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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3qor | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human nuclear migration protein NudC | ||||||
![]() | (Nuclear migration protein ...) x 4 | ||||||
![]() | PROTEIN BINDING / CELL CYCLE / beta-sandwich / nuclear migration protein / chaperone | ||||||
機能・相同性 | ![]() RND2 GTPase cycle / nuclear migration / mitotic metaphase chromosome alignment / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / mitotic spindle organization / RHO GTPases Activate Formins / response to peptide hormone ...RND2 GTPase cycle / nuclear migration / mitotic metaphase chromosome alignment / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / mitotic spindle organization / RHO GTPases Activate Formins / response to peptide hormone / spindle / mitotic spindle / Separation of Sister Chromatids / unfolded protein binding / protein folding / midbody / microtubule / cadherin binding / cell division / nucleoplasm / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Derewenda, U. / Derewenda, Z. / Zheng, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural Features and Chaperone Activity of the NudC Protein Family. 著者: Zheng, M. / Cierpicki, T. / Burdette, A.J. / Utepbergenov, D. / Janczyk, P.L. / Derewenda, U. / Stukenberg, P.T. / Caldwell, K.A. / Derewenda, Z.S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 151.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 119.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-Nuclear migration protein ... , 4種, 5分子 ABCDE
#1: タンパク質 | 分子量: 13678.567 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 158-274 / 変異: E236A, K129A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Cys188 is modified to S-OXY CYSTEINE / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 13694.566 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 158-274 / 変異: E236A, K129A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Cys188 is modified to 3-SULFINOALANINE / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
#3: タンパク質 | 分子量: 13662.567 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 158-274 / 変異: E236A, K129A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Cys188 is unmodified / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
#4: タンパク質 | 分子量: 13710.565 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 158-274 / 変異: E236A, K129A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Cys188 is modified to CYSTEINESULFONIC ACID / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
-非ポリマー , 2種, 878分子 


#5: 化合物 | ChemComp-ACT / |
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#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-詳細
Has protein modification | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.55 % |
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結晶化 | 温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 25% PEG 3350, 0.2M sodium acetate, 0.1M lithium sulfate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年5月5日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97928 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.75→28.05 Å / Num. all: 63806 / Num. obs: 63750 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 1.35 / Observed criterion σ(I): 1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.61 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 49.863 Å2 / ksol: 0.353 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.753→28.05 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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