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- PDB-3qnf: Crystal structure of the open state of human endoplasmic reticulu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qnf
タイトルCrystal structure of the open state of human endoplasmic reticulum aminopeptidase 1 ERAP1
要素Endoplasmic reticulum aminopeptidase 1
キーワードHYDROLASE / Structural Genomics Consortium / SGC / glycoprotein / metal-binding / metalloprotease / protease / adaptive immunity
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-1, type II receptor binding / interleukin-6 receptor binding / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アミノペプチターゼ / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / metalloexopeptidase activity / peptide catabolic process / regulation of innate immune response / fat cell differentiation / metalloaminopeptidase activity / membrane protein ectodomain proteolysis ...interleukin-1, type II receptor binding / interleukin-6 receptor binding / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アミノペプチターゼ / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / metalloexopeptidase activity / peptide catabolic process / regulation of innate immune response / fat cell differentiation / metalloaminopeptidase activity / membrane protein ectodomain proteolysis / aminopeptidase activity / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide binding / response to bacterium / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / regulation of blood pressure / positive regulation of angiogenesis / angiogenesis / adaptive immune response / endopeptidase activity / endoplasmic reticulum lumen / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / proteolysis / extracellular space / zinc ion binding / extracellular exosome / extracellular region / membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
TorD-like - #20 / TorD-like / Zincin-like fold - #20 / Immunoglobulin-like - #1910 / Aminopeptidase N-type / ERAP1-like C-terminal domain / ERAP1-like C-terminal domain / Zincin-like fold / tricorn interacting facor f3 domain / Aminopeptidase N-like , N-terminal domain ...TorD-like - #20 / TorD-like / Zincin-like fold - #20 / Immunoglobulin-like - #1910 / Aminopeptidase N-type / ERAP1-like C-terminal domain / ERAP1-like C-terminal domain / Zincin-like fold / tricorn interacting facor f3 domain / Aminopeptidase N-like , N-terminal domain / Peptidase M1, alanine aminopeptidase/leukotriene A4 hydrolase / Peptidase M1, membrane alanine aminopeptidase / Peptidase family M1 domain / Peptidase M1 N-terminal domain / Aminopeptidase N-like , N-terminal domain superfamliy / Neutral Protease Domain 2 / Neutral Protease; domain 2 / Peptidase M4/M1, CTD superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Alpha Horseshoe / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Endoplasmic reticulum aminopeptidase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Vollmar, M. / Kochan, G. / Krojer, T. / Harvey, D. / Chaikuad, A. / Allerston, C. / Muniz, J.R.C. / Raynor, J. / Ugochukwu, E. / Berridge, G. ...Vollmar, M. / Kochan, G. / Krojer, T. / Harvey, D. / Chaikuad, A. / Allerston, C. / Muniz, J.R.C. / Raynor, J. / Ugochukwu, E. / Berridge, G. / Wordsworth, B.P. / von Delft, F. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Kavanagh, K. / Oppermann, U. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011
タイトル: Crystal structures of the endoplasmic reticulum aminopeptidase-1 (ERAP1) reveal the molecular basis for N-terminal peptide trimming.
著者: Kochan, G. / Krojer, T. / Harvey, D. / Fischer, R. / Chen, L. / Vollmar, M. / von Delft, F. / Kavanagh, K.L. / Brown, M.A. / Bowness, P. / Wordsworth, P. / Kessler, B.M. / Oppermann, U.
履歴
登録2011年2月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年2月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22018年1月31日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.pdbx_formal_charge / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Endoplasmic reticulum aminopeptidase 1
B: Endoplasmic reticulum aminopeptidase 1
C: Endoplasmic reticulum aminopeptidase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)329,04411
ポリマ－327,2143
非ポリマー1,8308
水70339
1
A: Endoplasmic reticulum aminopeptidase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,8863
ポリマ－109,0711
非ポリマー8142
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Endoplasmic reticulum aminopeptidase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,5794
ポリマ－109,0711
非ポリマー5083
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Endoplasmic reticulum aminopeptidase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,5794
ポリマ－109,0711
非ポリマー5083
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.246, 132.816, 233.687
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21A
31C
12B
22A
32C
13B
23A
33C
14B
24A
34C
15B
25A
35C
16B
26A
36C
17B
27A
37C
18B
28A
38C
19B
29A
39C
110B
210A
310C
111B
211A
311C
112B
212A
312C
113B
213A
313C
114B
214A
314C
115B
215A
315C
116B
216A
316C
117B
217A
317C
118B
218A
318C
119B
219A
319C
120B
220A
320C
121B
221A
321C
122B
222A
322C
123B
223A
323C
124B
224A
324C
125B
225A
325C
126B
226A
326C
127B
227A
327C
128B
228A
328C
129B
229A
329C
130B
230A
330C
131B
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232A
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333C
134B
234A
334C
135B
235A
335C
136B
236A
336C
137B
237A
337C
138B
238A
338C
139B
239A
339C
140B
240A
340C
141B
241A
341C
142B
242A
342C
143B
243A
343C
144B
244A
344C
145B
245A
345C
146B
246A
346C
147B
247A
347C
148B
248A
348C
149B
249C
150B
250C
151B
251C

