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- PDB-3qp4: Crystal structure of CviR ligand-binding domain bound to C10-HSL -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qp4
タイトルCrystal structure of CviR ligand-binding domain bound to C10-HSL
要素CviR transcriptional regulator
キーワードTRANSCRIPTION / quorum sensing / agonist / antagonist / LuxR / acylated homoserine lactone / transcription factor / DNA binding protein / ligand binding domain / N-decanoyl-L-homoserine lactone
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Transcription factor LuxR-like, autoinducer-binding domain / Transcription factor LuxR-like, autoinducer-binding domain / Transcription factor LuxR-like, autoinducer-binding domain superfamily / Autoinducer binding domain / LuxR-type HTH domain signature. / LuxR-type HTH domain profile. / Transcription regulator LuxR, C-terminal / Bacterial regulatory proteins, luxR family / helix_turn_helix, Lux Regulon / Signal transduction response regulator, C-terminal effector ...Transcription factor LuxR-like, autoinducer-binding domain / Transcription factor LuxR-like, autoinducer-binding domain / Transcription factor LuxR-like, autoinducer-binding domain superfamily / Autoinducer binding domain / LuxR-type HTH domain signature. / LuxR-type HTH domain profile. / Transcription regulator LuxR, C-terminal / Bacterial regulatory proteins, luxR family / helix_turn_helix, Lux Regulon / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Beta-Lactamase / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-[(3S)-2-oxotetrahydrofuran-3-yl]decanamide / CviR transcriptional regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Chromobacterium violaceum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Chen, G. / Swem, L. / Swem, D. / Stauff, D. / O'Loughlin, C. / Jeffrey, P. / Bassler, B. / Hughson, F.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2011
タイトル: A strategy for antagonizing quorum sensing.
著者: Chen, G. / Swem, L.R. / Swem, D.L. / Stauff, D.L. / O'Loughlin, C.T. / Jeffrey, P.D. / Bassler, B.L. / Hughson, F.M.
履歴
登録2011年2月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CviR transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,6362
ポリマ－20,3811
非ポリマー2551
水2,486138
1
A: CviR transcriptional regulator
ヘテロ分子

A: CviR transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,2734
ポリマ－40,7622
非ポリマー5112
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
Buried area2220 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area16670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.196, 56.216, 124.944
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-191-

HOH

21A-194-

HOH

31A-195-

HOH

41A-199-

HOH

51A-281-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 CviR transcriptional regulator / Transcriptional activator / LuxR/UhpA family of regulators


分子量: 20381.113 Da / 分子数: 1 / 断片: ligand binding domain (UNP residues 10-187) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chromobacterium violaceum (バクテリア)
株: 31532 / 遺伝子: cviR / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D3W065
#2: 化合物 ChemComp-HL0 / N-[(3S)-2-oxotetrahydrofuran-3-yl]decanamide / N-decanoyl-L-homoserine lactone / N-デカノイル-L-ホモセリンラクトン


分子量: 255.353 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H25NO3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 138 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.27 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 9
詳細: 100 mM Tris-Cl, 200 mM magnesium chloride, 25-35% w/v PEG3350, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 296K

-
データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.0809
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月27日
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0809 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→62.472 Å / Num. all: 28620 / Num. obs: 28565 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.041 / Rsym value: 0.041 / Net I/σ(I): 24.987
反射 シェル解像度: 1.55→1.61 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 4.024 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3PQ1

3pq1


解像度: 1.55→62.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 3.179 / SU ML: 0.054 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.091 / ESU R Free: 0.091 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23797 1444 5.1 %RANDOM
Rwork0.20885 ---
all0.2103 ---
obs0.2103 27121 99.85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.787 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.34 Å20 Å20 Å2
2--0.22 Å20 Å2
3----0.56 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→62.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1403 0 18 138 1559
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0211449
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2171.9571959
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.685177
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.91424.02872
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.82715247
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.3151513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2212
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021109
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2060.2657
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3050.2993
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1480.2138
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2410.233
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1290.216
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9691.5909
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.52621416
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1673604
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4064.5543
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.551→1.591 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.271 105 -
Rwork0.251 1969 -
obs--99.38 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 14.9106 Å / Origin y: 18.0108 Å / Origin z: 45.6062 Å
111213212223313233
T-0.0057 Å20.0366 Å20.0028 Å2--0.0183 Å2-0.0174 Å2---0.0222 Å2
L0.8553 °2-0.6758 °20.2734 °2-0.5636 °2-0.317 °2--0.6062 °2
S0.0723 Å °-0.0225 Å °0.0217 Å °-0.093 Å °-0.0281 Å °0.0249 Å °0.1278 Å °0.078 Å °-0.0442 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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