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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3qtk | ||||||
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タイトル | The crystal structure of chemically synthesized VEGF-A | ||||||
![]() | Vascular endothelial growth factor A | ||||||
![]() | HORMONE / covalent dimer / cysteine knot protein / growth factor / X-ray crystal structure / human VEGF-A | ||||||
機能・相同性 | ![]() basophil chemotaxis / positive regulation of endothelial cell chemotaxis by VEGF-activated vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / cellular stress response to acid chemical / VEGF-A complex / Signaling by VEGF / lymph vessel morphogenesis / positive regulation of lymphangiogenesis / negative regulation of adherens junction organization / vascular endothelial growth factor receptor 1 binding / negative regulation of establishment of endothelial barrier ...basophil chemotaxis / positive regulation of endothelial cell chemotaxis by VEGF-activated vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / cellular stress response to acid chemical / VEGF-A complex / Signaling by VEGF / lymph vessel morphogenesis / positive regulation of lymphangiogenesis / negative regulation of adherens junction organization / vascular endothelial growth factor receptor 1 binding / negative regulation of establishment of endothelial barrier / vascular endothelial growth factor receptor binding / VEGF ligand-receptor interactions / positive regulation of mast cell chemotaxis / post-embryonic camera-type eye development / primitive erythrocyte differentiation / positive regulation of protein kinase C signaling / positive regulation of cell proliferation by VEGF-activated platelet derived growth factor receptor signaling pathway / negative regulation of blood-brain barrier permeability / VEGF-activated neuropilin signaling pathway / bone trabecula formation / positive regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / coronary vein morphogenesis / cardiac vascular smooth muscle cell development / lung vasculature development / lymphangiogenesis / eye photoreceptor cell development / endothelial cell chemotaxis / motor neuron migration / positive regulation of trophoblast cell migration / positive regulation of epithelial tube formation / vascular endothelial growth factor receptor-2 signaling pathway / VEGF binds to VEGFR leading to receptor dimerization / regulation of nitric oxide mediated signal transduction / positive regulation of axon extension involved in axon guidance / vascular wound healing / positive regulation of protein localization to early endosome / regulation of hematopoietic progenitor cell differentiation / positive regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / positive regulation of branching involved in ureteric bud morphogenesis / camera-type eye morphogenesis / neuropilin binding / induction of positive chemotaxis / coronary artery morphogenesis / negative regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin / vascular endothelial growth factor receptor 2 binding / tube formation / positive regulation of vascular permeability / dopaminergic neuron differentiation / commissural neuron axon guidance / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition / platelet-derived growth factor receptor binding / surfactant homeostasis / extracellular matrix binding / cell migration involved in sprouting angiogenesis / cardiac muscle cell development / epithelial cell maturation / sprouting angiogenesis / positive regulation of positive chemotaxis / endothelial cell proliferation / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / positive regulation of leukocyte migration / vascular endothelial growth factor signaling pathway / positive regulation of p38MAPK cascade / positive regulation of endothelial cell chemotaxis / artery morphogenesis / branching involved in blood vessel morphogenesis / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / positive regulation of DNA biosynthetic process / retinal ganglion cell axon guidance / positive regulation of neuroblast proliferation / positive chemotaxis / negative regulation of fat cell differentiation / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activator activity / positive regulation of sprouting angiogenesis / chemoattractant activity / outflow tract morphogenesis / positive regulation of focal adhesion assembly / mesoderm development / monocyte differentiation / positive regulation of receptor internalization / macrophage differentiation / fibronectin binding / positive regulation of cell division / positive regulation of cell adhesion / neuroblast proliferation / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / mammary gland alveolus development / vasculogenesis / positive regulation of osteoblast differentiation / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / heart morphogenesis / ovarian follicle development / cell maturation / homeostasis of number of cells within a tissue / positive regulation of protein autophosphorylation / positive regulation of endothelial cell proliferation / epithelial cell differentiation / lactation / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Mandal, K. / Kent, S.B.H. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Total chemical synthesis of biologically active vascular endothelial growth factor. 著者: Mandal, K. / Kent, S.B. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 258.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 212 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 505.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 511.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 29.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 40.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2vpfS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11948.680 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 34-135 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() #2: 化合物 | ChemComp-ACT / #3: 化合物 | ChemComp-TFA / #4: 化合物 | ChemComp-GOL / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.8 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 45% v/v MPD, 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月19日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97919 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.849→50 Å / Num. obs: 61902 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Χ2: 1.427 / Net I/σ(I): 17.98 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2VPF 解像度: 1.849→32.509 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.1 / SU ML: 0.22 / σ(F): 0 / 位相誤差: 21.67 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 61.276 Å2 / ksol: 0.389 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 133.27 Å2 / Biso mean: 38.9007 Å2 / Biso min: 6.68 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.849→32.509 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 22
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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