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- PDB-3r27: Crystal structure of the first RRM domain of heterogeneous nuclea... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3r27
タイトルCrystal structure of the first RRM domain of heterogeneous nuclear ribonucleoprotein L (HnRNP L)
要素Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein L
キーワードPROTEIN BINDING / RBD Fold / Nucleus
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonucleoprotein granule / pronucleus / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / regulation of RNA splicing / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / pre-mRNA intronic binding / RNA processing / mRNA Splicing - Major Pathway / mRNA processing / transcription cis-regulatory region binding ...ribonucleoprotein granule / pronucleus / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / regulation of RNA splicing / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / pre-mRNA intronic binding / RNA processing / mRNA Splicing - Major Pathway / mRNA processing / transcription cis-regulatory region binding / ribonucleoprotein complex / negative regulation of DNA-templated transcription / mRNA binding / synapse / chromatin / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
hnRNP-L, RNA recognition motif 3 / hnRNP-L, RNA recognition motif 4 / hnRNP-L, RNA recognition motif 1 / hnRNP-L, RNA recognition motif 2 / : / RRM domain / HnRNP-L/PTB / PTBP1-like, RNA recognition motif 2 / RRM-like domain / RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) ...hnRNP-L, RNA recognition motif 3 / hnRNP-L, RNA recognition motif 4 / hnRNP-L, RNA recognition motif 1 / hnRNP-L, RNA recognition motif 2 / : / RRM domain / HnRNP-L/PTB / PTBP1-like, RNA recognition motif 2 / RRM-like domain / RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein L
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.04 Å
データ登録者Zhang, W. / Liu, Y. / Zeng, F. / Niu, L. / Teng, M. / Li, X.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the first RRM domain of heterogeneous nuclear ribonucleoprotein L (HnRNP L)
著者: Zhang, W. / Liu, Y. / Zeng, F. / Niu, L. / Teng, M. / Li, X.
履歴
登録2011年3月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein L
B: Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,6657
ポリマ－22,2052
非ポリマー4605
水1,47782
1
A: Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,2873
ポリマ－11,1021
非ポリマー1842
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,3794
ポリマ－11,1021
非ポリマー2763
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.170, 43.170, 78.530
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

#1: タンパク質 Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein L / hnRNP L


分子量: 11102.481 Da / 分子数: 2 / 断片: THE FIRST RRM DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HNRNPL, HNRPL, P/OKcl.14 / プラスミド: PET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P14866
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 82 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.35 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES, 25%w/v Polyethylene glycol 3,350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 287K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年6月6日
放射モノクロメーター: Ni FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.03→78.57 Å / Num. all: 10581 / Num. obs: 10541 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 2.03→2.14 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.341 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique all: 1521 / Rsym value: 0.037 / % possible all: 97.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASES位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1WEX

1wex


解像度: 2.04→39.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.894 / SU B: 11.931 / SU ML: 0.148 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.197 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25473 502 4.8 %RANDOM
Rwork0.20437 ---
obs0.20682 9988 99.81 %-
all-10007 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.021 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.72 Å20.36 Å20 Å2
2--0.72 Å20 Å2
3----1.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.04→39.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1278 0 30 82 1390
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0221329
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1121.9721803
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9825166
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.7525.35756
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.92115204
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg28.141154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2208
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021990
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4221.5838
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.8521358
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.4683491
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.4074.5445
LS精密化 シェル解像度: 2.04→2.089 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.402 42 -
Rwork0.321 719 -
obs--97.56 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0183-0.39720.20210.73330.16230.9733-0.04040.02280.0020.05120.04230.00970.03410.0193-0.00180.04310.00380.00230.02980.00360.00748.7077-7.3571-4.5541
20.2782-0.15510.166910.17680.87450.0201-0.01030.014-0.0111-0.0214-0.01110.05180.02510.00130.03790.0060.00660.045-0.00130.01172.102413.9127-14.5011
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A97 - 182
2X-RAY DIFFRACTION2B97 - 183

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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