PDB-3r6f: Crystal structure of a zinc-containing HIT family protein from En...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3r6f

タイトル

Crystal structure of a zinc-containing HIT family protein from Encephalitozoon cuniculi

要素

HIT family protein

キーワード

HYDROLASE / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / protozoan parasite / Microsporidia / zinc-containing enzyme / eukaryote / fungi / neurological impairment / nucleotide binding

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleotide metabolic process / catalytic activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Encephalitozoon cuniculi (ウサギエンケファリトゾーン)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a zinc-containing HIT family protein from Encephalitozoon cuniculi
著者: Edwards, T.E. / Abendroth, J. / Leonard, J. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

履歴

登録	2011年3月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年3月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3r6f.cif.gz	68.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3r6f.ent.gz	50.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3r6f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r6/3r6f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r6/3r6f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4qd9-1 4k2j-2 1y23-1 4qd7-2 5vfa-2 4eq9-d 4k2j-6 6gfn-d 4qd7-3 4qdb-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: EncuA.00754.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1) #86 - 2007年2月エキソソーム (Exosomes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: HIT family protein

ヘテロ分子

16 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: HIT family protein

ヘテロ分子

A: HIT family protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
32.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.570, 44.570, 233.310
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

#1: タンパク質	HIT family protein 分子量: 15757.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Encephalitozoon cuniculi (ウサギエンケファリトゾーン) 株: GB-M1 / 遺伝子: ECU08_0390 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8SRE4
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.06 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: EncuA.00754.a.A1 PS00985 at 33.27 mg/mL against JCSG+ condition E4, 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5, 1.26 M ammonium sulfate cryo-protected with MPD, crystal tracking ID 220684e4, ...詳細: EncuA.00754.a.A1 PS00985 at 33.27 mg/mL against JCSG+ condition E4, 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5, 1.26 M ammonium sulfate cryo-protected with MPD, crystal tracking ID 220684e4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

結晶

マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.06 %

結晶化

温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: EncuA.00754.a.A1 PS00985 at 33.27 mg/mL against JCSG+ condition E4, 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5, 1.26 M ammonium sulfate cryo-protected with MPD, crystal tracking ID 220684e4, ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月15日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.85→50 Å / Num. all: 12715 / Num. obs: 12691 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 13 % / B_iso Wilson estimate: 31.651 Å² / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 32.6

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique all	Num. unique obs	% possible all
1.85-1.9	4	0.509	2.62	3513	887	887	99.8
1.9-1.95		0.46	3.71	5086		896	100
1.95-2.01		0.339	5.88	6696		851	100
2.01-2.07		0.249	8.73	7989		843	100
2.07-2.14		0.202	12.29	9446		820	100
2.14-2.21		0.15	16.51	10017		789	100
2.21-2.29		0.122	20.61	10295		757	100
2.29-2.39		0.119	22.58	10878		730	100
2.39-2.49		0.098	28.69	12493		734	100
2.49-2.62		0.086	31.99	12089		683	100
2.62-2.76		0.069	38.92	11537		657	100
2.76-2.93		0.058	44.85	10803		610	100
2.93-3.13		0.047	54.32	10292		592	100
3.13-3.38		0.041	62.65	9545		557	100
3.38-3.7		0.037	72.83	8803		527	100
3.7-4.14		0.033	80.02	7496		463	100
4.14-4.78		0.029	83.39	6588		430	100
4.78-5.85		0.031	79.32	5578		379	100
5.85-8.27		0.034	74.01	4329		305	100
8.27-50		0.033	75.56	2032		181	90.5

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

R_factor: 53.35 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3 Å	19.54 Å
Translation	3 Å	19.54 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.1.4	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
StructureStudio		データ収集
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.85→19.33 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.921 / WR_factor R_free: 0.2333 / WR_factor R_work: 0.1969 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.8664 / SU B: 6.57 / SU ML: 0.096 / SU R Cruickshank DPI: 0.1526 / SU R_free: 0.1415 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.142 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2433	629	5 %	RANDOM
R_work	0.2066	-	-	-
obs	0.2084	12591	99.06 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 55.5 Å² / B_iso mean: 25.4349 Å² / B_iso min: 8.42 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.66 Å²	0.33 Å²	0 Å²
2-	-	0.66 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.99 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→19.33 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1042	0	14	72	1128

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.021	1093
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.34	1.938	1491
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.612	5	133
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.996	22.909	55
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.708	15	164
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.478	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	161
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	851
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.836	1.5	655
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.508	2	1054
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.281	3	438
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.8	4.5	435

LS精密化シェル

解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.325	38	-
R_work	0.287	841	-
all	-	879	-
obs	-	-	99.1 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7929	0.2478	-0.1231	0.9668	-0.0994	1.15	-0.0069	-0.0821	-0.0121	0.1102	-0.0671	-0.0263	0.0311	0.089	0.0741	0.0229	0.0071	0.0043	0.0333	0.0116	0.0083	25.7984	12.4693	33.4364
2	0.4285	0.6356	-0.0142	1.1952	-0.5068	1.0287	0.0048	-0.0249	0.0176	0.0005	-0.0275	0.0049	0.0597	0.0001	0.0228	0.0328	0.0183	0.0069	0.025	0.0061	0.0221	21.4247	7.7627	23.8417
3	1.1668	0.6183	0.6969	0.3522	0.2956	1.1497	0.0768	-0.0338	0.1567	0.0718	-0.0401	0.1084	-0.1383	-0.147	-0.0366	0.0592	0.0112	0.0506	0.0792	-0.0057	0.0522	13.7244	15.5056	22.2525
4	0.1443	0.6199	-1.3867	2.9409	-6.6212	14.9223	-0.0939	0.0424	0.0135	0.1391	-0.127	-0.1267	-0.3668	0.0811	0.2208	0.2144	-0.0258	-0.047	0.2577	0.0958	0.3008	20.2444	25.5577	-3.216
5	12.1419	1.4258	3.3701	2.9444	-2.3949	3.742	0.0742	0.1636	0.2985	0.0593	0.0006	0.1871	-0.0299	0.0723	-0.0748	0.007	0.0066	0.0168	0.0455	0.0002	0.0484	32.8466	24.943	1.9393

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 54
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	55 - 85
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	86 - 112
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	113 - 119
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	120 - 131

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)