 Å2 / ksol: 0.352 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 39.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-10.0027 Å20 Å2-0 Å2
2--10.0027 Å2-0 Å2
3----8.0519 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.256→42.974 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2359 0 40 142 2541
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012553
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3953482
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.438956
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1394
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009456
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.2562-2.39750.29111410.2182596273799
2.3975-2.58260.27461440.1992609275399
2.5826-2.84250.26561430.195626452788100
2.8425-3.25370.25741460.17726592805100
3.2537-4.09880.20961400.154227162856100
4.0988-42.98210.19711440.174929103054100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -14.373 Å / Origin y: -21.9141 Å / Origin z: -9.4952 Å
111213212223313233
T0.0627 Å2-0.0328 Å2-0.0042 Å2-0.1895 Å20.0523 Å2--0.0838 Å2
L-0.1834 °2-0.0302 °20.2326 °2-0.2987 °2-0.4198 °2--1.176 °2
S-0.0187 Å °0.0724 Å °-0.0038 Å °0.0197 Å °-0.0573 Å °-0.0344 Å °-0.1497 Å °0.2169 Å °0.0138 Å °
精密化 TLSグループSelection details: chain A

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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