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- PDB-3qor: Crystal structure of human nuclear migration protein NudC -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qor
タイトルCrystal structure of human nuclear migration protein NudC
要素(Nuclear migration protein ...) x 4
キーワードPROTEIN BINDING / CELL CYCLE / beta-sandwich / nuclear migration protein / chaperone
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear migration / RND2 GTPase cycle / mitotic metaphase chromosome alignment / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / mitotic spindle organization / RHO GTPases Activate Formins / mitotic spindle ...nuclear migration / RND2 GTPase cycle / mitotic metaphase chromosome alignment / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / mitotic spindle organization / RHO GTPases Activate Formins / mitotic spindle / response to peptide hormone / spindle / Separation of Sister Chromatids / unfolded protein binding / protein folding / midbody / microtubule / cadherin binding / cell division / nucleoplasm / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nuclear migration protein nudC / Nuclear distribution C domain / NudC N-terminal domain / N-terminal conserved domain of Nudc. / NudC family / CS domain / CS domain / CS domain profile. / Immunoglobulin-like - #790 / HSP20-like chaperone ...Nuclear migration protein nudC / Nuclear distribution C domain / NudC N-terminal domain / N-terminal conserved domain of Nudc. / NudC family / CS domain / CS domain / CS domain profile. / Immunoglobulin-like - #790 / HSP20-like chaperone / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Nuclear migration protein nudC
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.753 Å
データ登録者Derewenda, U. / Derewenda, Z. / Zheng, M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Structural Features and Chaperone Activity of the NudC Protein Family.
著者: Zheng, M. / Cierpicki, T. / Burdette, A.J. / Utepbergenov, D. / Janczyk, P.L. / Derewenda, U. / Stukenberg, P.T. / Caldwell, K.A. / Derewenda, Z.S.
履歴
登録2011年2月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年4月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nuclear migration protein nudC
B: Nuclear migration protein nudC
C: Nuclear migration protein nudC
D: Nuclear migration protein nudC
E: Nuclear migration protein nudC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,5166
ポリマ－68,4575
非ポリマー591
水15,799877
1
A: Nuclear migration protein nudC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7382
ポリマ－13,6791
非ポリマー591
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Nuclear migration protein nudC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6951
ポリマ－13,6951
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Nuclear migration protein nudC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6631
ポリマ－13,6631
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Nuclear migration protein nudC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7111
ポリマ－13,7111
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: Nuclear migration protein nudC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7111
ポリマ－13,7111
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.734, 51.820, 92.854
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.58, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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Nuclear migration protein ... , 4種, 5分子 ABCDE

#1: タンパク質 Nuclear migration protein nudC / Nuclear distribution protein C homolog


分子量: 13678.567 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 158-274 / 変異: E236A, K129A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Cys188 is modified to S-OXY CYSTEINE / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NUDC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y266
#2: タンパク質 Nuclear migration protein nudC / Nuclear distribution protein C homolog


分子量: 13694.566 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 158-274 / 変異: E236A, K129A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Cys188 is modified to 3-SULFINOALANINE / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NUDC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y266
#3: タンパク質 Nuclear migration protein nudC / Nuclear distribution protein C homolog


分子量: 13662.567 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 158-274 / 変異: E236A, K129A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Cys188 is unmodified / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NUDC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y266
#4: タンパク質 Nuclear migration protein nudC / Nuclear distribution protein C homolog


分子量: 13710.565 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 158-274 / 変異: E236A, K129A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Cys188 is modified to CYSTEINESULFONIC ACID / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NUDC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y266

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非ポリマー , 2種, 878分子

#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 877 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.55 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 25% PEG 3350, 0.2M sodium acetate, 0.1M lithium sulfate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.97928 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年5月5日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97928 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→28.05 Å / Num. all: 63806 / Num. obs: 63750 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 1.35 / Observed criterion σ(I): 1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SERGUIデータ収集
SHELXEモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.753→28.05 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.35 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2017 3227 5.06 %random
Rwork0.1727 ---
obs0.1742 63750 99.59 %-
all-63806 --
溶媒の処理減衰半径: 0.61 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 49.863 Å2 / ksol: 0.353 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.5261 Å2-0 Å20.2961 Å2
2---10.2632 Å2-0 Å2
3---7.7371 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.753→28.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4725 0 4 877 5606
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0064998
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0316818
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.9341955
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071763
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004875
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7527-1.81530.29713050.25655803X-RAY DIFFRACTION97
1.8153-1.8880.26623030.21156049X-RAY DIFFRACTION100
1.888-1.97390.24113230.18976040X-RAY DIFFRACTION100
1.9739-2.07790.20683200.17426051X-RAY DIFFRACTION100
2.0779-2.2080.21373310.17176037X-RAY DIFFRACTION100
2.208-2.37840.20993630.16626034X-RAY DIFFRACTION100
2.3784-2.61760.19593290.16396025X-RAY DIFFRACTION100
2.6176-2.9960.20932740.16486153X-RAY DIFFRACTION100
2.996-3.77320.17163430.16056100X-RAY DIFFRACTION100
3.7732-28.05680.18983360.17076231X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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