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万見
- PDB-3r2d: Crystal Structure of Antitermination Factors NusB and NusE in com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3r2d
タイトルCrystal Structure of Antitermination Factors NusB and NusE in complex with dsRNA
要素
  • 30S ribosomal protein S10
  • 5'-R(*GP*GP*CP*UP*CP*CP*UP*UP*GP*GP*CP*A)-3'
  • N utilization substance protein B
キーワードTRANSCRIPTION/RNA / cross species NusB-NusE-RNA interaction / transcription elongation / gene regulation / protein-RNA interaction / TRANSCRIPTION-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription antitermination / DNA-templated transcription termination / small ribosomal subunit / tRNA binding / structural constituent of ribosome / translation / RNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
N-utilizing Substance Protein B Homolog; Chain A / NusB-like / NusB antitermination factor / NusB/RsmB/TIM44 / NusB family / NusB-like superfamily / Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S10, conserved site / Ribosomal protein S10 signature. / Ribosomal protein S10 ...N-utilizing Substance Protein B Homolog; Chain A / NusB-like / NusB antitermination factor / NusB/RsmB/TIM44 / NusB family / NusB-like superfamily / Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S10, conserved site / Ribosomal protein S10 signature. / Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S10p/S20e / Ribosomal protein S10 domain / Ribosomal protein S10 domain superfamily / Ribosomal protein S10p/S20e / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / RNA / RNA (> 10) / Small ribosomal subunit protein uS10 / Transcription antitermination protein NusB
類似検索 - 構成要素
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.199 Å
データ登録者Stagno, J.R. / Ji, X.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2011
タイトル: Structural basis for RNA recognition by NusB and NusE in the initiation of transcription antitermination.
著者: Stagno, J.R. / Altieri, A.S. / Bubunenko, M. / Tarasov, S.G. / Li, J. / Court, D.L. / Byrd, R.A. / Ji, X.
履歴
登録2011年3月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年10月5日Group: Database references
改定 1.32017年7月26日Group: Advisory / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / software
改定 1.42017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.52023年8月30日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / chem_comp_atom ...audit_author / chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation_author / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62023年9月13日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N utilization substance protein B
B: N utilization substance protein B
J: 30S ribosomal protein S10
K: 30S ribosomal protein S10
R: 5'-R(*GP*GP*CP*UP*CP*CP*UP*UP*GP*GP*CP*A)-3'
S: 5'-R(*GP*GP*CP*UP*CP*CP*UP*UP*GP*GP*CP*A)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,80411
ポリマ－61,2736
非ポリマー5315
水1,76598
1
A: N utilization substance protein B
J: 30S ribosomal protein S10
R: 5'-R(*GP*GP*CP*UP*CP*CP*UP*UP*GP*GP*CP*A)-3'
S: 5'-R(*GP*GP*CP*UP*CP*CP*UP*UP*GP*GP*CP*A)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,5475
ポリマ－34,4414
非ポリマー1061
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: N utilization substance protein B
K: 30S ribosomal protein S10
R: 5'-R(*GP*GP*CP*UP*CP*CP*UP*UP*GP*GP*CP*A)-3'
S: 5'-R(*GP*GP*CP*UP*CP*CP*UP*UP*GP*GP*CP*A)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,8658
ポリマ－34,4414
非ポリマー4244
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)76.786, 79.940, 106.599
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細BIOMOLECULES 1 AND 2 REPRESENT SLIGHTLY DIFFERENT BINDING MODES OF NUSB/NUSE TO DOUBLE-STRANDED RNA

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要素

#1: タンパク質 N utilization substance protein B / protein nusB


分子量: 17273.984 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 遺伝子: aq_133, nusB / プラスミド: pDest527 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O66530
#2: タンパク質 30S ribosomal protein S10 / protein nusE


分子量: 9558.287 Da / 分子数: 2 / Fragment: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 遺伝子: aq_008, NUSE, rpsJ / プラスミド: pDest527 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O66430
#3: RNA鎖 5'-R(*GP*GP*CP*UP*CP*CP*UP*UP*GP*GP*CP*A)-3'


