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- PDB-3r69: Molecular analysis of the interaction of the HDL-receptor SR-BI w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3r69
タイトルMolecular analysis of the interaction of the HDL-receptor SR-BI with the PDZ3 domain of its adaptor protein PDZK1
要素Na(+)/H(+) exchange regulatory cofactor NHE-RF3, Scavenger receptor class B member 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / PDZ domain / Adaptor protein / SR-BI / chimera
機能・相同性
機能・相同性情報


vitamin transmembrane transport / high-density lipoprotein particle receptor activity / Scavenging by Class B Receptors / HDL clearance / positive regulation of cholesterol storage / intestinal lipid absorption / recognition of apoptotic cell / regulation of phosphatidylcholine catabolic process / plasma lipoprotein particle clearance / lipopolysaccharide immune receptor activity ...vitamin transmembrane transport / high-density lipoprotein particle receptor activity / Scavenging by Class B Receptors / HDL clearance / positive regulation of cholesterol storage / intestinal lipid absorption / recognition of apoptotic cell / regulation of phosphatidylcholine catabolic process / plasma lipoprotein particle clearance / lipopolysaccharide immune receptor activity / apolipoprotein A-I binding / detection of lipopolysaccharide / cholesterol import / low-density lipoprotein particle clearance / high-density lipoprotein particle binding / scavenger receptor binding / androgen biosynthetic process / blood vessel endothelial cell migration / low-density lipoprotein particle binding / positive regulation of triglyceride biosynthetic process / adhesion of symbiont to host / lipopolysaccharide transport / scavenger receptor activity / phagocytosis, recognition / high-density lipoprotein particle clearance / regulation of phagocytosis / high-density lipoprotein particle remodeling / phospholipid transport / reverse cholesterol transport / cholesterol transport / cholesterol catabolic process / triglyceride homeostasis / endothelial cell proliferation / cholesterol efflux / lipid transport / microvillus membrane / phosphatidylserine binding / apolipoprotein binding / positive regulation of protein targeting to membrane / protein-membrane adaptor activity / regulation of monoatomic anion transport / cholesterol homeostasis / protein localization to plasma membrane / lipopolysaccharide binding / brush border membrane / caveola / amyloid-beta binding / in utero embryonic development / lysosome / apical plasma membrane / signaling receptor binding / lipid binding / protein-containing complex binding / cell surface / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CD36/scavenger receptor class B member 1 / CD36 family / CD36 family / : / PDZ domain / Pdz3 Domain / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain ...CD36/scavenger receptor class B member 1 / CD36 family / CD36 family / : / PDZ domain / Pdz3 Domain / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / Scavenger receptor class B member 1 / Na(+)/H(+) exchange regulatory cofactor NHE-RF3
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.499 Å
データ登録者Kocher, O. / Birrane, G. / Krieger, M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / : 2011
タイトル: Identification of the PDZ3 Domain of the Adaptor Protein PDZK1 as a Second, Physiologically Functional Binding Site for the C Terminus of the High Density Lipoprotein Receptor Scavenger ...タイトル: Identification of the PDZ3 Domain of the Adaptor Protein PDZK1 as a Second, Physiologically Functional Binding Site for the C Terminus of the High Density Lipoprotein Receptor Scavenger Receptor Class B Type I.
著者: Kocher, O. / Birrane, G. / Yesilaltay, A. / Shechter, S. / Pal, R. / Daniels, K. / Krieger, M.
履歴
登録2011年3月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月27日Group: Database references
改定 1.32017年7月26日Group: Advisory / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.42023年9月13日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Na(+)/H(+) exchange regulatory cofactor NHE-RF3, Scavenger receptor class B member 1
B: Na(+)/H(+) exchange regulatory cofactor NHE-RF3, Scavenger receptor class B member 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,0183
ポリマ-18,8252
非ポリマー1921
2,414134
1
A: Na(+)/H(+) exchange regulatory cofactor NHE-RF3, Scavenger receptor class B member 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,4131
ポリマ-9,4131
非ポリマー00
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Na(+)/H(+) exchange regulatory cofactor NHE-RF3, Scavenger receptor class B member 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,6052
ポリマ-9,4131
非ポリマー1921
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1450 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area10060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.638, 61.396, 64.010
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Na(+)/H(+) exchange regulatory cofactor NHE-RF3, Scavenger receptor class B member 1 / NHERF-3 / CFTR-associated protein of 70 kDa / Na(+)/H(+) exchanger regulatory factor 3 / Na/Pi ...NHERF-3 / CFTR-associated protein of 70 kDa / Na(+)/H(+) exchanger regulatory factor 3 / Na/Pi cotransporter C-terminal-associated protein 1 / NaPi-Cap1 / PDZ domain-containing protein 1 / Sodium-hydrogen exchanger regulatory factor 3 / SR-BI


分子量: 9412.715 Da / 分子数: 2
断片: PDZ3 (UNP Residues 239-323), SR-BI C-terminus (UNP Residues 505-509)
由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Chimera between two genes / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cap70, Nherf3, Pdzk1, Scarb1 / プラスミド: pGEX-4T-3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: Q9JIL4, UniProt: Q61009
#2: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C6H8O7
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 134 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.53 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 3.5
詳細: 0.1 M citric acid pH 3.5, 25% PEG 3350, 5% ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月10日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.499→50 Å / Num. all: 29138 / Num. obs: 29138 / % possible obs: 94.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル解像度: 1.499→1.55 Å / % possible all: 66.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3R68
解像度: 1.499→23.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 2.792 / SU ML: 0.049 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.081 / ESU R Free: 0.081 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22549 1435 4.9 %RANDOM
Rwork0.20034 ---
all0.2016 27563 --
obs0.2016 27563 94.23 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.819 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.07 Å20 Å20 Å2
2---0.07 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.499→23.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1267 0 13 134 1414
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0221344
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02920
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7182.0091820
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.97432282
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3165184
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.832655
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.09515250
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.728157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1060.2208
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0211512
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02227
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2231.5866
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3391.5366
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.07621387
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.1073478
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.2094.5425
LS精密化 シェル解像度: 1.499→1.538 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.265 61 -
Rwork0.237 1342 -
obs--63.14 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2110.0659-0.04710.9876-0.74031.1715-0.04760.0396-0.04610.07320.02420.0572-0.05850.08090.02340.02670.00640.01150.0552-0.00040.058119.93525.55333.057
20.1761-0.29570.53532.6785-1.44011.7729-0.01960.03670.00940.3582-0.0367-0.0467-0.18390.08710.05630.0772-0.0049-0.00120.07010.01040.036517.25346.95521.291
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A240 - 327
2X-RAY DIFFRACTION2B239 - 327

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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