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1111B46 - 70
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3111C46 - 70
1121B71 - 75
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3121C71 - 75
1131B76 - 87
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1161B99 - 104
2161A99 - 104
3161C99 - 104
1171B105 - 108
2171A105 - 108
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1191B126 - 129
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3191C126 - 129
11101B130 - 134
21101A130 - 134
31101C130 - 134
11111B135 - 137
21111A135 - 137
31111C135 - 137
11121B138 - 142
21121A138 - 142
31121C138 - 142
11131B143 - 156
21131A143 - 156
31131C143 - 156
11141B157 - 163
21141A157 - 163
31141C157 - 163
11151B164 - 167
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11161B168 - 173
21161A168 - 173
31161C168 - 173
11171B174 - 180
21171A174 - 180
31171C174 - 180
11181B181 - 225
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31181C181 - 225
11191B226 - 231
21191A226 - 231
31191C226 - 231
11201B232 - 255
21201A232 - 255
31201C232 - 255
11211B256 - 311
21211A256 - 311
31211C256 - 311
11221B312 - 317
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31231C318 - 327
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11251B344 - 350
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11261B355 - 394
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11271B395 - 398
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31271C395 - 398
11281B399 - 413
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11291B418 - 421
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31291C418 - 421
11301B435 - 451
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31301C435 - 451
11311B452 - 483
21311A452 - 483
31311C452 - 483
11321B515 - 530
21321A515 - 530
31321C515 - 530
11331B531 - 549
21331A531 - 549
31331C531 - 549
11341B561 - 571
21341A561 - 571
31341C561 - 571
11351B572 - 579
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11361B580 - 590
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11371B610 - 618
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31381C619 - 631
11391B632 - 647
21391A632 - 647
31391C632 - 647
11401B648 - 653
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11411B654 - 667
21411A654 - 667
31411C654 - 667
11421B668 - 672
21421A668 - 672
31421C668 - 672
11431B673 - 684
21431A673 - 684
31431C673 - 684
11441B696 - 710
21441A696 - 710
31441C696 - 710
11451B726 - 735
21451A726 - 735
31451C726 - 735
11464B591 - 609
21464A591 - 609
31464C591 - 609
11474B800 - 808
21474A800 - 808
31474C800 - 808
11484B915 - 933
21484A915 - 933
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11496B761 - 788
21496C761 - 788
11506B809 - 815
21506C809 - 815
11516B634 - 855
21516C634 - 855

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
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19
20
21
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26
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49
50
51

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要素

#1: タンパク質 Endoplasmic reticulum aminopeptidase 1 / ARTS-1 / Adipocyte-derived leucine aminopeptidase / A-LAP / Aminopeptidase PILS / Puromycin- ...ARTS-1 / Adipocyte-derived leucine aminopeptidase / A-LAP / Aminopeptidase PILS / Puromycin-insensitive leucyl-specific aminopeptidase / PILS-AP / Type 1 tumor necrosis factor receptor shedding aminopeptidase regulator


