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- PDB-3qtk: The crystal structure of chemically synthesized VEGF-A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qtk
タイトルThe crystal structure of chemically synthesized VEGF-A
要素Vascular endothelial growth factor A
キーワードHORMONE / covalent dimer / cysteine knot protein / growth factor / X-ray crystal structure / human VEGF-A
機能・相同性
機能・相同性情報


basophil chemotaxis / positive regulation of endothelial cell chemotaxis by VEGF-activated vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / VEGF-A complex / Signaling by VEGF / cellular stress response to acid chemical / positive regulation of lymphangiogenesis / vascular endothelial growth factor receptor 1 binding / vascular endothelial growth factor receptor binding / negative regulation of establishment of endothelial barrier / VEGF ligand-receptor interactions ...basophil chemotaxis / positive regulation of endothelial cell chemotaxis by VEGF-activated vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / VEGF-A complex / Signaling by VEGF / cellular stress response to acid chemical / positive regulation of lymphangiogenesis / vascular endothelial growth factor receptor 1 binding / vascular endothelial growth factor receptor binding / negative regulation of establishment of endothelial barrier / VEGF ligand-receptor interactions / post-embryonic camera-type eye development / positive regulation of mast cell chemotaxis / primitive erythrocyte differentiation / negative regulation of adherens junction organization / lymph vessel morphogenesis / negative regulation of blood-brain barrier permeability / positive regulation of cell proliferation by VEGF-activated platelet derived growth factor receptor signaling pathway / regulation of nitric oxide mediated signal transduction / VEGF-activated neuropilin signaling pathway / bone trabecula formation / coronary vein morphogenesis / cardiac vascular smooth muscle cell development / lymphangiogenesis / vascular endothelial growth factor receptor-2 signaling pathway / positive regulation of epithelial tube formation / VEGF binds to VEGFR leading to receptor dimerization / motor neuron migration / positive regulation of trophoblast cell migration / positive regulation of axon extension involved in axon guidance / lung vasculature development / vascular wound healing / eye photoreceptor cell development / regulation of hematopoietic progenitor cell differentiation / endothelial cell chemotaxis / positive regulation of protein localization to early endosome / camera-type eye morphogenesis / positive regulation of protein autophosphorylation / positive regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / neuropilin binding / positive regulation of branching involved in ureteric bud morphogenesis / induction of positive chemotaxis / coronary artery morphogenesis / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activator activity / negative regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin / commissural neuron axon guidance / positive regulation of vascular permeability / vascular endothelial growth factor receptor 2 binding / dopaminergic neuron differentiation / tube formation / positive regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / positive regulation of blood vessel branching / surfactant homeostasis / platelet-derived growth factor receptor binding / retinal ganglion cell axon guidance / sprouting angiogenesis / cell migration involved in sprouting angiogenesis / extracellular matrix binding / endothelial cell proliferation / epithelial cell maturation / positive regulation of positive chemotaxis / positive regulation of leukocyte migration / cardiac muscle cell development / positive regulation of endothelial cell chemotaxis / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / artery morphogenesis / vascular endothelial growth factor signaling pathway / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of DNA biosynthetic process / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition / branching involved in blood vessel morphogenesis / positive regulation of neuroblast proliferation / positive chemotaxis / negative regulation of fat cell differentiation / positive regulation of sprouting angiogenesis / chemoattractant activity / mesoderm development / outflow tract morphogenesis / fibronectin binding / positive regulation of cell division / macrophage differentiation / monocyte differentiation / positive regulation of receptor internalization / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / mammary gland alveolus development / neuroblast proliferation / positive regulation of focal adhesion assembly / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of osteoblast differentiation / vasculogenesis / heart morphogenesis / ovarian follicle development / cell maturation / lactation / positive regulation of endothelial cell proliferation / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / epithelial cell differentiation / extracellular matrix / positive regulation of endothelial cell migration
類似検索 - 分子機能
Vascular endothelial growth factor, heparin-binding domain / Vascular endothelial growth factor, heparin-binding domain superfamily / VEGF heparin-binding domain / : / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor, conserved site / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor (PDGF) family signature. / Platelet-derived growth factor (PDGF) family profile. / Platelet-derived and vascular endothelial growth factors (PDGF, VEGF) family ...Vascular endothelial growth factor, heparin-binding domain / Vascular endothelial growth factor, heparin-binding domain superfamily / VEGF heparin-binding domain / : / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor, conserved site / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor (PDGF) family signature. / Platelet-derived growth factor (PDGF) family profile. / Platelet-derived and vascular endothelial growth factors (PDGF, VEGF) family / Cystine Knot Cytokines, subunit B / Cystine-knot cytokines / Cystine-knot cytokine / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / trifluoroacetic acid / Vascular endothelial growth factor A, long form
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.849 Å
データ登録者Mandal, K. / Kent, S.B.H.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2011
タイトル: Total chemical synthesis of biologically active vascular endothelial growth factor.
著者: Mandal, K. / Kent, S.B.
履歴
登録2011年2月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月17日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vascular endothelial growth factor A
D: Vascular endothelial growth factor A
B: Vascular endothelial growth factor A
C: Vascular endothelial growth factor A
E: Vascular endothelial growth factor A
F: Vascular endothelial growth factor A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,21724
ポリマ－71,6926
非ポリマー1,52518
水7,494416
1
A: Vascular endothelial growth factor A
D: Vascular endothelial growth factor A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,65610
ポリマ－23,8972
非ポリマー7588
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3610 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area11270 Å2
手法PISA
2
B: Vascular endothelial growth factor A
C: Vascular endothelial growth factor A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,3738
ポリマ－23,8972
非ポリマー4756
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3770 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area11590 Å2
手法PISA
3
E: Vascular endothelial growth factor A
F: Vascular endothelial growth factor A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1896
ポリマ－23,8972
非ポリマー2914
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3300 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area11410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)230.922, 44.008, 73.111
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.930, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Vascular endothelial growth factor A / VEGF-A / Vascular permeability factor / VPF


