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- PDB-3qlv: Crystal structure of the GluK2/GluK5 (GluR6/KA2) ATD tetramer assembly -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qlv
タイトルCrystal structure of the GluK2/GluK5 (GluR6/KA2) ATD tetramer assembly
要素
  • Glutamate receptor, ionotropic kainate 2
  • Glutamate receptor, ionotropic kainate 5
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Glycosylation
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of synaptic vesicle fusion to presynaptic active zone membrane / protein retention in ER lumen / mossy fiber rosette / detection of cold stimulus involved in thermoception / Activation of Na-permeable kainate receptors / kainate selective glutamate receptor complex / Activation of Ca-permeable Kainate Receptor / regulation of short-term neuronal synaptic plasticity / inhibitory postsynaptic potential / glutamate receptor activity ...regulation of synaptic vesicle fusion to presynaptic active zone membrane / protein retention in ER lumen / mossy fiber rosette / detection of cold stimulus involved in thermoception / Activation of Na-permeable kainate receptors / kainate selective glutamate receptor complex / Activation of Ca-permeable Kainate Receptor / regulation of short-term neuronal synaptic plasticity / inhibitory postsynaptic potential / glutamate receptor activity / negative regulation of synaptic transmission, glutamatergic / ubiquitin conjugating enzyme binding / regulation of JNK cascade / receptor clustering / modulation of excitatory postsynaptic potential / kainate selective glutamate receptor activity / extracellularly glutamate-gated ion channel activity / ionotropic glutamate receptor complex / behavioral fear response / positive regulation of synaptic transmission / neuronal action potential / glutamate-gated receptor activity / glutamate-gated calcium ion channel activity / ligand-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / dendrite cytoplasm / SNARE binding / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / excitatory postsynaptic potential / regulation of membrane potential / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / synaptic transmission, glutamatergic / PDZ domain binding / cellular response to glucose stimulus / establishment of localization in cell / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / modulation of chemical synaptic transmission / postsynaptic density membrane / SH3 domain binding / terminal bouton / intracellular calcium ion homeostasis / positive regulation of neuron apoptotic process / presynaptic membrane / scaffold protein binding / neuron apoptotic process / chemical synaptic transmission / perikaryon / negative regulation of neuron apoptotic process / postsynaptic membrane / postsynaptic density / axon / neuronal cell body / synapse / dendrite / ubiquitin protein ligase binding / glutamatergic synapse / endoplasmic reticulum / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Response regulator / Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ligand-gated ion channel / : / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. / Receptor, ligand binding region ...Response regulator / Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ligand-gated ion channel / : / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like I / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Glutamate receptor ionotropic, kainate 2 / Glutamate receptor ionotropic, kainate 5
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.94 Å
データ登録者Kumar, J. / Mayer, M.L.
引用ジャーナル: Neuron / 年: 2011
タイトル: Structure and assembly mechanism for heteromeric kainate receptors.
著者: Kumar, J. / Schuck, P. / Mayer, M.L.
履歴
登録2011年2月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月10日Group: Database references
改定 1.22021年3月31日Group: Database references / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / struct_ref_seq_dif
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Glutamate receptor, ionotropic kainate 5
B: Glutamate receptor, ionotropic kainate 5
C: Glutamate receptor, ionotropic kainate 2
D: Glutamate receptor, ionotropic kainate 2
E: Glutamate receptor, ionotropic kainate 5
F: Glutamate receptor, ionotropic kainate 2
G: Glutamate receptor, ionotropic kainate 5
H: Glutamate receptor, ionotropic kainate 2
I: Glutamate receptor, ionotropic kainate 5
J: Glutamate receptor, ionotropic kainate 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)442,74110
ポリマ－442,74110
非ポリマー00
水00
1
A: Glutamate receptor, ionotropic kainate 5
B: Glutamate receptor, ionotropic kainate 5
C: Glutamate receptor, ionotropic kainate 2
D: Glutamate receptor, ionotropic kainate 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)177,0974
ポリマ－177,0974
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: Glutamate receptor, ionotropic kainate 5
F: Glutamate receptor, ionotropic kainate 2
G: Glutamate receptor, ionotropic kainate 5
H: Glutamate receptor, ionotropic kainate 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)177,0974
ポリマ－177,0974
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
I: Glutamate receptor, ionotropic kainate 5
J: Glutamate receptor, ionotropic kainate 2

I: Glutamate receptor, ionotropic kainate 5
J: Glutamate receptor, ionotropic kainate 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)177,0974
ポリマ－177,0974
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
4
A: Glutamate receptor, ionotropic kainate 5
C: Glutamate receptor, ionotropic kainate 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,5482
ポリマ－88,5482
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3090 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area33480 Å2
手法PISA
5
B: Glutamate receptor, ionotropic kainate 5
D: Glutamate receptor, ionotropic kainate 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,5482
ポリマ－88,5482
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3000 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area33560 Å2
手法PISA
6
E: Glutamate receptor, ionotropic kainate 5
F: Glutamate receptor, ionotropic kainate 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,5482
ポリマ－88,5482
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3190 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area33330 Å2
手法PISA
7
G: Glutamate receptor, ionotropic kainate 5
H: Glutamate receptor, ionotropic kainate 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,5482
ポリマ－88,5482
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3090 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area33490 Å2
手法PISA
8
I: Glutamate receptor, ionotropic kainate 5
J: Glutamate receptor, ionotropic kainate 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,5482
ポリマ－88,5482
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2900 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area33720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)366.552, 109.176, 155.469
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.54, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41
51
12
22
32
42
52

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain C and (resseq 10:35 or resseq 45: 104 or...
211chain D and (resseq 10:35 or resseq 45: 104 or...
311chain F and (resseq 10:35 or resseq 45: 104 or...
411chain H and (resseq 10:35 or resseq 45: 104 or...
511chain J and (resseq 10:35 or resseq 45: 104 or...
112chain A and (resseq 3:10 or resseq 22:37 or resseq...
212chain B and (resseq 3:10 or resseq 22:37 or resseq...
312chain E and (resseq 3:10 or resseq 22:37 or resseq...
412chain G and (resseq 3:10 or resseq 22:37 or resseq...
512chain I and (resseq 3:10 or resseq 22:37 or resseq...

