[English] 日本語
Yorodumi- PDB-3qmm: Structure of 6B, a thermostable mutant of Bacillus subtilis lipas... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3qmm | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Structure of 6B, a thermostable mutant of Bacillus subtilis lipase obtained through directed evolution | ||||||
Components | Lipase estA | ||||||
Keywords | HYDROLASE / lipase / alpha/beta hydrolase / stability / directed evolution | ||||||
Function / homology | Function and homology information lipase activity / triacylglycerol lipase / triacylglycerol lipase activity / lipid catabolic process / extracellular region Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Bacillus subtilis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.89 Å | ||||||
Authors | Sankaranarayanan, R. / Kamal, M.Z. | ||||||
Citation | Journal: J.Mol.Biol. / Year: 2011 Title: In vitro evolved non-aggregating and thermostable lipase: structural and thermodynamic investigation Authors: Kamal, M.Z. / Ahmad, S. / Molugu, T.R. / Vijayalakshmi, A. / Deshmukh, M.V. / Sankaranarayanan, R. / Rao, N.M. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3qmm.cif.gz | 85.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb3qmm.ent.gz | 63.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3qmm.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qm/3qmm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qm/3qmm | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Related structure data | 1i6wS S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 19572.834 Da / Num. of mol.: 2 Mutation: A15S,F17S,A20E,N89Y,G111D,L114P,A132D,M134E,M137P,I157M,S163P,N166Y Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bacillus subtilis (bacteria) / Gene: estA / Plasmid: pET21b / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: P37957, triacylglycerol lipase #2: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.81 Å3/Da / Density % sol: 32.09 % / Mosaicity: 0.507 ° |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.2M sodium malonate(pH 7.0), 20%(w/v) PEG3350, 25%(w/v) PEG 1500, vapor diffusion, sitting drop, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Wavelength: 1.5418 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MAR scanner 345 mm plate / Detector: IMAGE PLATE / Date: May 29, 2009 / Details: osmic mirrors | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.89→25 Å / Num. obs: 23336 / % possible obs: 98.8 % / Redundancy: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.043 / Χ2: 0.961 / Net I/σ(I): 24.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
|
-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Phasing MR | Rfactor: 0.445 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.58
|
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1I6W(chain A) Resolution: 1.89→25 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8323 / σ(F): 0
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Bsol: 30.972 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 43.37 Å2 / Biso mean: 15.426 Å2 / Biso min: 3.84 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.89→25 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 24
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
|