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- PDB-3qmw: RedJ with PEG molecule bound in the active site -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qmw
タイトルRedJ with PEG molecule bound in the active site
要素Thioesterase
キーワードHYDROLASE / Alpha/Beta hydrolase fold
機能・相同性
機能・相同性情報


lipid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Thioesterase type II, NRPS/PKS/S-FAS / Polyketide synthase, thioesterase domain / Thioesterase / Thioesterase / Thioesterase domain / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Streptomyces coelicolor (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Whicher, J.R. / Smith, J.L.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Structure and Function of the RedJ Protein, a Thioesterase from the Prodiginine Biosynthetic Pathway in Streptomyces coelicolor.
著者: Whicher, J.R. / Florova, G. / Sydor, P.K. / Singh, R. / Alhamadsheh, M. / Challis, G.L. / Reynolds, K.A. / Smith, J.L.
履歴
登録2011年2月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thioesterase
B: Thioesterase
C: Thioesterase
D: Thioesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,7525
ポリマ－114,5584
非ポリマー1941
水2,720151
1
A: Thioesterase
D: Thioesterase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,2792
ポリマ－57,2792
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3570 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area21390 Å2
手法PISA
2
B: Thioesterase
C: Thioesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,4733
ポリマ－57,2792
非ポリマー1941
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4140 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area21820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)155.545, 45.013, 156.403
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.49, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Thioesterase / RedJ


分子量: 28639.441 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 6-261 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces coelicolor (バクテリア)
遺伝子: SCO5894, SC3F7.14 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O54157, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3価のアルコールのエステル加水分解酵素
#2: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 151 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 20% PEG3350, 0.22 M sodium chloride, 2 mM DTT, 0.1 M HEPES, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年10月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 35740 / Num. obs: 33414 / % possible obs: 93.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.8 % / Rsym value: 0.101 / Net I/σ(I): 11.02
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 2.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Rsym value: 0.359 / % possible all: 83.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3QMV

3qmv


解像度: 2.5→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.873 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 3.878 / ESU R Free: 0.37 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28436 1621 4.9 %RANDOM
Rwork0.21446 ---
obs0.21798 33414 --
all-35740 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.475 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.92 Å20 Å2-0.11 Å2
2--2.91 Å20 Å2
3----2.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7692 0 13 151 7856
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0217946
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.025637
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2011.97110835
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg4.006313443
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5985974
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg26.34420.551381
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.353151136
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.29215117
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.21143
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0218974
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.021823
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5721.54929
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other01.51939
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.09227888
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.32533017
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.2994.52947
LS精密化 シェル解像度: 2.499→2.564 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.357 86 -
Rwork0.31 1827 -
obs--73.69 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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