分子量: 3804.296 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: BoxA RNA / 由来: (合成) Aquifex aeolicus (バクテリア)
#4: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE RIBOSOME BINDING LOOP (UNP RESIDUES 47-68) OF CHAINS J AND K (NUSE) HAS BEEN REPLACED WITH A ...THE RIBOSOME BINDING LOOP (UNP RESIDUES 47-68) OF CHAINS J AND K (NUSE) HAS BEEN REPLACED WITH A SERINE (SER47)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.85 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M diammonium phosphate, 20% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1
検出器タイプ: MAR 225 / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.199→50 Å / Num. obs: 32257 / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 14.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.2-2.285.50.542194.5
2.28-2.375.60.391194.9
2.37-2.485.70.24194.9
2.48-2.615.90.177194.5
2.61-2.775.90.127194.9
2.77-2.995.90.089196.8
2.99-3.295.80.072198.1
3.29-3.765.80.066198.4
3.76-4.745.60.047192.5
4.74-505.50.033187.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 55.84 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å38.17 Å
Translation2.5 Å38.17 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.1.1位相決定
PHENIX1.6.4_486精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
SERGUIデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3D3B

3d3b


解像度: 2.199→33.642 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU ML: 0.33 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.49 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.239 1659 5.15 %
Rwork0.2013 --
obs0.2033 32201 94.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 58.159 Å2 / ksol: 0.336 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.8884 Å2-0 Å2-0 Å2
2---5.3617 Å20 Å2
3----0.5266 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.199→33.642 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3480 419 35 98 4032
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0044028
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7235486
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.4261638
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056636
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003614
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1991-2.26380.35731350.27322499X-RAY DIFFRACTION94
2.2638-2.33680.29931370.25982493X-RAY DIFFRACTION95
2.3368-2.42030.28841370.22582505X-RAY DIFFRACTION94
2.4203-2.51720.28011470.23592506X-RAY DIFFRACTION95
2.5172-2.63170.28681380.21762501X-RAY DIFFRACTION95
2.6317-2.77040.28851230.22692558X-RAY DIFFRACTION95
2.7704-2.94390.26331580.2232556X-RAY DIFFRACTION97
2.9439-3.1710.27811290.21832639X-RAY DIFFRACTION98
3.171-3.48980.27621350.2132668X-RAY DIFFRACTION98
3.4898-3.99410.23621330.18742643X-RAY DIFFRACTION98
3.9941-5.02950.19161450.16482461X-RAY DIFFRACTION90
5.0295-33.64620.20691420.19672513X-RAY DIFFRACTION88
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.3722-0.66392.3124.5761-1.84865.95210.52170.125-0.707-0.2322-0.08710.06110.86660.2541-0.00030.43960.1096-0.14450.45610.0440.412336.21966.3249-6.44
23.8932-0.7649-0.09565.06380.23223.05380.0202-0.16890.15460.3872-0.139-0.34420.0060.2295-00.4044-0.00410.00950.3243-0.00110.347744.313325.132230.0477
33.6498-1.24961.57873.4486-0.98182.5272-0.4653-0.14420.44460.09180.1083-0.1946-0.3812-0.23320.00010.410.0998-0.07940.65430.05690.440127.236226.7596-12.664
42.9719-1.7373-0.92043.0937-0.97793.38020.1762-0.10470.07940.3382-0.11870.4038-0.0604-0.1445-0.00020.5285-0.06870.17290.3594-0.12110.592625.268238.895432.6479
50.66690.80610.0131.6808-1.09091.576-1.84740.01513.29660.25210.7603-0.1861-1.2690.42630.00091.12710.2045-0.26770.8025-0.03331.117641.264832.02146.2397
60.1585-0.16330.101-0.09450.05370.5109-0.00020.39660.5763-0.1041-0.1949-0.1761-0.70180.35950.00040.67750.0615-0.0290.60670.0460.59541.014724.45697.8162
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B
3X-RAY DIFFRACTION3chain J
4X-RAY DIFFRACTION4chain K
5X-RAY DIFFRACTION5chain R
6X-RAY DIFFRACTION6chain S

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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