分子量: 11948.680 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 34-135 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P15692
#2: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物
ChemComp-TFA / trifluoroacetic acid


分子量: 114.023 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2HF3O2
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 416 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.8 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 45% v/v MPD, 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97919
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97919 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.849→50 Å / Num. obs: 61902 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Χ2: 1.427 / Net I/σ(I): 17.98
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.85-1.923.10.5741.8561581.16199.8
1.92-1.993.10.42362121.21199.9
1.99-2.083.10.28461631.25499.7
2.08-2.193.10.21861951.29999.9
2.19-2.333.10.16361541.33899.7
2.33-2.513.10.1362001.44199.6
2.51-2.763.10.10662061.60699.4
2.76-3.163.10.08362071.47999.2
3.16-3.9930.05561641.70898.2
3.99-503.10.0462431.7796.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIXdev_624精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
ADSCデータ収集
DENZOデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2VPF

2vpf


解像度: 1.849→32.509 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.1 / SU ML: 0.22 / σ(F): 0 / 位相誤差: 21.67 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2225 3137 5.07 %
Rwork0.1804 --
obs0.1825 61870 98.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 61.276 Å2 / ksol: 0.389 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 133.27 Å2 / Biso mean: 38.9007 Å2 / Biso min: 6.68 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.1036 Å20 Å2-5.3761 Å2
2--2.9554 Å20 Å2
3----1.8518 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.849→32.509 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4675 0 98 416 5189
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074989
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0326706
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07697
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005890
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.4451957
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 22