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: タンパク質
Glutamate receptor, ionotropic kainate 5 / Glutamate receptor KA-2 / KA2


分子量: 43798.176 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Grik5 / プラスミド: PRK-IRES_EGFP / 細胞株 (発現宿主): HEK 293 GNTI(-) / 発現宿主: Homo Sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q63273
#2: タンパク質
Glutamate receptor, ionotropic kainate 2 / Glutamate receptor 6 / GluR-6 / GluR6


分子量: 44750.121 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Glur6, Grik2 / プラスミド: PRK-IRES_EGFP / 細胞株 (発現宿主): HEK 293 GNTI(-) / 発現宿主: Homo Sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P42260
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.68 %
結晶化温度: 293 K / pH: 8
詳細: 10% Ethylene Glycol, 0.1 M HEPES, 5% PEG 8K, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月24日
放射モノクロメーター: SI(111) DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.94→50 Å / Num. obs: 54061 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 13.3 % / Biso Wilson estimate: 131 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.139 / Net I/σ(I): 18.6
反射 シェル解像度: 3.95→4.1 Å / 冗長度: 13.4 % / Rmerge(I) obs: 0.895 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3OM0 AND 3H6H

3om0

3h6h


解像度: 3.94→48.95 Å / SU ML: 0.5 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.28 2595 5.1 %
Rwork0.264 --
obs0.264 50913 94.1 %
all-50913 -
溶媒の処理減衰半径: 0.77 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 107.93 Å2 / ksol: 0.32 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--18.0599 Å20 Å214.6265 Å2
2--23.7176 Å20 Å2
3----5.6576 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.94→48.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数29634 0 0 0 29634
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00530270
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.59340955
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.14911215
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0424655
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0035235
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11C2395X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12D2395X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.014
13F2395X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.052
14H2395X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.004
15J2395X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.061
21A2277X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
22B2277X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.013
23E2277X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.053
24G2277X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.021
25I2277X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.054
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.942-4.08280.34712120.36334206X-RAY DIFFRACTION82
4.0828-4.24620.32992620.32354461X-RAY DIFFRACTION88
4.2462-4.43930.34992460.2954631X-RAY DIFFRACTION90
4.4393-4.67320.28492450.26294773X-RAY DIFFRACTION94
4.6732-4.96570.27312720.24434866X-RAY DIFFRACTION95
4.9657-5.34870.27572670.25384929X-RAY DIFFRACTION96
5.3487-5.88610.34252690.28714969X-RAY DIFFRACTION97
5.8861-6.7360.29972780.2735076X-RAY DIFFRACTION98
6.736-8.47950.2382720.21185139X-RAY DIFFRACTION99
8.4795-48.95310.24062720.25395268X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.26390.5596-0.73511.3374-0.77831.0576-0.19370.3449-0.1670.0315-0.24050.40040.1642-0.1235-0.00160.54370.0326-0.24870.9223-0.33270.4841-9.8529-33.303349.767
20.3847-0.23180.64931.75350.92212.020.3416-0.0888-0.2348-0.0354-0.1135-0.1353-0.21520.49890.00010.5287-0.02860.02060.95370.11950.769181.4568-14.921183.9502
32.5393-0.6960.07912.08430.7250.48380.00010.13640.3859-0.0580.04440.0897-0.04760.129200.6911-0.0518-0.11530.78820.14880.57969.9516-6.75361.5578
41.4823-0.38760.13081.6259-1.3451.10860.0821-0.0823-0.13390.1104-0.19090.08630.0388-0.2895-00.7192-0.0833-0.01090.6040.05450.763253.1759-34.877391.0049
52.26581.2138-0.14442.43180.82990.3105-0.18590.5209-0.037-0.14790.24240.39810.2769-0.15190.00010.77970.1714-0.04941.08040.31710.820735.1769-50.9644-11.8811
62.45190.05290.4219-0.0643-0.01410.40810.1263-0.48930.21210.3932-0.08040.04630.0734-0.072-00.8230.2460.19140.7190.06070.552245.3341-45.300721.1019
70.9093-0.0095-0.11550.828-1.00021.10250.08430.15820.09350.5488-0.1283-0.58810.01410.3508-01.061-0.2525-0.13920.87470.04291.3243117.406-39.754642.2448
81.3221-0.81350.22981.9242-0.12520.18540.03760.42170.08310.0101-0.04960.07010.2770.1456-00.93570.04460.04320.9588-0.10520.8031102.3773-62.933620.4746
90.22880.31760.19520.35370.41352.18-0.1097-0.3488-1.04930.29290.32910.70290.63940.224201.21350.5091-0.05280.73680.1862.558148.492410.345610.4926
101.45110.14860.33480.72511.16121.60630.2287-0.5993-1.3804-0.1021-0.1437-0.02530.2028-0.12301.50190.13460.12721.21350.82682.353917.369421.043923.9411
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN C
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN D
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN E
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN F
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN G
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN H
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN I
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN J

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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