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万見
- PDB-3qss: Crystal structure for the MSOX.chloride.MTA ternary complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qss
タイトルCrystal structure for the MSOX.chloride.MTA ternary complex
要素Monomeric sarcosine oxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Flavoprotein / Oxidase
機能・相同性
機能・相同性情報


sarcosine oxidase (formaldehyde-forming) / sarcosine oxidase activity / flavin adenine dinucleotide binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Sarcosine oxidase, monomeric / MTOX family / FAD dependent oxidoreductase / FAD dependent oxidoreductase / D-Amino Acid Oxidase, subunit A, domain 2 / D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily ...Sarcosine oxidase, monomeric / MTOX family / FAD dependent oxidoreductase / FAD dependent oxidoreductase / D-Amino Acid Oxidase, subunit A, domain 2 / D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / [METHYLTHIO]ACETATE / Monomeric sarcosine oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Kommoju, P. / Chen, Z. / Bruckner, R.C. / Mathews, F.S. / Jorns, M.S.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2011
タイトル: Probing oxygen activation sites in two flavoprotein oxidases using chloride as an oxygen surrogate.
著者: Kommoju, P.R. / Chen, Z.W. / Bruckner, R.C. / Mathews, F.S. / Jorns, M.S.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 1999
タイトル: Monomeric sarcosine oxidase: structure of a covalently flavinylated amine oxidizing enzyme.
著者: Trickey, P. / Wagner, M.A. / Jorns, M.S. / Mathews, F.S.
履歴
登録2011年2月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Monomeric sarcosine oxidase
B: Monomeric sarcosine oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,12610
ポリマ－86,2032
非ポリマー1,9238
水9,512528
1
A: Monomeric sarcosine oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,0635
ポリマ－43,1011
非ポリマー9624
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Monomeric sarcosine oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,0635
ポリマ－43,1011
非ポリマー9624
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.976, 69.478, 72.747
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.33, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Monomeric sarcosine oxidase / MSOX


分子量: 43101.355 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus sp. (バクテリア) / 株: B-0618 / 遺伝子: soxA, sox / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH1
参照: UniProt: P40859, sarcosine oxidase (formaldehyde-forming)
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-MTG / [METHYLTHIO]ACETATE / 2-(メチルチオ)アセタ-ト


分子量: 105.136 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5O2S
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 528 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.84 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1.9 M Na/K phosphate, then the crystal was soaked with 12 mM MTA and 2.5 M NaCl, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月27日
放射モノクロメーター: APS Beamline 14-BM-C / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→40 Å / Num. all: 60161 / Num. obs: 56973 / % possible obs: 94.7 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 16.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 19.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allDiffraction-ID% possible all
1.85-1.9270.5493.75564192.6
1.92-1.9970.3545.85575193.9
1.99-2.0870.2567.95688194.7
2.08-2.197.20.18810.95746196
2.19-2.337.30.15113.45779196.7
2.33-2.517.40.1216.15796196.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREPfrom ccp4位相決定
CNS1.2精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1L9F

1l9f
PDB 未公開エントリ


解像度: 1.85→29.73 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 326225.51 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.236 2713 5.1 %RANDOM
Rwork0.208 ---
obs0.208 53392 88.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 52.8738 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 31.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.18 Å20 Å2-5.01 Å2
2--11.74 Å20 Å2
3----5.57 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.26 Å0.23 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.24 Å0.21 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→29.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5982 0 122 528 6632
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.93
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.021.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.532
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.642
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.352.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: NONE
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.319 392 5.2 %
Rwork0.291 7195 -
obs-7195 75.6 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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