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- PDB-3qnq: Crystal structure of the transporter ChbC, the IIC component from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qnq
タイトルCrystal structure of the transporter ChbC, the IIC component from the N,N'-diacetylchitobiose-specific phosphotransferase system
要素PTS system, cellobiose-specific IIC component
キーワードmembrane protein / transport protein / transporter / Enzyme IIC / phosphoenolpyruvate-sugar phosphotransferase system / Structural Genomics / PSI-Biology / New York Consortium on Membrane Protein Structure / NYCOMPS / hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-N(PI)-phosphohistidine-sugar phosphotransferase activity / phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system / membrane => GO:0016020 / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Phosphotransferase system, cellobiose-type IIC component / Phosphotransferase system, EIIC component, type 3 / PTS_EIIC type-3 domain profile. / Phosphotransferase system, EIIC / Phosphotransferase system, EIIC
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-maltose / CITRIC ACID / Permease IIC component
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus cereus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.295 Å
データ登録者Cao, Y. / Jin, X. / Huang, H. / Levin, E.J. / Zhou, M. / New York Consortium on Membrane Protein Structure (NYCOMPS)
引用ジャーナル: Nature / 年: 2011
タイトル: Crystal structure of a phosphorylation-coupled saccharide transporter.
著者: Cao, Y. / Jin, X. / Levin, E.J. / Huang, H. / Zong, Y. / Quick, M. / Weng, J. / Pan, Y. / Love, J. / Punta, M. / Rost, B. / Hendrickson, W.A. / Javitch, J.A. / Rajashankar, K.R. / Zhou, M.
履歴
登録2011年2月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _struct_asym.entity_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年2月21日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PTS system, cellobiose-specific IIC component
B: PTS system, cellobiose-specific IIC component
C: PTS system, cellobiose-specific IIC component
D: PTS system, cellobiose-specific IIC component
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)198,73523
ポリマ－192,4494
非ポリマー6,28619
水00
1
A: PTS system, cellobiose-specific IIC component
B: PTS system, cellobiose-specific IIC component
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,27111
ポリマ－96,2252
非ポリマー3,0479
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9390 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area35500 Å2
手法PISA
2
C: PTS system, cellobiose-specific IIC component
D: PTS system, cellobiose-specific IIC component
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,46412
ポリマ－96,2252
非ポリマー3,23910
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9680 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area35920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)132.812, 132.812, 452.954
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
詳細The biological unit is a dimer. There are 2 biological units in the asymmetric unit (chains A/B and chains C/D)

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要素

#1: タンパク質
PTS system, cellobiose-specific IIC component


分子量: 48112.270 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus cereus (バクテリア) / 株: ATCC 10987 / 遺伝子: BCE_5325, celB, ChbC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q72XQ0, protein-Npi-phosphohistidine-sugar phosphotransferase
#2: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖
alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1a_1-5]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖
ChemComp-ZDM / nonyl 4-O-alpha-D-glucopyranosyl-beta-D-glucopyranoside / nonyl-beta-D-maltoside / ノニルβ-マルトシド


タイプ: saccharide / 分子量: 468.536 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C21H40O11 / コメント: 可溶化剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
15.1976.3
2
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
2931蒸気拡散法, シッティングドロップ法5.630% PEG 400, 100 mM Li2SO4, 0.5% polyvinylpyrrolidone, 100 mM Na Citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
2932蒸気拡散法, シッティングドロップ法5.630% PEG 400, 100 mM Li2SO4, 0.5% polyvinylpyrrolidone, 100 mM Na Citrate, Ta6Br12 powder., pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21002
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンNSLS X2511.08097
シンクロトロンNSLS X2521.255773
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 3151CCD2009年4月5日
ADSC QUANTUM 3152CCD2009年10月23日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.080971
21.2557731
Reflection冗長度: 10.1 % / Av σ(I) over netI: 26.64 / 数: 478665 / Rmerge(I) obs: 0.117 / Χ2: 0.96 / D res high: 4.5 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 24476 / % possible obs: 98.2
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
9.675099.610.0710.99912.9
7.699.6710010.089110.9
6.727.6910010.219.6
6.116.7210010.3720.9639.3
5.676.1110010.5590.9269.4
5.335.6710010.5860.9049.5
5.075.3310010.4940.8989.6
4.855.079910.320.9619.7
4.664.8594.910.2970.9669.7
4.54.6687.610.3790.9539.8
反射解像度: 3.295→50 Å / Num. obs: 59563 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 10.1 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Χ2: 0.871 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
3.3-3.429.80.70255690.6971,291.4
3.42-3.559.70.44356720.7091,293.1
3.55-3.729.70.30856440.741,292.5
3.72-3.919.60.20856990.7731,292.6
3.91-4.169.50.1457970.831,294.5
4.16-4.489.40.09359020.9181,295.8
4.48-4.939.30.0760780.9461,297.7
4.93-5.649.60.07562040.9651,299.8
5.64-7.110.90.07763371.0111,2100
7.1-5012.90.04266610.9951,299.5

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELX位相決定
直接法位相決定
PHENIX1.6.4_486精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.295→19.974 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7701 / SU ML: 0.42 / σ(F): 1.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2636 2996 5.08 %RANDOM
Rwork0.2275 ---
obs0.2294 58996 95.02 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 49.794 Å2 / ksol: 0.237 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 216.35 Å2 / Biso mean: 106.0916 Å2 / Biso min: 62.72 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-20.5653 Å2-0 Å20 Å2
2--20.5653 Å2-0 Å2
3----41.1306 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.295→19.974 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13147 0 419 0 13566
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00613906
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.21719014
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0782356
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052271
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d25.425175
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.2949-3.41210.35572740.32974978525286
3.4121-3.5480.36712900.3035355564593
3.548-3.70850.32833030.27095329563292
3.7085-3.90260.25932820.24275411569393
3.9026-4.14510.25493040.22395465576994
4.1451-4.46180.25592750.19785602587795
4.4618-4.90480.21832910.17945762605397
4.9048-5.60080.24993160.212558856201100
5.6008-7.00550.2793360.247459866322100
7.0055-19.97430.24713250.22362276552100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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