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- PDB-3r1f: Crystal structure of a key regulator of virulence in Mycobacteriu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3r1f
タイトルCrystal structure of a key regulator of virulence in Mycobacterium tuberculosis
要素ESX-1 secretion-associated regulator EspR
キーワードTRANSCRIPTION / helix-turn-helix / transcription factor / helix-turn-helix transcription factor
機能・相同性
機能・相同性情報


response to host immune response / nucleoid / regulation of protein secretion / peptidoglycan-based cell wall / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2310 / lambda repressor-like DNA-binding domains / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Special / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Nucleoid-associated protein EspR / Nucleoid-associated protein EspR
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Rosenberg, O.S. / Dovey, C. / Finer-Moore, J. / Stroud, R.M. / Cox, J.S.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011
タイトル: EspR, a key regulator of Mycobacterium tuberculosis virulence, adopts a unique dimeric structure among helix-turn-helix proteins.
著者: Rosenberg, O.S. / Dovey, C. / Tempesta, M. / Robbins, R.A. / Finer-Moore, J.S. / Stroud, R.M. / Cox, J.S.
履歴
登録2011年3月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年8月10日Group: Database references
改定 1.22011年8月31日Group: Database references
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ESX-1 secretion-associated regulator EspR
B: ESX-1 secretion-associated regulator EspR
C: ESX-1 secretion-associated regulator EspR
D: ESX-1 secretion-associated regulator EspR
E: ESX-1 secretion-associated regulator EspR
F: ESX-1 secretion-associated regulator EspR
G: ESX-1 secretion-associated regulator EspR
H: ESX-1 secretion-associated regulator EspR
I: ESX-1 secretion-associated regulator EspR
J: ESX-1 secretion-associated regulator EspR
K: ESX-1 secretion-associated regulator EspR
L: ESX-1 secretion-associated regulator EspR
M: ESX-1 secretion-associated regulator EspR
N: ESX-1 secretion-associated regulator EspR
O: ESX-1 secretion-associated regulator EspR
P: ESX-1 secretion-associated regulator EspR
Q: ESX-1 secretion-associated regulator EspR
R: ESX-1 secretion-associated regulator EspR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)273,39318
ポリマ－273,39318
非ポリマー00
水34219
1
A: ESX-1 secretion-associated regulator EspR
B: ESX-1 secretion-associated regulator EspR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3772
ポリマ－30,3772
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4560 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area13210 Å2
手法PISA
2
C: ESX-1 secretion-associated regulator EspR
D: ESX-1 secretion-associated regulator EspR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3772
ポリマ－30,3772
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4510 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area13080 Å2
手法PISA
3
E: ESX-1 secretion-associated regulator EspR
F: ESX-1 secretion-associated regulator EspR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3772
ポリマ－30,3772
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4580 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area13350 Å2
手法PISA
4
G: ESX-1 secretion-associated regulator EspR
H: ESX-1 secretion-associated regulator EspR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3772
ポリマ－30,3772
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4500 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area13230 Å2
手法PISA
5
I: ESX-1 secretion-associated regulator EspR
J: ESX-1 secretion-associated regulator EspR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3772
ポリマ－30,3772
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4430 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area13380 Å2
手法PISA
6
K: ESX-1 secretion-associated regulator EspR
L: ESX-1 secretion-associated regulator EspR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3772
ポリマ－30,3772
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4460 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area13230 Å2
手法PISA
7
M: ESX-1 secretion-associated regulator EspR
N: ESX-1 secretion-associated regulator EspR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3772
ポリマ－30,3772
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4390 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area13050 Å2
手法PISA
8
O: ESX-1 secretion-associated regulator EspR
P: ESX-1 secretion-associated regulator EspR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3772
ポリマ－30,3772
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1460 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area9840 Å2
手法PISA
9
Q: ESX-1 secretion-associated regulator EspR
R: ESX-1 secretion-associated regulator EspR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3772
ポリマ－30,3772
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3630 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area13060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)148.490, 148.490, 129.671
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32

-
要素

#1: タンパク質
ESX-1 secretion-associated regulator EspR


分子量: 15188.502 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: espR, MT3964, Rv3849 / プラスミド: N-terminal MBP-his-fusion / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P96228, UniProt: P9WJB7*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.26 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 35% 5/4 PO/OH, 50 mM Hepes, 300 mM NaCl, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11589 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月17日
放射モノクロメーター: Double flat crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11589 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→48.85 Å / Num. all: 108207 / Num. obs: 104042

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.7.1_743精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
精密化解像度: 2.5→48.836 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 25.74 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2316 5413 5.37 %
Rwork0.1969 --
obs0.1984 100721 91.05 %
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 19.348 Å2 / ksol: 0.321 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.2748 Å2-0 Å2-0 Å2
2--3.2748 Å20 Å2
3----6.5497 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→48.836 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17189 0 0 19 17208
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0117520
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.24923678
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.7456556
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0772589
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0063112
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.54310.30562410.26654467X-RAY DIFFRACTION82
2.5431-2.58940.27942560.25774581X-RAY DIFFRACTION82
2.5894-2.63920.29562620.25914526X-RAY DIFFRACTION82
2.6392-2.6930.27892300.25064628X-RAY DIFFRACTION83
2.693-2.75160.2522640.23234577X-RAY DIFFRACTION83
2.7516-2.81560.26732230.23964697X-RAY DIFFRACTION85
2.8156-2.8860.27142750.23714571X-RAY DIFFRACTION83
2.886-2.9640.27562200.23364695X-RAY DIFFRACTION85
2.964-3.05120.29522470.22694689X-RAY DIFFRACTION85
3.0512-3.14970.24212420.22114766X-RAY DIFFRACTION86
3.1497-3.26220.2912520.21014694X-RAY DIFFRACTION85
3.2622-3.39280.23592400.19224829X-RAY DIFFRACTION86
3.3928-3.54710.24322450.1914823X-RAY DIFFRACTION88
3.5471-3.73410.21052270.17564970X-RAY DIFFRACTION89
3.7341-3.96790.20492590.17344973X-RAY DIFFRACTION90
3.9679-4.27410.1922500.16095027X-RAY DIFFRACTION91
4.2741-4.70380.1792910.15434991X-RAY DIFFRACTION90
4.7038-5.38350.19472810.16294998X-RAY DIFFRACTION91
5.3835-6.7790.24572690.19645165X-RAY DIFFRACTION93
6.779-45.52010.18982640.17785011X-RAY DIFFRACTION91

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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