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万見
- PDB-3qzy: Structure of Baculovirus Sulfhydryl Oxidase Ac92 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qzy
タイトルStructure of Baculovirus Sulfhydryl Oxidase Ac92
要素Baculovirus sulfhydryl oxidase Ac92
キーワードOXIDOREDUCTASE / flavin adenine dinucleotide / viral protein / 4-helix bundle / 5-helix bundle / sulfhydryl oxidase / nucleus
機能・相同性
機能・相同性情報


thiol oxidase / thiol oxidase activity / host cell cytoplasm / host cell nucleus
類似検索 - 分子機能
FAD-linked sulfhydryl oxidase / Baculovirus P33
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / IMIDAZOLE / PHOSPHATE ION / FAD-linked sulfhydryl oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Autographa californica nucleopolyhedrovirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.14 Å
データ登録者Hakim, M. / Fass, D.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2011
タイトル: Structure of a baculovirus sulfhydryl oxidase, a highly divergent member of the erv flavoenzyme family.
著者: Hakim, M. / Mandelbaum, A. / Fass, D.
履歴
登録2011年3月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Baculovirus sulfhydryl oxidase Ac92
B: Baculovirus sulfhydryl oxidase Ac92
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,8567
ポリマ－62,0262
非ポリマー1,8305
水2,486138
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5440 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area23020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.730, 50.730, 65.170
Angle α, β, γ (deg.)83.95, 79.01, 65.58
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Baculovirus sulfhydryl oxidase Ac92 / p33


分子量: 31013.012 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Autographa californica nucleopolyhedrovirus (ウイルス)
遺伝子: Ac92, P33 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P41480, thiol oxidase
#2: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#3: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 138 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.09 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 4% PEG 2000 MME, 7% DMSO, 0.1M bicine, 0.05M arginine-HCl, 0.001M ZnCl2, pH 9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97692 Å
検出器タイプ: ADSC Q315R / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月22日
放射モノクロメーター: Synchrotron / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97692 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.14→40.34 Å / Num. all: 31279 / Num. obs: 31279 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 3.8 % / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル解像度: 2.14→2.26 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 4477 / Rsym value: 0.399 / % possible all: 95.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
PHASER位相決定
CNS1.2精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3P0K

3p0k


解像度: 2.14→40.34 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: CNS
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.2698 2183 RANDOM
Rwork0.2305 --
all-32036 -
obs-31277 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.14→40.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4097 0 121 138 4356
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.00739
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.04432
LS精密化 シェル解像度: 2.14→2.16 Å / Rfactor Rfree: 0.3183 / Rfactor Rwork: 0.2698

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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