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万見
- PDB-3r29: Crystal structure of RXRalpha ligand-binding domain complexed wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3r29
タイトルCrystal structure of RXRalpha ligand-binding domain complexed with corepressor SMRT2
要素
  • Nuclear receptor corepressor 2
  • Retinoic acid receptor RXR-alpha
キーワードTRANSCRIPTION / nuclear receptor / transcription factor / ligand-binding domain
機能・相同性
機能・相同性情報


Loss of MECP2 binding ability to the NCoR/SMRT complex / positive regulation of transporter activity / negative regulation of androgen receptor signaling pathway / retinoic acid-responsive element binding / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to gluconeogenesis / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to triglyceride lipolysis in adipose / regulation of cellular ketone metabolic process / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to limit cholesterol uptake / positive regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to lipogenesis ...Loss of MECP2 binding ability to the NCoR/SMRT complex / positive regulation of transporter activity / negative regulation of androgen receptor signaling pathway / retinoic acid-responsive element binding / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to gluconeogenesis / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to triglyceride lipolysis in adipose / regulation of cellular ketone metabolic process / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to limit cholesterol uptake / positive regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to lipogenesis / nuclear glucocorticoid receptor binding / Carnitine metabolism / ion binding / Regulation of pyruvate dehydrogenase (PDH) complex / retinoic acid binding / positive regulation of vitamin D receptor signaling pathway / nuclear vitamin D receptor binding / Notch binding / Signaling by Retinoic Acid / DNA binding domain binding / nuclear steroid receptor activity / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / Notch-HLH transcription pathway / LBD domain binding / Regulation of MECP2 expression and activity / estrous cycle / Synthesis of bile acids and bile salts / positive regulation of cholesterol efflux / retinoic acid receptor signaling pathway / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / positive regulation of bone mineralization / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / nuclear retinoid X receptor binding / response to retinoic acid / Recycling of bile acids and salts / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / response to organonitrogen compound / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / RORA activates gene expression / lactation / transcription repressor complex / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / hormone-mediated signaling pathway / cerebellum development / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression / negative regulation of miRNA transcription / SUMOylation of transcription cofactors / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / transcription coregulator binding / HDACs deacetylate histones / nuclear receptor binding / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / peptide binding / Heme signaling / SUMOylation of intracellular receptors / mRNA transcription by RNA polymerase II / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / nuclear matrix / histone deacetylase binding / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / HCMV Early Events / Nuclear Receptor transcription pathway / Transcriptional regulation of granulopoiesis / RNA polymerase II transcription regulator complex / transcription corepressor activity / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / Circadian Clock / response to estradiol / double-stranded DNA binding / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / cell differentiation / receptor complex / nuclear body / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
N-CoR, GPS2-interacting domain / G-protein pathway suppressor 2-interacting domain / Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Retinoid X receptor/HNF4 / SANT domain profile. / SANT domain / Myb domain / Myb-like DNA-binding domain / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains ...N-CoR, GPS2-interacting domain / G-protein pathway suppressor 2-interacting domain / Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Retinoid X receptor/HNF4 / SANT domain profile. / SANT domain / Myb domain / Myb-like DNA-binding domain / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / SANT/Myb domain / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Homeobox-like domain superfamily / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Retinoic acid receptor RXR-alpha / Nuclear receptor corepressor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Zhang, H. / Chen, L. / Chen, J. / Jiang, H. / Shen, X.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Structural basis for retinoic x receptor repression on the tetramer.
著者: Zhang, H. / Chen, L. / Chen, J. / Jiang, H. / Shen, X.
履歴
登録2011年3月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月27日Group: Database references
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Retinoic acid receptor RXR-alpha
B: Retinoic acid receptor RXR-alpha
C: Nuclear receptor corepressor 2
D: Nuclear receptor corepressor 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,2104
ポリマ－57,2104
非ポリマー00
水70339
1
A: Retinoic acid receptor RXR-alpha
B: Retinoic acid receptor RXR-alpha
C: Nuclear receptor corepressor 2
D: Nuclear receptor corepressor 2

A: Retinoic acid receptor RXR-alpha
B: Retinoic acid receptor RXR-alpha
C: Nuclear receptor corepressor 2
D: Nuclear receptor corepressor 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,4218
ポリマ－114,4218
非ポリマー00
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z+1/21
Buried area16680 Å2
ΔGint-117 kcal/mol
Surface area37770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.220, 118.220, 84.020
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-30-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Retinoic acid receptor RXR-alpha / Retinoid X receptor alpha / Nuclear receptor subfamily 2 group B member 1


分子量: 26856.039 Da / 分子数: 2 / 断片: ligand binding domain (UNP residues 223-462) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RXRA, NR2B1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P19793
#2: タンパク質・ペプチド Nuclear receptor corepressor 2 / SMRT / N-CoR2 / CTG repeat protein 26 / SMAP270 / Silencing mediator of retinoic acid and thyroid ...SMRT / N-CoR2 / CTG repeat protein 26 / SMAP270 / Silencing mediator of retinoic acid and thyroid hormone receptor / T3 receptor-associating factor / TRAC / thyroid-receptor-associated corepressor / retinoic-acid-receptor-associated corepressor


分子量: 1749.171 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 2346-2361 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y618
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.06 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 100 mM sodium cacodylate, 15% PEG4000, 100 mM magnesium acetate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9753
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年1月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9753 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→118.225 Å / Num. all: 13739 / Num. obs: 13640 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 49.2
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.447 / Mean I/σ(I) obs: 7.3 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
AMoRE位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3NSP

3nsp


解像度: 2.9→44.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.913 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.839 / SU B: 20.616 / SU ML: 0.408 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.514 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.32626 651 4.9 %RANDOM
Rwork0.24004 ---
obs0.24425 12568 100 %-
all-12568 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 63.103 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.05 Å20 Å20 Å2
2---0.05 Å20 Å2
3---0.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→44.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3556 0 0 39 3595
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0223604
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8141.9894861
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.7255443
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.33223.642151
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg23.13715673
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.5441526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1170.2563
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022626
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2930.21904
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3320.22468
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1950.2193
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3150.273
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.4910.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7361.52290
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.3223598
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.70731448
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.8134.51263
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.975 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.459 42 -
Rwork0.261 835 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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