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- PDB-3qvm: The structure of olei00960, a hydrolase from Oleispira antarctica -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qvm
タイトルThe structure of olei00960, a hydrolase from Oleispira antarctica
要素Olei00960
キーワードHYDROLASE / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / alpha-beta hydrolase fold
機能・相同性alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Olei00960
機能・相同性情報
生物種Oleispira antarctica (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / PHASER / 解像度: 1.998 Å
データ登録者Singer, A.U. / Kagan, O. / Kim, Y. / Edwards, A.M. / Joachimiak, A. / Savchenko, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2013
タイトル: Genome sequence and functional genomic analysis of the oil-degrading bacterium Oleispira antarctica.
著者: Kube, M. / Chernikova, T.N. / Al-Ramahi, Y. / Beloqui, A. / Lopez-Cortez, N. / Guazzaroni, M.E. / Heipieper, H.J. / Klages, S. / Kotsyurbenko, O.R. / Langer, I. / Nechitaylo, T.Y. / Lunsdorf, ...著者: Kube, M. / Chernikova, T.N. / Al-Ramahi, Y. / Beloqui, A. / Lopez-Cortez, N. / Guazzaroni, M.E. / Heipieper, H.J. / Klages, S. / Kotsyurbenko, O.R. / Langer, I. / Nechitaylo, T.Y. / Lunsdorf, H. / Fernandez, M. / Juarez, S. / Ciordia, S. / Singer, A. / Kagan, O. / Egorova, O. / Alain Petit, P. / Stogios, P. / Kim, Y. / Tchigvintsev, A. / Flick, R. / Denaro, R. / Genovese, M. / Albar, J.P. / Reva, O.N. / Martinez-Gomariz, M. / Tran, H. / Ferrer, M. / Savchenko, A. / Yakunin, A.F. / Yakimov, M.M. / Golyshina, O.V. / Reinhardt, R. / Golyshin, P.N.
履歴
登録2011年2月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年7月24日Group: Database references
改定 1.32013年8月7日Group: Database references
改定 1.42019年7月17日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.name ..._software.classification / _software.name / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.52023年9月13日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Olei00960
B: Olei00960
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,62811
ポリマ－63,0272
非ポリマー6029
水4,324240
1
A: Olei00960
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8245
ポリマ－31,5131
非ポリマー3114
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Olei00960
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8046
ポリマ－31,5131
非ポリマー2915
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)123.067, 123.067, 49.218
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number75
Space group name H-MP4

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Olei00960


分子量: 31513.275 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: TEV cleavage after purification
由来: (組換発現) Oleispira antarctica (バクテリア)
遺伝子: Olei00960 / プラスミド: p15Tvlic / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIPL / 参照: UniProt: U3KRE9*PLUS

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非ポリマー , 5種, 249分子

#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 240 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.4 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.05M Calcium Chloride, 0.1M Bis-Tris pH6.5, 1.6M Ammonium Sulfate. Cryoprotected with Paratone-N oil, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月10日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: SI-111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 50364 / Num. obs: 50298 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.7 % / Biso Wilson estimate: 20.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.122 / Net I/σ(I): 24.75
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.531 / Mean I/σ(I) obs: 4.13 / Num. unique all: 2463 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.6_289精密化
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019 plus PHENIX (phenix.refine: 1.6_289)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
HKL-3000データ収集
精密化構造決定の手法: PHASER
開始モデル: Model based on 1wom

1wom


解像度: 1.998→30.767 Å / σ(F): 0.91 / 位相誤差: 27.56 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1847 3906 4.03 %RANDOM
Rwork0.1558 ---
obs0.1571 96971 99.09 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 30.924 Å2 / ksol: 0.368 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.3106 Å2-0 Å20 Å2
2---3.3106 Å2-0 Å2
3---6.6212 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.998→30.767 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4265 0 29 240 4534
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074427
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9646019
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.3421578
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069683
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004779
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.9982-2.03260.27581890.2214355454490
2.0326-2.06950.28871930.21394620481393
2.0695-2.10930.24351910.20854550474194
2.1093-2.15230.25141860.20114674486095
2.1523-2.1990.17861960.19354570476695
2.199-2.25010.22581890.18984679486895
2.2501-2.30620.23541920.18244608480095
2.3062-2.36850.19372060.17524733493995
2.3685-2.4380.24611960.17354638483496
2.438-2.51650.2311960.16914642483896
2.5165-2.60620.19741870.16844709489696
2.6062-2.71030.19681910.16914701489296
2.7103-2.83330.22692000.1524644484496
2.8333-2.98210.17782020.16154689489196
2.9821-3.16810.20012020.15984708491096
3.1681-3.41130.17021910.14954698488996
3.4113-3.75210.1581940.13184695488996
3.7521-4.28930.12631900.11654701489196
4.2893-5.38270.14062000.10984686488696
5.3827-18.71350.14141930.14474692488596

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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