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- PDB-3r47: Crystal structure of a 6-helix coiled coil CC-hex-H24 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3r47
タイトルCrystal structure of a 6-helix coiled coil CC-hex-H24
要素coiled coil helix L24H
キーワードDE NOVO PROTEIN / coiled coil domain / hexamer / KIH interactions / hydrophobic channel / synthetic biology
機能・相同性BROMIDE ION
機能・相同性情報
生物種Synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5002 Å
データ登録者Zaccai, N.R. / Chi, B.H.C. / Woolfson, D.N. / Brady, R.L.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2011
タイトル: A de novo peptide hexamer with a mutable channel.
著者: Zaccai, N.R. / Chi, B. / Thomson, A.R. / Boyle, A.L. / Bartlett, G.J. / Bruning, M. / Linden, N. / Sessions, R.B. / Booth, P.J. / Brady, R.L. / Woolfson, D.N.
履歴
登録2011年3月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年11月30日Group: Database references
改定 1.22019年7月17日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: pdbx_entity_src_syn / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues ...pdbx_entity_src_syn / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / software / struct_conn
Item: _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific ..._pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific / _software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32023年9月13日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月27日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: coiled coil helix L24H
B: coiled coil helix L24H
C: coiled coil helix L24H
E: coiled coil helix L24H
F: coiled coil helix L24H
G: coiled coil helix L24H
H: coiled coil helix L24H
I: coiled coil helix L24H
J: coiled coil helix L24H
K: coiled coil helix L24H
L: coiled coil helix L24H
M: coiled coil helix L24H
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,81614
ポリマ－40,65612
非ポリマー1602
水2,306128
1
A: coiled coil helix L24H
B: coiled coil helix L24H
C: coiled coil helix L24H
E: coiled coil helix L24H
F: coiled coil helix L24H
G: coiled coil helix L24H
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,4087
ポリマ－20,3286
非ポリマー801
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8740 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area9930 Å2
手法PISA
2
H: coiled coil helix L24H
I: coiled coil helix L24H
J: coiled coil helix L24H
K: coiled coil helix L24H
L: coiled coil helix L24H
M: coiled coil helix L24H
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,4087
ポリマ－20,3286
非ポリマー801
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8960 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area9530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.804, 55.804, 139.875
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number77
Space group name H-MP42

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
coiled coil helix L24H


分子量: 3387.990 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成
詳細: Peptide synthesis was carried out according to standard Fmoc SPPS protocols
由来: (合成) Synthetic construct (人工物)
#2: 化合物 ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.08 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 30mM sodium fluoride, 30 mM sodium bromide, 30 mM sodium iodide, 50 mM sodium HEPES, 50mM MOPS (acid) pH 7.5, 20% PEG-MME 550, 10% PEG 20K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→23.9 Å / Num. obs: 14790 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 23.6
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.575 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.7_650精密化
PHASER位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3R3K WITH IODOPHENYL GROUPS CHANGED TO TYROSINE

3r3k


解像度: 2.5002→23.505 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU ML: 0.44 / σ(F): 0 / 位相誤差: 30.97 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2847 743 5.05 %
Rwork0.2226 --
obs0.2257 14714 99.56 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 57.42 Å2 / ksol: 0.36 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-32.7804 Å20 Å2-0 Å2
2--32.7804 Å20 Å2
3---14.7803 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5002→23.505 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2642 0 2 128 2772
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072673
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.833564
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.905996
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052411
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003431
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5002-2.6930.38961540.31122770X-RAY DIFFRACTION100
2.693-2.96360.35691520.25832809X-RAY DIFFRACTION100
2.9636-3.39130.32291610.22852768X-RAY DIFFRACTION100
3.3913-4.26850.25331370.18072830X-RAY DIFFRACTION100
4.2685-23.50570.25851390.23122794X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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