分子量: 109071.492 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ERAP1, APPILS, ARTS1, KIAA0525, UNQ584/PRO1154 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: Q9NZ08, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アミノペプチターゼ
#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-6DManpa1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-2/a4-b1_b4-c1_c6-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-Manp]{[(6+1)][b-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.66 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES pH 7.5; 25% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9778 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年3月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9778 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→30 Å / Num. all: 60032 / Num. obs: 60032 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.153 / Net I/σ(I): 5.8
反射 シェル解像度: 3→3.16 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.668 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique all: 8778 / % possible all: 98.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
GDAデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0110精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2XDT

2xdt
PDB 未公開エントリ


解像度: 3→19.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.899 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.846 / SU B: 20.826 / SU ML: 0.388 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.486 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28264 3019 5.1 %RANDOM
Rwork0.22857 ---
all0.23133 60032 --
obs0.23133 56650 97.57 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.252 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.32 Å20 Å20 Å2
2---1.74 Å20 Å2
3----1.58 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→19.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17494 0 109 39 17642
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.02218108
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0211482
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0871.94924725
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.834328019
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.94152285
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.35123.881724
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.324152669
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.2991562
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.22876
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02120193
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023749
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.109311475
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.31434611
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.888518305
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.54976633
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.85196415
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11B335TIGHT POSITIONAL0.020.05
12A335TIGHT POSITIONAL0.020.05
13C335TIGHT POSITIONAL0.020.05
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12A335TIGHT THERMAL0.060.5
13C335TIGHT THERMAL0.060.5
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22A50TIGHT POSITIONAL0.020.05
23C50TIGHT POSITIONAL0.020.05
21B50TIGHT THERMAL0.030.5
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23C50TIGHT THERMAL0.050.5
31B132TIGHT POSITIONAL0.020.05
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33C132TIGHT POSITIONAL0.020.05
31B132TIGHT THERMAL0.050.5
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33C132TIGHT THERMAL0.070.5
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51B81TIGHT THERMAL0.050.5
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61B60TIGHT THERMAL0.030.5
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63C60TIGHT THERMAL0.050.5
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71B54TIGHT THERMAL0.040.5
72A54TIGHT THERMAL0.050.5
73C54TIGHT THERMAL0.050.5
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81B106TIGHT THERMAL0.040.5
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83C106TIGHT THERMAL0.050.5
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93C51TIGHT POSITIONAL0.020.05
91B51TIGHT THERMAL0.040.5
92A51TIGHT THERMAL0.040.5
93C51TIGHT THERMAL0.050.5
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303C231TIGHT THERMAL0.050.5
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333C261TIGHT THERMAL0.050.5
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342A163TIGHT THERMAL0.050.5
343C163TIGHT THERMAL0.050.5
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361B137TIGHT THERMAL0.050.5
362A137TIGHT THERMAL0.050.5
363C137TIGHT THERMAL0.050.5
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373C123TIGHT THERMAL0.050.5
381B133TIGHT POSITIONAL0.020.05
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432A166TIGHT THERMAL0.060.5
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453C121TIGHT THERMAL0.040.5
461B249MEDIUM POSITIONAL0.250.5
462A249MEDIUM POSITIONAL0.20.5
463C249MEDIUM POSITIONAL0.190.5
461B249MEDIUM THERMAL0.642
462A249MEDIUM THERMAL0.682
463C249MEDIUM THERMAL0.672
471B69MEDIUM POSITIONAL0.260.5
472A69MEDIUM POSITIONAL0.390.5
473C69MEDIUM POSITIONAL0.250.5
471B69MEDIUM THERMAL0.682
472A69MEDIUM THERMAL0.722
473C69MEDIUM THERMAL0.462
481B195MEDIUM POSITIONAL0.250.5
482A195MEDIUM POSITIONAL0.280.5
483C195MEDIUM POSITIONAL0.260.5
481B195MEDIUM THERMAL0.792
482A195MEDIUM THERMAL0.662
483C195MEDIUM THERMAL0.442
491B322LOOSE POSITIONAL0.325
491B322LOOSE THERMAL2.6810
501B76LOOSE POSITIONAL0.265
501B76LOOSE THERMAL3.5810
511B2450LOOSE POSITIONAL0.585
511B2450LOOSE THERMAL2.7810
LS精密化 シェル解像度: 3→3.076 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.387 234 -
Rwork0.32 4094 -
obs--98.59 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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