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8485-1.87740.2631190.25242516263594
1.8774-1.90820.32251470.251226832830100
1.9082-1.94110.27091500.239426442794100
1.9411-1.97640.2841340.236526762810100
1.9764-2.01440.2741450.203726752820100
2.0144-2.05550.21081360.19126482784100
2.0555-2.10020.25261500.18912684283499
2.1002-2.1490.25291330.189426872820100
2.149-2.20280.20591380.190426842822100
2.2028-2.26230.2441370.177126532790100
2.2623-2.32890.25861430.185826922835100
2.3289-2.4040.23571310.177826862817100
2.404-2.48990.24491440.179426772821100
2.4899-2.58960.25691480.199126842832100
2.5896-2.70740.28241510.1942650280199
2.7074-2.850.22541520.18942689284199
2.85-3.02850.22521470.1772678282599
3.0285-3.26210.20681530.16452678283199
3.2621-3.590.19111390.16122667280698
3.59-4.10860.1941520.15472668282098
4.1086-5.1730.17151500.14642678282898
5.173-32.51360.24211380.21162736287495
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.22830.00760.33480.5629-0.27140.2920.0246-0.0766-0.13750.09330.076-0.03860.0163-0.064-0.05310.1917-0.0115-0.01130.2517-0.00140.20621.35534.440338.657
20.36880.04990.07890.44670.28940.2069-0.1033-0.01950.1027-0.16410.0764-0.0598-0.13390.02020.01230.24170.0066-0.02490.1953-0.02270.225525.82112.935411.227
30.15420.1116-0.0090.3554-0.07670.0253-0.06920.03450.0716-0.15560.0472-0.0603-0.07240.05870.00080.25690.0005-0.02680.1974-0.04910.217428.0019-0.856512.698
40.0290.10160.05930.51640.10240.181-0.0241-0.00050.0166-0.02130.0543-0.0925-0.0290.0811-0.02510.1968-0.009-0.03730.1895-0.02610.253437.9831.359128.8948
50.2842-0.3125-0.07520.35430.15150.5541-0.063-0.03790.1020.0184-0.0163-0.014-0.077-0.20810.0530.17330.0039-0.03590.1822-0.03430.244217.72473.514217.7026
60.13140.0053-0.05380.11530.07840.15750.0518-0.07470.1855-0.0310.0542-0.0616-0.0809-0.0296-0.0310.23120.0654-0.00450.2649-0.07790.281622.149914.956627.4508
70.11540.0018-0.03270.0148-0.00050.00860.0607-0.20410.10640.1318-0.01460.0218-0.1524-0.02840.10220.0920.2906-0.01660.3124-0.13840.113416.966415.512130.7535
80.74540.4689-0.02810.35390.19770.7876-0.1280.0591-0.2251-0.0361-0.0042-0.08590.1313-0.10740.07960.2626-0.02940.03440.2392-0.07340.392941.742110.86627.8461
90.41420.1120.12880.02960.04580.43460.06720.12750.1159-0.2116-0.1698-0.0134-0.08310.07570.05930.24230.022-0.01220.17670.01830.277352.569234.140122.9065
100.3538-0.03320.20470.1333-0.10160.3772-0.03950.08360.0373-0.01890.0011-0.0834-0.16450.04440.00080.0830.0271-0.02670.0697-0.03570.141948.577931.966624.2023
110.34310.12850.36590.25970.2280.4288-0.05780.13760.0243-0.08-0.00140.0444-0.08770.02510.01680.2850.0565-0.03960.2658-0.05690.22537.932731.17847.1466
120.4181-0.00290.10920.43060.10180.1421-0.03410.1088-0.05230.0938-0.06830.1360.10180.05640.05750.17360.02290.01360.16740.00360.233351.805622.009123.7164
130.0519-0.1532-0.07050.490.17510.1514-0.0428-0.0188-0.05110.00910.02080.03220.0197-0.04190.00470.33370.06850.1340.70880.04130.53455.517216.5359-5.9165
140.14190.12320.16120.23810.29150.45410.03380.1055-0.0105-0.05140.084-0.0873-0.03540.1812-0.09910.22280.03590.02050.269-0.07260.262454.604519.981413.496
150.08370.0419-0.07470.0764-0.01520.1054-0.12790.0012-0.1889-0.06380.04580.01530.17330.0994-0.12130.26590.11890.01620.375-0.22380.377955.408412.98427.8015
160.0127-0.01180.08260.18170.00750.5853-0.04220.00280.1010.0167-0.090.0442-0.0479-0.09840.04780.2734-0.0591-0.02170.34920.03930.28733.702830.1248-21.2879
170.18030.03860.28110.35490.11910.4460.05510.20730.0141-0.21740.1072-0.05310.13770.3708-0.08190.3022-0.03860.0260.4406-0.02840.216532.283729.0754-18.5953
180.33070.2817-0.14030.5817-0.13570.8394-0.09960.2792-0.0327-0.24990.1571-0.0806-0.0210.29290.03390.2565-0.12650.01790.32590.02370.190729.835133.3108-19.8818
190.087-0.00410.02860.03640.0030.010.0379-0.13220.0030.01230.04430.00410.03620.002-0.04150.2818-0.0932-0.0080.2588-0.0380.15629.643636.0189-5.9087
200.13950.0145-0.02620.0588-0.08610.12420.0088-0.0220.0052-0.07480.0061-0.02010.1457-0.038-0.01430.3175-0.1145-0.02050.29510.03280.216414.587722.3915-17.3604
210.0253-0.0152-0.00630.05250.01090.0329-0.0620.0321-0.077-0.05650.0372-0.09870.1359-0.03590.01570.2574-0.10660.00680.25120.03750.170514.203319.1503-18.5892
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精密化 TLSグループ
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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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