PDB-3qmm: Structure of 6B, a thermostable mutant of Bacillus subtilis lipas...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3qmm

タイトル

Structure of 6B, a thermostable mutant of Bacillus subtilis lipase obtained through directed evolution

要素

Lipase estA

キーワード

HYDROLASE / lipase / alpha/beta hydrolase / stability / directed evolution

機能・相同性

機能・相同性情報

lipase activity / triacylglycerol lipase / triacylglycerol lipase activity / lipid catabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus subtilis (枯草菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.89 Å

データ登録者

Sankaranarayanan, R. / Kamal, M.Z.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: In vitro evolved non-aggregating and thermostable lipase: structural and thermodynamic investigation
著者: Kamal, M.Z. / Ahmad, S. / Molugu, T.R. / Vijayalakshmi, A. / Deshmukh, M.V. / Sankaranarayanan, R. / Rao, N.M.

履歴

登録	2011年2月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2011年10月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年6月19日	Group: Database references
改定 1.2	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3qmm.cif.gz	85.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3qmm.ent.gz	63.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3qmm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qm/3qmm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qm/3qmm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1i6wS 3d2b 3d2c S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3d2c-5 1isp-d 5ct4-2 4ck4-2 2qxt-2 3d2b-2 3d2b-1 2qxu-2 3qzu-2 1r4z-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Lipase estA

B: Lipase estA

39.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Lipase estA

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Lipase estA

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	37.481, 55.206, 137.064
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Lipase estA / Lipase A / Triacylglycerol lipase 分子量: 19572.834 Da / 分子数: 2 変異: A15S,F17S,A20E,N89Y,G111D,L114P,A132D,M134E,M137P,I157M,S163P,N166Y 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: estA / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P37957, triacylglycerol lipase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 252 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Lipase estA / Lipase A / Triacylglycerol lipase

分子量: 19572.834 Da / 分子数: 2
変異: A15S,F17S,A20E,N89Y,G111D,L114P,A132D,M134E,M137P,I157M,S163P,N166Y
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: estA / プラスミド: pET21b / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P37957, triacylglycerol lipase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 252 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.81 Å³/Da / 溶媒含有率: 32.09 % / Mosaicity: 0.507 °
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2M sodium malonate(pH 7.0), 20%(w/v) PEG3350, 25%(w/v) PEG 1500, vapor diffusion, sitting drop, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年5月29日 / 詳細: osmic mirrors

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.89→25 Å / Num. obs: 23336 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.043 / Χ²: 0.961 / Net I/σ(I): 24.2

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.89-1.96	3.6	0.099	2068	0.674	1	89.1
1.96-2.04	3.8	0.084	2278	0.699	1	99.3
2.04-2.13	3.8	0.071	2322	0.714	1	99.7
2.13-2.24	3.8	0.059	2329	0.855	1	99.8
2.24-2.38	3.8	0.055	2330	0.839	1	100
2.38-2.56	3.8	0.05	2326	0.847	1	100
2.56-2.82	3.8	0.045	2356	1.031	1	100
2.82-3.23	3.9	0.039	2367	1.229	1	99.9
3.23-4.07	3.9	0.035	2413	1.21	1	100
4.07-25	3.7	0.037	2547	1.399	1	99.9

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

R_factor: 0.445 / Cor.coef. F_o:F_c: 0.58

	最高解像度	最低解像度
Rotation	4 Å	24.55 Å
Translation	4 Å	24.55 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定
CNS	1.1	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1I6W(chain A)

1i6w

解像度: 1.89→25 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8323 / σ(F): 0

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2446	1206	5.1 %
R_work	0.1942	-	-
obs	-	23029	99.1 %

溶媒の処理

B_sol: 30.972 Å²

原子変位パラメータ

B_iso max: 43.37 Å² / B_iso mean: 15.426 Å² / B_iso min: 3.84 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.379 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.438 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.816 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.89→25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2732	0	0	252	2984

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	1.156	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	2.034	2
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	1.681	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	2.863	2.5

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 24

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
1.89-1.92	0.3253	46	0.2533	716	762
1.92-1.95	0.2519	63	0.1958	902	965
1.95-1.98	0.2958	56	0.1995	942	998
1.98-2.01	0.2508	59	0.1747	853	912
2.01-2.04	0.2807	39	0.196	941	980
2.04-2.08	0.271	46	0.2051	931	977
2.08-2.12	0.2017	42	0.1755	912	954
2.12-2.16	0.2717	52	0.1811	906	958
2.16-2.21	0.2026	58	0.1741	937	995
2.21-2.26	0.2465	45	0.1957	886	931
2.26-2.32	0.2453	44	0.2025	943	987
2.32-2.38	0.256	52	0.2002	924	976
2.38-2.45	0.2799	63	0.2127	899	962
2.45-2.53	0.303	42	0.2265	940	982
2.53-2.62	0.1952	43	0.1897	919	962
2.62-2.73	0.2443	54	0.1983	927	981
2.73-2.85	0.2117	55	0.2032	938	993
2.85-3	0.253	46	0.2242	927	973
3-3.19	0.262	44	0.2101	952	996
3.19-3.43	0.2486	53	0.1991	945	998
3.43-3.78	0.2334	52	0.186	948	1000
3.78-4.32	0.2003	54	0.1637	949	1003
4.32-5.43	0.2223	48	0.1692	986	1034
5.43-25	0.2713	50	0.199	1041	1091

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file
X-RAY DIFFRACTION	1	protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION	2	water_rep.param

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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